Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on the basis of the exemplary process of atherosclerosis formation and development in the human body

2012/07/B/ST6/01537

Keywords:

Petri nets complex biological systems modeling atherosclerosis

Descriptors:

  • ST6_13: Bioinformatics, biocomputing, DNA and molecular computation
  • ST6_12: Scientific computing, simulation and modelling tools
  • NZ2_9: Systems biology

Panel:

ST6 - Computer science and informatics: informatics and information systems, computer science, scientific computing, intelligent systems

Host institution :

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

woj. wielkopolskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

prof. Piotr Formanowicz 

Number of co-investigators in the project: 12

Call: OPUS 4 - announced on 2012-09-15

Amount awarded: 684 000 PLN

Project start date (Y-m-d): 2013-07-25

Project end date (Y-m-d): 2017-07-24

Project duration:: 48 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Stacja robocza (10 000 PLN)
  2. Komputer przenośny (6 000 PLN)
  3. Komputer stacjonarny (5 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (17)
  • Articles in post-conference publications (1)
  • Book publications / chapters in book publications (9)
  1. The effect of cigarette smoking on endothelial damage and atherosclerosis development - modeled and analyzed using Petri nets
    Authors:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Archives of Control Sciences (rok: 2017, tom: 27, strony: 211-228), Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1515/acsc-2017-0013 - link to the publication
  2. A control-theoretic aggregated model of atherosclerosis progression with particular emphasis on the role of inflammation
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Jacek B. Krawczyk, Bartłomiej Perek, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Journal of Theoretical Biology , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  3. Evaluation of the usefulness of the serum interleukin-18 levels in predicting cardiovascular mortality in non-diabetic patients with chronic kidney disease
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Clinical and Experimental Medicine (rok: 2015, tom: -, strony: -), Wydawca: Springer
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  4. Selected aspects of tobacco-induced prothrombotic state, inflammation and oxidative stress - modeled and analyzed using Petri nets
    Authors:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Mathematical Biosciences , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  5. The role of iron in mechanisms of ROS-induced toxicity underlying atherosclerosis - modeled and analyzed using a Petri net-based approach
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    BioSystems , Wydawca: Elsevier
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  6. Modelowanie udziału żelaza w powstawaniu miażdżycy - podejście systemowe
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Kosmos (rok: 2014, tom: 63, strony: 331-344), Wydawca: Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Mikołaja Kopernika
    Status:
    Published
    DOI:
    brak - link to the publication
  7. The Association Of Serum Thrombomodulin With Endothelial Injuring Factors In Abdominal Aortic Aneurysm
    Authors:
    Magdalena Budzyń-Napierala, Bogna Gryszczyńska, Maria Iskra, Wacław Majewski, Zbigniew Krasiński, Magdalena Paulina Kasprzak, Dorota Formanowicz, Krzysztof Wojciech Strzyżewski
    Academic press:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: Article ID 2791082), Wydawca: Hindawi
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1155/2017/2791082 - link to the publication
  8. Usefulness of serum interleukin-18 in predicting cardiovascular mortality in patients with chronic kidney disease - systems and clinical approach
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Maria Wanic-Kossowska, Elżbieta Pawliczak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Scientific Reports (rok: 2015, tom: 5, strony: 18322), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1038/srep18332 - link to the publication
  9. A role of inflammation and immunity in essential hypertension - modeled and analyzed using Petri nets
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Agnieszka Rybarczyk, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    BMC Systems Biology , Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  10. Advanced Oxidation Protein Products and Carbonylated Proteins as Biomarkers of Oxidative Stress in Selected Atherosclerosis-Mediated Diseases
    Authors:
    Bogna Gryszczyńska, Dorota Formanowicz, Magdalena Budzyń, Maria Wanic-Kossowska, Elżbieta Pawliczak, Piotr Formanowicz, Wacław Majewski, Krzysztof Wojciech Strzyżewski, Magdalena P. Kasprzak, Maria Iskra
    Academic press:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: Article ID 4975264), Wydawca: Hindawi
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1155/2017/4975264 - link to the publication
  11. Petri net based approach to modeling and analysis of selected aspects of molecular regulation of angiogenesis
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Piotr Zawierucha, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    PLOS ONE (rok: 2017, tom: 12, strony: e0173020), Wydawca: PLOS
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1371/journal.pone.0173020 - link to the publication
  12. The study of the influence of micro-environmental signals on macrophage differentiation using a quantitative Petri net based model
    Authors:
    Katarzyna Rżosińska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Archives of Control Sciences (rok: 2017, tom: 27, strony: 331–349), Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1515/acsc-2017-0022 - link to the publication
  13. Some aspects of modeling and analysis of complex biological systems using time Petri nets
    Authors:
    Jakub Olszak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Techical Sciences , Wydawca: De Gruyter
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  14. Structural analysis of a Petri net based model of oxidative stress in atherosclerosis
    Authors:
    Adam Kozak, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    IET Systems Biology , Wydawca: The Institution of Engineering and Technology
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  15. Hemojuvelin-hepcidin axis modeled and analyzed using Petri nets
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Adam Kozak, Tomasz Głowacki, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Journal of Biomedical Informatics (rok: 2013, tom: 46, strony: 1030-1043), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.jbi.2013.07.013 - link to the publication
  16. Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems
    Authors:
    Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Bartłomiej Szawulak, Hubert Andrzejewski, Piotr Chabelski, Adam Kozak, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Bioinformatics (rok: 2017, ), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Accepted for publication
    DOI:
    10.1093/bioinformatics/btx492 - link to the publication
  17. Selected aspects of essential hypertension and cardiovascular disease modeled and analyzed using stochastic Petri nets
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Agnieszka Rybarczyk, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Fundamenta Informaticae , Wydawca: IOS Press
    Status:
    Accepted for publication
    DOI:
    brak - link to the publication
  1. Atherosclerosis development as a complex biological phenomenon studied using Petri nets
    Authors:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Conference:
    OR2017 International Conference on Operations Research , Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 6-8 września 2017 r.
    Status:
    Submitted
  1. Modelowanie i analiza uszkodzeń śródbłonka za pomocą sieci Petriego
    Authors:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 41-56), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  2. Wykorzystanie sieci Petriego do analizy stresu oksydacyjnego towarzyszącego miażdżycy
    Authors:
    Dorota Formanowicz, Adam Kozak, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesow dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 83-95), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  3. Metody analizy modeli systemów biologicznych opartych na czasowych sieciach Petriego
    Authors:
    Marcin Radom, Jakub Olszak, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja Procesów Dyskretnych. Teoria i Zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 189-203), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  4. Hamowanie procesów w opartych na sieciach Petriego modelach systemów technicznych oraz biologicznych
    Authors:
    Paulina Bogusławska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 31-39), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  5. Zastosowanie sieci Petriego do modelowania i analizy złożonych systemów biologicznych
    Authors:
    Piotr Formanowicz, Dorota Formanowicz
    Book:
    Inzynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania (rok: 2014, tom: 10, strony: 117-139), Wydawca: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Published
  6. Metody analizy ilościowych modeli systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego
    Authors:
    Marcin Radom, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesow dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2014, tom: II, strony: 197-205), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  7. Ilościowy model procesu różnicowania makrofagów oparty na sieciach Petriego
    Authors:
    Katarzyna Rżosinska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 205-216), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  8. Kombinatoryczne aspekty analizy t-niezmienników w modelach systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego
    Authors:
    Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (rok: 2016, tom: II, strony: 65-76), Wydawca: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published
  9. Mathematical Modeling of Aortic Aneurysm Progression
    Authors:
    Piotr Formanowicz, Michał Nowicki, Dorota Formanowicz
    Book:
    New Approaches to the Aortic Disease from Valve to Abdominal Bifurcation (rok: 2017, tom: nie dotyczy, strony: ), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Accepted for publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy