Zmiana języka

Projects search

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on the basis of the exemplary process of atherosclerosis formation and development in the human body

2012/07/B/ST6/01537

Keywords

Descriptors

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • NZ2_9: Biologia systemowa

Panel

ST6 – Computer science and informatics: informatics and information systems, computer science, scientific computing, intelligent systems

Host institution

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Voivodeship: wielkopolskie

Other projects carried out by the institution »

Principal investigator (from the host institution)

prof. Piotr Formanowicz

Number of co-investigators in the project: 12

Call

OPUS 4 – announced on 2012-09-15

Amount awarded
684 000 PLN
Project start date
2013-07-25
Project end date
2017-07-24
Project duration
48 months (the same as in the proposal)
Project status
Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Komputer przenośny. Cost: 6 000 PLN
  2. Komputer stacjonarny. Cost: 5 000 PLN
  3. Stacja robocza. Cost: 10 000 PLN

Information in the final report

Publication in academic press/journals (10)

  1. Petri net based approach to modeling and analysis of selected aspects of molecular regulation of angiogenesis

    Authors:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Piotr Zawierucha, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    PLOS ONE (year: 2017, volume: 12, pages: e0173020), Publisher: PLOS
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1371/journal.pone.0173020 – link to the publication

  2. Modelowanie udziału żelaza w powstawaniu miażdżycy - podejście systemowe

    Authors:
    Dorota Formanowicz, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Kosmos (year: 2014, volume: 63, pages: 331-344), Publisher: Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Mikołaja Kopernika
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication

  3. Hemojuvelin-hepcidin axis modeled and analyzed using Petri nets

    Authors:
    Dorota Formanowicz, Adam Kozak, Tomasz Głowacki, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Journal of Biomedical Informatics (year: 2013, volume: 46, pages: 1030-1043), Publisher: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.jbi.2013.07.013 – link to the publication

  4. Usefulness of serum interleukin-18 in predicting cardiovascular mortality in patients with chronic kidney disease - systems and clinical approach

    Authors:
    Dorota Formanowicz, Maria Wanic-Kossowska, Elżbieta Pawliczak, Marcin Radom, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Scientific Reports (year: 2015, volume: 5, pages: 18322), Publisher: Nature Publishing Group
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1038/srep18332 – link to the publication

  5. Advanced Oxidation Protein Products and Carbonylated Proteins as Biomarkers of Oxidative Stress in Selected Atherosclerosis-Mediated Diseases

    Authors:
    Bogna Gryszczyńska, Dorota Formanowicz, Magdalena Budzyń, Maria Wanic-Kossowska, Elżbieta Pawliczak, Piotr Formanowicz, Wacław Majewski, Krzysztof Wojciech Strzyżewski, Magdalena P. Kasprzak, Maria Iskra
    Academic press:
    BioMed Research International (year: 2017, volume: 2017, pages: Article ID 4975264), Publisher: Hindawi
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1155/2017/4975264 – link to the publication

  6. The Association Of Serum Thrombomodulin With Endothelial Injuring Factors In Abdominal Aortic Aneurysm

    Authors:
    Magdalena Budzyń-Napierala, Bogna Gryszczyńska, Maria Iskra, Wacław Majewski, Zbigniew Krasiński, Magdalena Paulina Kasprzak, Dorota Formanowicz, Krzysztof Wojciech Strzyżewski
    Academic press:
    BioMed Research International (year: 2017, volume: 2017, pages: Article ID 2791082), Publisher: Hindawi
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1155/2017/2791082 – link to the publication

  7. The effect of cigarette smoking on endothelial damage and atherosclerosis development - modeled and analyzed using Petri nets

    Authors:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Archives of Control Sciences (year: 2017, volume: 27, pages: 211-228), Publisher: De Gruyter
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1515/acsc-2017-0013 – link to the publication

  8. The study of the influence of micro-environmental signals on macrophage differentiation using a quantitative Petri net based model

    Authors:
    Katarzyna Rżosińska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Academic press:
    Archives of Control Sciences (year: 2017, volume: 27, pages: 331–349), Publisher: De Gruyter
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1515/acsc-2017-0022 – link to the publication

  9. Selected aspects of essential hypertension and cardiovascular disease modeled and analyzed using stochastic Petri nets

    Authors:
    Dorota Formanowicz, Agnieszka Rybarczyk, Piotr Formanowicz
    Status:
    Accepted for publication

  10. Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems

    Authors:
    Marcin Radom, Agnieszka Rybarczyk, Bartłomiej Szawulak, Hubert Andrzejewski, Piotr Chabelski, Adam Kozak, Piotr Formanowicz
    Status:
    Accepted for publication

Book publications / chapters in book publications (9)

  1. Hamowanie procesów w opartych na sieciach Petriego modelach systemów technicznych oraz biologicznych

    Authors:
    Paulina Bogusławska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (year: 2016, volume: II, pages: 31-39), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  2. Ilościowy model procesu różnicowania makrofagów oparty na sieciach Petriego

    Authors:
    Katarzyna Rżosinska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (year: 2016, volume: II, pages: 205-216), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  3. Zastosowanie sieci Petriego do modelowania i analizy złożonych systemów biologicznych

    Authors:
    Piotr Formanowicz, Dorota Formanowicz
    Book:
    Inzynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania (year: 2014, volume: 10, pages: 117-139), Publisher: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Published

  4. Wykorzystanie sieci Petriego do analizy stresu oksydacyjnego towarzyszącego miażdżycy

    Authors:
    Dorota Formanowicz, Adam Kozak, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesow dyskretnych. Teoria i zastosowania (year: 2014, volume: II, pages: 83-95), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  5. Modelowanie i analiza uszkodzeń śródbłonka za pomocą sieci Petriego

    Authors:
    Kaja Chmielewska, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (year: 2016, volume: II, pages: 41-56), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  6. Kombinatoryczne aspekty analizy t-niezmienników w modelach systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego

    Authors:
    Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania (year: 2016, volume: II, pages: 65-76), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  7. Metody analizy ilościowych modeli systemów biologicznych opartych na sieciach Petriego

    Authors:
    Marcin Radom, Dorota Formanowicz, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja procesow dyskretnych. Teoria i zastosowania (year: 2014, volume: II, pages: 197-205), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  8. Metody analizy modeli systemów biologicznych opartych na czasowych sieciach Petriego

    Authors:
    Marcin Radom, Jakub Olszak, Piotr Formanowicz
    Book:
    Automatyzacja Procesów Dyskretnych. Teoria i Zastosowania (year: 2016, volume: II, pages: 189-203), Publisher: Wydawnictwo Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego
    Status:
    Published

  9. Mathematical Modeling of Aortic Aneurysm Progression

    Authors:
    Piotr Formanowicz, Michał Nowicki, Dorota Formanowicz
    Book:
    New Approaches to the Aortic Disease from Valve to Abdominal Bifurcation (year: 2017, volume: nie dotyczy), Publisher: Elsevier
    Status:
    Accepted for publication

« New search

Graphic design and implementation: Jakub Piotrowski