Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Refinement of the OPLS-AA force field parameters for selected phospholipids on the basis of quantum-mechanical calculations and ab initio molecular dynamics simulations.

2015/17/D/ST4/00555

Keywords:

biomembranes QM calculations ab initio MD simulations phosphatidylcholine phosphatidylethanolamine

Descriptors:

  • ST4_13: Solid-state chemistry, surface physicochemistry
  • ST4_15: Colloid chemistry

Panel:

ST4 - Chemistry: physical chemistry/chemical physics, theoretical chemistry, analytical chemistry, inorganic chemistry, organic chemistry, method development

Host institution :

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

woj. małopolskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr Anna Wójcik-Augustyn 

Number of co-investigators in the project: 3

Call: SONATA 9 - announced on 2015-03-16

Amount awarded: 251 000 PLN

Project start date (Y-m-d): 2016-04-04

Project end date (Y-m-d): 2020-04-03

Project duration:: 48 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Project description

Download the project description in a pdf file

Note - project descriptions were prepared by the authors of the applications themselves and placed in the system in an unchanged form.

Equipment purchased [PL]

  1. serwer plików z macierzą dyskową 8 x 3TB (minimum to: procesor i5, RAM 8GB, 8 dysków HDD 3TB w macierzy RAID (karta sprzętowa), obudowa serwerowa, dysk SSD (na system operacyjny) (15 000 PLN)
  2. zestaw urządzeń sieciowych: switch i router (1 000 PLN)
  3. Licencja na pakiet CHARMM (3 000 PLN)
  4. Laptop z co najmniej 8GB RAM, dyskiem HDD co najmniej 750GB i matrycą matową Full HD z torbą i myszką (8 000 PLN)
  5. Licencja na pakiet programów AMBER14 (2 500 PLN)
  6. Licencja na program Gaussian 09 (13 500 PLN)
  7. Serwery obliczeniowe HP Z820, parametry co najmniej: 2xCPU Xeon E5 2630v2, 2xGPU GTX780, RAM 64GB DDR3, SDD 128GB, HDD 2x1TB 7200RPM, zasilacz 1125W (3 szt.) (60 000 PLN)
  8. dysk przenośny USB 3.0, pojemność 2 TB (4 szt.) (2 000 PLN)
  9. licencja na oprogramowanie SCIGRESS Worksystem (14 760 PLN)
  10. drukarka laserowa (2 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (3)
  1. The importance of atomic partial charges in the reproduction of intermolecular interactions for the triacetin - a model of glycerol backbone
    Authors:
    Adrian Kania, Maciej Bratek, Jan Majta, Krzysztof Sarapata, Wojciech Gałan, Michał Markiewicz, Anna Wójcik-Augustyn
    Academic press:
    Chemistry and Physics of Lipids (rok: 2022, tom: 245, strony: 105203), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.chemphyslip.2022.105203 - link to the publication
  2. "Optimal Solution to the Torsional Coefficient Fitting Problem in Force Field Parametrization"
    Authors:
    Adrian Kania, Krzysztof Sarapata, Michał Gucwa, and Anna Wójcik-Augustyn*
    Academic press:
    The Journal of Physical Chemistry A (rok: 2021, tom: 125, strony: 2673-2681), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/acs.jpca.0c10845 - link to the publication
  3. Condensed phase properties of n-pentadecane as emerging from the application of biomolecular force fields
    Authors:
    Maciej Bratek, Anna Wójcik-Augustyn, Adrian Kania, Jan Majta, Krzysztof Murzyn
    Academic press:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2020, tom: 67, strony: 309-318), Wydawca: Polish Biochemical Society
    Status:
    Published
    DOI:
    10.18388/abp.2020_5414 - link to the publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy