Projects funded by the NCN

iCell: information processing in living organisms. The role of three-dimensional structure and multi-scale properties in...

Call: OPUS 8 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

COGRIMEN - coarse-grained method for modeling of large biological systems in explicit environments

Call: OPUS 8 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Sławomir Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

New and efficient methods for the flexible molecular docking of proteins.

Call: MAESTRO 6 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Koliński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Development of comparison methodology, modern validation metrics and modern visualization techniques for biclustering al...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Patryk Orzechowski

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej

Modeling realistic tear film structure including tear protein and analyzing its role in stability and biophysical proper...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST7

Principal investigator: Alicja Wizert

Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki

An integrated approach to the prediction of the structures of proteins and protein complexes with the use of the coarse-...

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Józef Liwo

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Multi-scale model of tumor dynamics as a key component of the system for optimal anti-cancer therapy

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Witold Dzwinel

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Stochastic models based on stochastically monotone Markov processes: analysis of stationary conditions.

Call: OPUS 1 , Panel: ST1

Principal investigator: prof. Ryszard Szekli

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Study of interaction and signal passing in complexes of GPCRs with arrestin

Call: HARMONIA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sławomir Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on...

Call: OPUS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Piotr Formanowicz

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Emergent properties of biological fitness landscapes derived from artificial life models

Call: PRELUDIUM 4 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Marcin Zagórski

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Modelling stress-induced transposon activity

Call: HARMONIA 3 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Automated, high-throughput modeling of RNA three-dimensional structures

Call: MAESTRO 3 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Ryszard Adamiak

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Modeling of charge transport in RNA structural motifs

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: NZ1

Principal investigator: Juliusz Stasiewicz

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

Analysis of impact of wind and infragravity waves on coastal and seabed evolution - extension and verification of mathem...

Call: OPUS 3 , Panel: ST10

Principal investigator: dr hab. Grzegorz Różyński

Instytut Budownictwa Wodnego PAN

Bioinformatics and biophysical models of NF-kappaB binding sites in DNA: genome-wide prediction of binding sites, experi...

Call: OPUS 3 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Marek Kimmel

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Unifying Macro-Evolutionary Models and Phylogenetic Networks

Call: OPUS 26 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Biomaterials inducing DNA demethylation as tools for future neuron regeneration therapies

Call: OPUS 25 , Panel: ST8

Principal investigator: dr hab. Katarzyna Nawrotek

Politechnika Łódzka

Understanding the exaptation of tissue-specific enhancers by modeling the changes of spatial chromatin architecture.

Call: PRELUDIUM BIS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Bacterial microdomain modeling for selected antimicrobial compounds interactions.

Call: PRELUDIUM 21 , Panel: NZ9

Principal investigator: Mateusz Rzycki

Politechnika Wrocławska

A framework for de novo modeling of RNA structures using restraints derived from experimental data

Call: SONATA 17 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Sunandan Mukherjee

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Dynamics of non-tidal sea bed in the remote foreshore

Call: OPUS 21 , Panel: ST8

Principal investigator: prof. Rafał Ostrowski

Instytut Budownictwa Wodnego Polskiej Akademii Nauk

Predicting 3D RNA structures using Generative Adversarial Networks

Call: PRELUDIUM BIS 2 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji

The new methodology for better understanding of ligand-RNA interactions.

Call: OPUS 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Filip Stefaniak

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Bathymetry designs in water waves systems - is nature more efficient than a human?

Call: SONATA 16 , Panel: ST8

Principal investigator: dr Tomasz Bobiński

Politechnika Warszawska, Wydział Mechaniczny Energetyki i Lotnictwa

Machine learning, bio-modeling and medical image processing in prediction of metastases in lung cancer

Call: OPUS 19 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Świerniak

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Multiscale spatial reorganization of chromatin in response to replication stress and its role in cellular protection aga...

Call: OPUS 19 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Spatial network model of sequence and structure diversity of Human genome at a population scale

Call: PRELUDIUM BIS 1 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

The application of deep learning methods in the analysis of livestock genomes

Call: PRELUDIUM BIS 1 , Panel: NZ9

Principal investigator: prof. Joanna Szyda

Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt

Feature exploration and modelling of quadruplex structures

Call: OPUS 18 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Mathematical modelling of processes which neutralize reactive oxygen species in different types of cells

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Sylwia Ciesielska

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Modeling cellular metabolism using telecommunication approach

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Tadeusz Wysocki

Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich w Bydgoszczy, Wydział Telekomunikacji, Informatyki i Elektrotechniki

Algorithms and statistical models for predicting molecules fragmentation scheme during collision-induced dissociation

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: ST6

Principal investigator: Grzegorz Skoraczyński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski

Bridging the gap: DNA catalysis explained

Call: SONATA 14 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Maria Ponce Salvatierra

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Combining Rosetta method with deeply coarse grained SURPASS model into a novel multiscale algorithm for modeling protein...

Call: OPUS 15 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dominik Gront

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Deep learning-based integration of circulating and cellular miRNAs expression of pancreatic cancer.

Call: PRELUDIUM 15 , Panel: NZ5

Principal investigator: dr Konrad Stawiski

Uniwersytet Medyczny w Łodzi, Wydział Lekarski

The role and cooperation of AidB dehydrogenase and AlkB dioxygenase in repair of adducts to DNA and RNA bases

Call: OPUS 15 , Panel: NZ3

Principal investigator: dr hab. Agnieszka Maciejewska

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Consistent Models and Efficient Algorithms for Genomic Duplications

Call: OPUS 14 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Development of algorithmic and statistical methods in mass spectrometry

Call: SONATA 13 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Michał Startek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Hybrid implants controlling DNA demethylation intended for regeneration of peripheral nervous system

Call: SONATA 13 , Panel: ST8

Principal investigator: dr Katarzyna Nawrotek

Politechnika Łódzka, Wydział Inżynierii Procesowej i Ochrony Środowiska

An integrated approach to modeling protein structure and dynamics based on the UNRES coarse-grained force field and bioi...

Call: HARMONIA 9 , Panel: ST4

Principal investigator: dr hab. Cezary Czaplewski

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Developement of new methods for designing RNA molecules that fold into desired spatial structures and their use for deve...

Call: OPUS 13 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Janusz Bujnicki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

Efficient simulation algorithms for models of stochastic processes in computational biology and synthesis of the signali...

Call: OPUS 12 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Krzysztof Puszyński

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Development of methods for bias correction of gene expression measurements

Call: SONATA 12 , Panel: ST7

Principal investigator: dr Roman Jaksik

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Detecting origins of signalling aberrations in cancer cells

Call: PRELUDIUM 12 , Panel: ST6

Principal investigator: Karol Nienałtowski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk

A coarse-grained method for RNA 3D structure modeling, with emphasis on non-canonical base pairing.

Call: OPUS 12 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Michał Boniecki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

RNApolis - methods and algorithms to model and analyse the RNA structure

Call: OPUS 12 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji

Monte Carlo simulations of cell response to DNA damage of various complexities

Call: SONATA 12 , Panel: ST7

Principal investigator: dr Beata Brzozowska-Wardecka

Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki

Incorporating genomic variation information into DNA sequencing data analysis

Call: OPUS 11 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Norbert Dojer

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki