Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Structural and dynamical properties of a model outer membrane of Gram-negative bacteria

2011/01/B/NZ1/00081

Keywords:

lipopolysaccharide phosphatidylethanolamine lipid bilayer outer bacterial membrane molecular dynamics simulation

Descriptors:

  • NZ1_3: Biophysics

Panel:

NZ1 - Molecular biology, structural biology, biotechnology: molecular biology, structural biology, biotechnology

Host institution :

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

woj. małopolskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr Krzysztof Murzyn 

Number of co-investigators in the project: 8

Call: OPUS 1 - announced on 2011-03-15

Amount awarded: 349 800 PLN

Project start date (Y-m-d): 2011-12-06

Project end date (Y-m-d): 2014-12-05

Project duration:: 36 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Zestaw komputerowy z drukarką Epson L800, skanerem Epson V37, routerem Modecom i monitorem Dell U2412M (4 668 PLN)
  2. trwały i energooszczędny komputer przenośny z szybkim procesorem, bardzo dobrej jakości wyświetlaczem i mocną kartą grafiki (7 995 PLN)
  3. węzeł obliczeniowy złożony z trzech serwerów HP Z820 (2x CPU, 2x GPU) (50 505 PLN)
  4. sieciowa drukarka laserowa z dupleksem i funkcją skanowania/kopiowania (667 PLN)
  5. węzeł typu BLADE, o konfiguracji lepszej niż: 4 procesory AMD 12-o rdzeniowe, 24 GB RAM (45 000 PLN)
  6. serwer plików z macierzą RAID5 o pojemności 20TB (15 000 PLN)
  7. węzeł typu BLADE, o konfiguracji lepszej niż: 4 procesory AMD 12-o rdzeniowe, 24 GB RAM (45 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (3)
  • Articles in post-conference publications (7)
  1. Refined OPLS All-Atom Force Field Parameters for n-Pentadecane, Methyl Acetate, and Dimethyl Phosphate
    Authors:
    Krzysztof Murzyn, Maciej Bratek, and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Academic press:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2013, tom: 117, strony: 16388-16396), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/jp408162d - link to the publication
  2. Structural properties of the water/membrane interface of the E. coli lipid A bilayer
    Authors:
    Krzysztof Murzyn and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Academic press:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2015, tom: 119, strony: 5846-5856), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/jp5119629 - link to the publication
  3. DMG-a - A Computational Geometry Library for Multimolecular Systems
    Authors:
    Robert Szczelina and Krzysztof Murzyn
    Academic press:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2014, tom: 54, strony: 3112-3123), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/ci500273s - link to the publication
  1. Influence of the phase state of E. coli lipid-A bilayers on the properties of the water/membrane interface
    Authors:
    Krzysztof Murzyn and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Conference:
    XIVth International Congress of the Spanish Biophysical Society (rok: 2014, ), Wydawca: the Spanish Biophysical Society
    Data:
    konferencja 11-13. czerwca
    Status:
    Published
  2. OPLS-AA parameters for 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonyl acid disaccharide and phosphorylated glucosamine disaccharide
    Authors:
    Michał Markiewicz, Krzysztof Murzyn, Maciej Bratek, and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Conference:
    XIVth International Congress of the Spanish Biophysical Society (rok: 2014, ), Wydawca: the Spanish Biophysical Society
    Data:
    konferencja 11-13. czerwca
    Status:
    Published
  3. Effect of a polar environment on the conformational flexibility of methyl phosphoethanolamine
    Authors:
    Jan Majta, Krzysztof Murzyn
    Conference:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Published
  4. 2. An inverted hexagonal phase (HII) of monogalactosyldiacylglycerol (MGDG): a molecular dynamics study
    Authors:
    Krzysztof Baczyński and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Conference:
    XIVth International Congress of the Spanish Biophysical Society (rok: 2014, ), Wydawca: the Spanish Biophysical Society
    Data:
    konferencja 11-13. czerwca
    Status:
    Published
  5. Comparison of parameters of model linear alkanes in different all-atom forcefields
    Authors:
    Maciej Bratek, Krzysztof Murzyn
    Conference:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Published
  6. Lipid bilayer analysis using 3D Voronoi diagrams
    Authors:
    Robert Szczelina and Krzysztof Murzyn
    Conference:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  7. Development of OPLS/AA parameters for MD simulation of E. coli lipid A bilayers in liquid-crystalline and gel phases
    Authors:
    Krzysztof Murzyn, Maciej Bratek, Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Conference:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Published

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy