Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Design, parametrization and implementation of potentials of amino acid side chain interactions in water for application in large-scale protein simulations

2013/10/E/ST4/00755

Keywords:

potential of mean force molecular dynamics protein side chains UNRES model of polypeptide chain O-phosphorylated amino acids ionic strength

Descriptors:

  • ST4_4: Theoretical and computational chemistry
  • ST4_15: Colloid chemistry

Panel:

ST4 - Chemistry: physical chemistry/chemical physics, theoretical chemistry, analytical chemistry, inorganic chemistry, organic chemistry, method development

Host institution :

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

woj. pomorskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr hab. Mariusz Makowski 

Number of co-investigators in the project: 3

Call: SONATA BIS 3 - announced on 2013-06-14

Amount awarded: 595 200 PLN

Project start date (Y-m-d): 2014-05-05

Project end date (Y-m-d): 2018-05-04

Project duration:: 48 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. 20 nodów z 12-rdzeniowym procesorem Intel Xenon (200 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (6)
  • Articles in post-conference publications (10)
  • Book publications / chapters in book publications (1)
  1. A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. I. Backbone potentials of coarse-grained polypeptide chains
    Authors:
    A. K. Sieradzan, M. Makowski, A. Augustynowicz, A. Liwo
    Academic press:
    Journal of Chemical Physics (rok: 2017, tom: 146, strony: 124106), Wydawca: American Institute of Physics
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1063/1.4978680 - link to the publication
  2. A Unified Coarse-Grained Model of Biological Macromolecules Based on Mean-Field Multipole-Multipole Interactions
    Authors:
    A. Liwo, M. Baranowski, C. Czaplewski, E. Gołaś, Y. He, D. Jagieła, P. Krupa, M. Maciejczyk, M. Makowski, M. Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, A.K. Sieradzan, R. Ślusarz, T. Wirecki, Y. Yin, B. Zaborowski
    Academic press:
    Journal of Molecular Modelling (rok: 2014, tom: 20, strony: 2306), Wydawca: Springer
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1007/s00894-014-2306-5 - link to the publication
  3. Introduction of Phosphorylated Residues into the UNRES Coarse- Grained Model: Toward Modeling of Signaling Processes
    Authors:
    A. K. Sieradzan, M. Bogunia, P. Mech, R. Ganzynkowicz, A. Giełdoń, A. Liwo, M. Makowski
    Academic press:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2019, tom: 123, strony: 5721-5729), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/acs.jpcb.9b03799 - link to the publication
  4. Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. VII. Charged – hydrophobic/polar and polar – hydrophobic/polar side chains.
    Authors:
    M. Makowski, A. Liwo, H.A, Scheraga
    Academic press:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2017, tom: 121, strony: 379-390), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/acs.jpcb.6b08541 - link to the publication
  5. Theoretical studies of interactions between O-phosphorylated and standard amino-acid side-chain models in water
    Authors:
    M. Wiśniewska, E. Sobolewski, S. Ołdziej, A. Liwo, H.A. Scheraga, M. Makowski
    Academic press:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2015, tom: 119, strony: 8526-8534), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1021/acs.jpcb.5b04782 - link to the publication
  6. Theoretical studies on the anionic association of phenol and its derivatives in acetonitrile
    Authors:
    M. Wiśniewska, M. Makowski
    Academic press:
    Journal of Molecular Strcuture (rok: 2014, tom: 1076, strony: 165-173), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.molstruc.2014.07.056 - link to the publication
  1. Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. Polar-polar/hydrophobic side-chains
    Authors:
    A. Głębocka, P. Mech, M. Bogunia, M. Ogryzek, A. Chylewska, A. Liwo, M. Makowski
    Conference:
    Central European School on Physical Organic Chemistry "Movement in Chemistry" (rok: 2016, ), Wydawca: UWr
    Data:
    konferencja 6-10 June
    Status:
    Published
  2. ODDZIAŁYWANIA POMIĘDZY O-FOSFORYLOWANYMI AMINOKWASAMI A MODELAMI ŁAŃCUCHÓW BOCZNYCH RESZT AMINOKWASOWYCH W WODZIE - STUDIA TEORETYCZNE
    Authors:
    Robert Ganzynkowicz, Adam Liwo, Mariusz Makowski
    Conference:
    60. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego (rok: 2017, ), Wydawca: PTCH
    Data:
    konferencja 17-21 września
    Status:
    Published
  3. Simple analytical formulas for the potentials of mean force of interactions between O-phosphorylated and hydrphobic amino-acid side-chain models in water
    Authors:
    R. Ganzynkowicz, A. Głębocka, A. Liwo, M. Makowski
    Conference:
    Second Polish-Korean Conference on Protein Folding, "Theoretical and Experimental Approaches" (rok: 2016, ), Wydawca: UG
    Data:
    konferencja 28.05-01.06
    Status:
    Published
  4. Poszukiwania analitycznych wyrażeń opisujących oddziaływania O-fosforylowanych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych z aminokwasami
    Authors:
    M. Makowski, A. Liwo, H. A. Scheraga
    Conference:
    58 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego w Gdańsku, Gdańsk (rok: 2015, ), Wydawca: PTCH
    Data:
    konferencja 21-25 wrzesień
    Status:
    Published
  5. "On the Development of Side Chain - Side Chain Interaction Potentials in Amino Acids to Be Used for Protein-Folding."
    Authors:
    Mariusz Makowski
    Conference:
    BIT's 6th Annual Conference of AnalytiX-2018 (rok: 2018, ), Wydawca: Analytix
    Data:
    konferencja 26-28.03
    Status:
    Published
  6. Potencjał oddziaływań pomiędzy O-fosforylowaną tyrozyną a modelami polarnych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie.
    Authors:
    R. Ganzynkowicz, A. Głębocka, A. Liwo, M. Makowski
    Conference:
    59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego w Poznaniu (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Data:
    konferencja 19-23 wrzesień
    Status:
    Published
  7. Analytical Formulas for the Potentials of Mean Force of the Interaction of O-phosphorylated and Hydrophobic Amino-Acid Side Chains in Water
    Authors:
    M. Wiśniewska, A. Liwo, M. Makowski
    Conference:
    19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – RECOMB 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: RECOMB
    Data:
    konferencja April 12-15
    Status:
    Published
  8. Physics-based interaction potentials of O-phosphorylated serine and hydrophobic side-chains of amino acids for coarse-grained force-fields
    Authors:
    M. Wiśniewska, A. Bartosik, M. Ogryzek, M. Makowski
    Conference:
    The First Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches", KIAS, Seoul, Korea (rok: 2015, ), Wydawca: KIAS
    Data:
    konferencja 24-28 May
    Status:
    Published
  9. Potencjał opisujący oddziaływania pomiędzy O-fosforylowanymi aminokwasami z modelami hydrofobowych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie.
    Authors:
    M. Makowski, A. Głębocka, R. Ganzynkowicz, A. Liwo
    Conference:
    59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego w Poznaniu (rok: 2016, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Data:
    konferencja 19-23 wrzesień
    Status:
    Published
  10. Side chain – side chain interaction potentials
    Authors:
    M. Makowski, A. Liwo, H. A. Scheraga
    Conference:
    The First Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches, KIAS, Seoul, Korea (rok: 2015, ), Wydawca: KIAS
    Data:
    konferencja 24-28 May
    Status:
    Published
  1. Physics-based modeling of side chain –side chain interactions in the UNRES force field".
    Authors:
    Mariusz Makowski
    Book:
    Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2019, ), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Accepted for publication
    DOI:
    link to the publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy