Search results

1. Optimization of coarse-grained molecular dynamics simulations for tunnel exploration of large proteins with buried activ…

Principal investigator: Nishita Mandal

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Call: PRELUDIUM 22, Panel: NZ2

2. Assessing protein-ligand complexes with ML/DL models trained on molecular dynamics-based descriptors.

Principal investigator: dr hab. Paweł Aleksander Siedlecki

Instytut Biochemii i Biofizyki PAN

Call: OPUS 20, Panel: ST4

3. Structures of oligomers of amyloid beta peptides: Multiscale molecular simulations.

Principal investigator: Dinh Quoc Huy Pham

Instytut Fizyki PAN

Call: PRELUDIUM 14, Panel: NZ1

4. Simulation of conformational changes related to the interdomain communication in the eukaryotic GlcN-6-P synthase by mea…

Principal investigator: Aleksandra Miszkiel

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

Call: PRELUDIUM 5, Panel: NZ2

5. Modeling realistic tear film structure including tear protein and analyzing its role in stability and biophysical proper…

Principal investigator: Alicja Ewa Wizert

Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki

Call: PRELUDIUM 6, Panel: ST7

6. Insight into the function of post-translational modifications of proteins via large-size scale and long-scale molecular …

Principal investigator: dr Agnieszka Gabriela Lipska

Politechnika Gdańska

Call: SONATA 19, Panel: ST4

7. "I like to move it, move it" – molecular dynamics-driven optimization of ligand residence time as an opportunity to impr…

Principal investigator: dr hab. Sabina Marta Podlewska

Instytut Farmakologii PAN

Call: OPUS 25, Panel: NZ7

8. Kerr response: experiment and molecular dynamics simulations on GPU with polarizable force field and explicit laser puls…

Principal investigator: dr Kamil Dawid Polok

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Call: PRELUDIUM 5, Panel: ST4

9. Refinement of the OPLS-AA force field parameters for selected phospholipids on the basis of quantum-mechanical calculati…

Principal investigator: dr Anna Wójcik-Augustyn

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

Call: SONATA 9, Panel: ST4

10. Molecular dynamics of different polymorphous of pharmacologically active substances

Principal investigator: prof. Jan Wojciech Wąsicki

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Fizyki

Call: OPUS 3, Panel: ST3

11. Molecular simulations of ionic polymers nanostructures

Principal investigator: Michał Dzięcielski

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Fizyki

Call: PRELUDIUM 4, Panel: ST4

12. Gatekeepers of flavonoid transport: decoding ABCG transporter selectivity in plant growth and defense pathways using mol…

Principal investigator: Aleksandra Bigos

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

Call: PRELUDIUM 24, Panel: NZ1

13. Exploring the sequence-structure relationship as a starting point for the design of DNA G-quadruplexes with a given topo…

Principal investigator: dr hab. Jacek Czub

Politechnika Gdańska

Call: OPUS 18, Panel: ST4

14. Coarse-grained molecular dynamics of RNA thermometers at elevated temperatures

Principal investigator: Filip Karol Leonarski

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: PRELUDIUM 2, Panel: NZ2

15. Non-equilibrium dynamics and quantum simulation with atomic systems

Principal investigator: prof. Jacek Dziarmaga

Uniwersytet Jagielloński

Call: UNISONO, Panel: ST2

16. The effect of crowded environment on the catalytic activity and dynamics of viral proteases

Principal investigator: prof. Joanna Dominika Trylska

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: OPUS 12, Panel: NZ1

17. Multi-scale method for amyloid fibril assembly using protofilament structures predicted by coarse-grained docking simula…

Principal investigator: dr Michał Koliński

Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN

Call: OPUS 22, Panel: NZ2

18. Ionic liquid mixtures for supercapacitor applications: Synergy of electrochemistry, NMR and simulations

Principal investigator: dr hab. Svyatoslav Kondrat

Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk

Call: OPUS 20 (LAP), Panel: ST3

19. Increasing global and local accuracy of the coarse-grained UNRES model of proteins and its extensions to simulating very…

Principal investigator: prof. Józef Adam Liwo

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Call: OPUS 13, Panel: ST4

20. Design, parametrization and implementation of potentials of amino acid side chain interactions in water for application …

Principal investigator: dr hab. Mariusz Makowski

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Call: SONATA BIS 3, Panel: ST4

21. Structure and properties of protein layers: from biomolecules to a functional layer (a combined experimental and simulat…

Principal investigator: dr hab. Barbara Jachimska

Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera PAN

Call: OPUS 4, Panel: ST5

22. Novel class of chiral ionic liquids with menthyl substituent - synthesis, characterisation and computer modelling of sur…

Principal investigator: dr Borys Szefczyk

Politechnika Wrocławska, Wydział Chemiczny

Call: OPUS 1, Panel: ST5

23. Machine-learning a new generation of force fields for the atomistic simulations of RNA

Principal investigator: dr Miłosz Wieczór

Politechnika Gdańska

Call: OPUS 29, Panel: ST4

24. Statistical Learning of Slow Collective Variables from Atomistic Simulations

Principal investigator: dr hab. Jakub Rydzewski

Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Call: SONATA 17, Panel: ST4

25. Mechanism of the discontinuous precipitation reaction - an atomistic simulation study

Principal investigator: dr Marcela Ewa Trybuła

Instytut Metalurgii i Inżynierii Materiałowej im. Aleksandra Krupkowskiego PAN

Call: SONATA 11, Panel: ST8

26. MOLECULAR DETERMINANTS OF SIGNAL PROPAGATION IN THE DELTA AND MU OPIOID RECEPTORS - IN SEARCH FOR ANALGETICS WITH LESS S…

Principal investigator: Tomasz Maciej Stepniewski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Call: PRELUDIUM 14, Panel: NZ2

27. Molecular mechanisms of the allosteric communication in thymidylate synthase

Principal investigator: dr Jan Marcin Ludwiczak

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: PRELUDIUM 14, Panel: NZ1

28. Molecular picture of the mechanochemical coupling in ATP synthase as a conceptual framework for the development of novel…

Principal investigator: dr hab. Jacek Czub

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

Call: SONATA BIS 7, Panel: NZ2

29. Molecular mechanisms, signal transduction and inhibition of PEBP1-15LOX protein complex triggering the ferroptotic cell …

Principal investigator: dr hab. Karolina Anna Mikulska-Rumińska

Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Call: SONATA 15, Panel: ST4

30. Making use of siderophore transport systems to deliver peptide nucleic acids to bacterial cells

Principal investigator: prof. Joanna Dominika Trylska

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: OPUS 19, Panel: NZ1

31. Quantum many-body physics with ultracold atoms and molecules: exact dynamics and machine learning

Principal investigator: Anna Maria Dawid-Łękowska

Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki

Call: ETIUDA 8, Panel: ST2

32. Nonlinear dynamics of asymptotically AdS black holes

Principal investigator: Marek Jarosław Lipert

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Call: PRELUDIUM 1, Panel: ST2

33. Dynamics of gene expression control for bacterial restriction-modification systems using single-cell technology.

Principal investigator: dr hab. Iwona Mruk

Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii

Call: OPUS 10, Panel: NZ2

34. Virtual High Throughput Screening (vHTS) derivation of a cross-immunity model for the Influenza-A Virus Infections.

Principal investigator: dr hab. Dariusz Michał Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: OPUS 5, Panel: NZ2

35. Unraveling the influence of posttranscriptional modifications on RNA 3D structure formation and its dynamics, with the i…

Principal investigator: prof. Janusz Marek Bujnicki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

Call: OPUS 19, Panel: NZ2

36. Modelowanie i analiza przestrzennej struktury i dynamiki chromatyny w jądrze komórkowym.

Principal investigator: Przemysław Szałaj

Uniwersytet Medyczny w Białymstoku, Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim

Call: ETIUDA 4, Panel: NZ2

37. Phosphorylation dynamics of STAT1, STAT3 and STAT5 proteins in breast cancer cell lines - systematic experimental and th…

Principal investigator: dr Michał Komorowski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polska Akademia Nauk

Call: OPUS 9, Panel: NZ2

38. INNOvative antiSEPTic agents for a therapy with a broad spectrum of action

Principal investigator: dr Sebastian Kraszewski

Politechnika Wrocławska

Call: OPUS 10, Panel: NZ7

39. Impact of Composition and Cooling Rate on Mechanical Properties of High Entropy Metallic Glasses

Principal investigator: dr Silvia Bonfanti

Narodowe Centrum Badań Jądrowych

Call: SONATA BIS 13, Panel: ST3

40. Controlling Fluids with Surfactant: Multiscale Exploration of Topological Changes

Principal investigator: dr Panagiotis Theodorakis

Instytut Fizyki PAN

Call: SONATA BIS 9, Panel: ST3

41. Functionalization of biomaterials surfaces by bioactive substances: from fundamentals to applications

Principal investigator: prof. Andrzej Janusz Kotarba

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Chemii

Call: WEAVE-UNISONO, Panel: ST4

42. Steady states in confined microscopic systems: auxetic micro-slits and stimuli sensitive microgel particles in microchan…

Principal investigator: dr hab. Arkadiusz Cezary Brańka

Instytut Fizyki Molekularnej PAN

Call: OPUS 3, Panel: ST3

43. Multi-domain proteins with disordered linkers in cellulose decomposition and cell adhesion

Principal investigator: dr Bartosz Jan Różycki

Instytut Fizyki PAN

Call: OPUS 11, Panel: NZ1

44. Kinesin in motion relatively to tubulin - properties of solvation water and interactions between proteins

Principal investigator: dr Anna Natalia Kuffel

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

Call: SONATA 5, Panel: NZ1

45. Co-translational protein folding in the light of ribosome evolution

Principal investigator: dr Tomasz Włodarski

Instytut Biochemii i Biofizyki PAN

Call: POLONEZ BIS 3, Panel: NZ1

46. Biomolecular condensates of galectin-3

Principal investigator: dr hab. Bartosz Jan Różycki

Instytut Fizyki PAN

Call: OPUS 20, Panel: NZ1

47. Hydration effects in protein kinases

Principal investigator: dr Piotr Mikołaj Setny

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: SONATA 6, Panel: ST4

48. Interactions of peptide nucleic acids with biologically relevant RNA motifs

Principal investigator: dr hab. Joanna Dominika Trylska

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Call: OPUS 3, Panel: NZ1

49. Structural and dynamical properties of a model outer membrane of Gram-negative bacteria

Principal investigator: dr Krzysztof Władysław Murzyn

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

Call: OPUS 1, Panel: NZ1

50. Mechanisms of cytotoxicity and antibacterial activity of polycations

Principal investigator: dr hab. Mariusz Kępczyński

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Chemii

Call: OPUS 26, Panel: ST5

Projects search