Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Automated, high-throughput modeling of RNA three-dimensional structures

2012/06/A/ST6/00384

Keywords:

automated high-throughput modeling RNA 3D structure logarithms web-server experimental mapping of RNA structure 3D structure of human pre-miRNAs and retroviral RNAs

Descriptors:

  • ST6_13: Bioinformatics, biocomputing, DNA and molecular computation

Panel:

ST6 - Computer science and informatics: informatics and information systems, computer science, scientific computing, intelligent systems

Host institution :

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

woj. wielkopolskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

prof. Ryszard Adamiak 

Number of co-investigators in the project: 11

Call: MAESTRO 3 - announced on 2012-06-15

Amount awarded: 2 844 020 PLN

Project start date (Y-m-d): 2013-04-09

Project end date (Y-m-d): 2016-04-08

Project duration:: 36 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Komputery przenośne typu laptop - 2 szt..
  2. GenomeLab GeXP Genetic Analysis System f-my Beckman (490 000 PLN)
  3. Mikro spektrofotometr NanoDrop ND-2000.
  4. Termocykler dla przeprowadzenia PCR techniką gradientową (50 000 PLN)
  5. Stacja graficzna Macintosh (Mac Pro One , Xe 2.8 GHz, RAM 3GB, HDD 1TB) (10 000 PLN)
  6. ThermoMixer C.

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (15)
  • Articles in post-conference publications (20)
  • Book publications / chapters in book publications (2)
  1. RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme
    Authors:
    Miao, Zhichao; Adamiak, Ryszard W.; Antczak, Maciej; et al.
    Academic press:
    RNA (rok: 2017, tom: 23 (5), strony: 655-672), Wydawca: RNA Society
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1261/rna.060368.116 - link to the publication
  2. A self‑encoded capsid derivative restricts Ty1 retrotransposition in Saccharomyces
    Authors:
    David J. Garfinkel, Jessica M. Tucker, Agniva Saha, Yuri Nishida, Katarzyna Pachulska‑Wieczorek, Leszek Błaszczyk, Katarzyna J. Purzycka
    Academic press:
    Current Genet. (rok: 2015, tom: x, strony: xxx), Wydawca: Springer
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1007/s00294-015-0550-6 - link to the publication
  3. Personalization of structural PDB files
    Authors:
    Tomasz Woźniak and Ryszard W. Adamiak
    Academic press:
    Acta Biochim. Pol. (rok: 2013, tom: 60(4), strony: 591-593), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne i Komitet Biochemii i Biofizyki PAN
    Status:
    Published
    DOI:
    brak - link to the publication
  4. The matrix domain contributes to the nucleic acid chaperone activity of HIV‑2 Gag
    Authors:
    Katarzyna Pachulska‑Wieczorek, Leszek Błaszczyk, Marcin Biesiada, Ryszard W. Adamiak and Katarzyna J. Purzycka
    Academic press:
    Retrovirology (rok: 2016, tom: 13, strony: 18), Wydawca: BioMedCentral
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/s12977-016-0245-1 - link to the publication
  5. RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures
    Authors:
    Miao, Zhichao; Adamiak, Ryszard W.; Blanchet, Marc-Frederick; et al.
    Academic press:
    RNA (rok: 2015, tom: 21(6), strony: 1066-1084), Wydawca: RNA Society
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1261/rna.049502.114 - link to the publication
  6. Influence of RNA structural elements on Ty1 retrotransposition
    Authors:
    Katarzyna J. Purzycka, David J. Garfinkel, Jef D. Boeke and Stuart F.J. Le Grice
    Academic press:
    Mob. Genet. Elements (rok: 2013, tom: 3(2), strony: e25060), Wydawca: Landes Bioscience, czasopismo na rynku od maja 2011 r.
    Status:
    Published
    DOI:
    10.4161/mge.25060 - link to the publication
  7. New functionality of RNAComposer: application to shape the axis of miR160 precursor structure
    Authors:
    Maciej Antczak, Mariusz Popenda, Tomasz Żok, Joanna Sarzyńska, Tomasz Ratajczak, Ryszard W. Adamiak, Marta Szachniuk
    Academic press:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2016, tom: 63, zeszyt RNA, strony: xxx), Wydawca: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Status:
    Published
    DOI:
    10.18388/abp.2016_1329 - link to the publication
  8. New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs
    Authors:
    Agnieszka Rybarczyk, Natalia Szostak, Maciej Antczak, Tomasz Zok, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Blazewicz and Marta Szachniuk
    Academic press:
    BMC Bioinformatics (rok: 2015, tom: 16, strony: 267), Wydawca: BioMedCentral
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/s12859-015-0718-6 - link to the publication
  9. RNAComposer and RNA 3D structure prediction for nanotechnology
    Authors:
    Marcin Biesiada, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Ryszard W. Adamiak, Katarzyna J. Purzycka
    Academic press:
    Methods (rok: 2016, tom: x, strony: x), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.ymeth.2016.03.010 - link to the publication
  10. Ty1 retrovirus-like element Gag contains overlapping restriction factor and nucleic acid chaperone functions
    Authors:
    Yuri Nishida, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Leszek Błaszczyk, Agniva Saha, Julita Gumna, David J. Garfinkel, and Katarzyna J. Purzycka
    Academic press:
    Nucleic Acids Res. (rok: 2015, tom: 43, strony: 7414-7431), Wydawca: OXFORD PRESS
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/nar/gkv695 - link to the publication
  11. Building the library of RNA 3D nucleotide conformations using the clustering approach
    Authors:
    Tomasz Zok, Maciej Antczak, Martin Riedel, David Nebel, Thomas Villmann, Piotr Lukasiak, Jacek Blazewicz, Marta Szachniuk
    Academic press:
    Int. J. Appl. Math. Comput. Sci. (rok: 2015, tom: Vol. 25, No. 3, strony: 689–700), Wydawca: DE GRUYTER
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1515/amcs-2015-0050 - link to the publication
  12. RNApdbee--a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs
    Authors:
    Maciej Antczak, Tomasz Zok, Mariusz Popenda, Piotr Lukasiak, Ryszard W. Adamiak, Jacek Blazewicz and Marta Szachniuk
    Academic press:
    Nucleic Acids Res. (rok: 2014, tom: WebServerIssue, strony: W368-372), Wydawca: Oxford Press
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/nar/gku330 - link to the publication
  13. RNAlyzer - novel approach for quality analysis of RNA structural models
    Authors:
    Piotr Lukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Janusz M. Bujnicki, Marta Szachniuk, Mariusz Popenda, Ryszard W. Adamiak, Jacek Blazewicz
    Academic press:
    Nucl. Acids Res. (rok: 2013, tom: 41(12), strony: 5978-5990), Wydawca: Oxford Press
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/nar/gkt318 - link to the publication
  14. RNAssess––a web server for quality assessment of RNA 3D structures
    Authors:
    Piotr Lukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Ratajczak, Marta Szachniuk, Mariusz Popenda, Ryszard W. Adamiak and Jacek Blazewicz
    Academic press:
    Nucleic Acids Res. (rok: 2015, tom: 43, strony: W502–W506), Wydawca: OXFORD PRESS
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/nar/gkv557 - link to the publication
  15. Similarities and differences in the nucleic acid chaperone activity of HIV-2 and HIV-1 nucleocapsid proteins in vitro
    Authors:
    Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Agnieszka K. Stefaniak, Katarzyna J. Purzycka
    Academic press:
    Retrovirology (rok: 2014, tom: e-11:54, strony: 54), Wydawca: BioMedCentral
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/1742-4690-11-54 - link to the publication
  1. Analiza strukturalna RNA w oparciu o próbkowanie chemiczne i przewidywanie struktury przestrzennej
    Authors:
    K.J. Purzycka
    Conference:
    58 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego, Gdańsk (rok: 2015, ), Wydawca: PTChem
    Data:
    konferencja 21-25.09
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  2. RNApdbee and assessing the RNA secondary structure
    Authors:
    M. Szachniuk, T. Zok, A. Rybarczyk, M. Antczak, N. Szostak, M. Popenda, P. Lukasiak, R.W. Adamiak, J. Blazewicz
    Conference:
    Multi-Pole Approach to Structural Science (rok: 2015, ), Wydawca: PAN, PTKN
    Data:
    konferencja 10-13 maja
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  3. Accurate approach for nucleotide conformation prediction of RNAs
    Authors:
    Maciej Antczak, Tomasz Zok, Martin Riedel, David Nebel, Piotr Lukasiak, Marta Szachniuk, Thomas Villmann, Jacek Blazewicz
    Conference:
    ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology (rok: 2014, ), Wydawca: ECCB
    Data:
    konferencja 7.09-10.09.2014, Strasbourg, Francja
    Status:
    Published
  4. Applications of RNA trigonometric model
    Authors:
    M. Szachniuk, T. Zok, M. Antczak
    Conference:
    ECCO 2015: 28th Conference of the European Chapter on Combinatorial Optimization (rok: 2015, ), Wydawca: ECCO
    Data:
    konferencja 28-30 maja
    Status:
    Published
  5. Insight into the biological functions of retroelement's RNA through the predictions and analyses of their RNA 3D structures
    Authors:
    Marcin Biesiada, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Leszek Blaszczyk, Julita Gumna, Ryszard W. Adamiak, Katarzyna J. Purzycka
    Conference:
    The 20th Annual Meeting of the RNA Society (rok: 2015, ), Wydawca: RNA Society
    Data:
    konferencja 26-31.05
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  6. New in silico approach to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs
    Authors:
    Natalia Szostak, Agnieszka Rybarczyk, Maciej Antczak, Tomasz Zok, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Blazewicz, Marta Szachniuk
    Conference:
    VII Konserwatorium Chemii Medycznej oraz VIII Sympozjum PTBI (rok: 2015, ), Wydawca: PTChM oraz PTBI
    Data:
    konferencja 17-21 września
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  7. Strukturalne i funkcjonalne aspekty oddziaływania poliproteiny Gag z RNA u retrowirusów
    Authors:
    K. Pachulska-Wieczorek, K. J. Purzycka, M. Biesiada, L. Błaszczyk, R. W. Adamiak
    Conference:
    58 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego, Gdańsk (rok: 2015, ), Wydawca: PTChem
    Data:
    konferencja 21-25.09
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  8. THE IMPORTANCE OF THE EXPERIMENTAL DATA IN THE 3D RNA STRUCTURE PREDICTIONS
    Authors:
    Marcin Biesiada, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Leszek Blaszczyk, Ryszard W. Adamiak and Katarzyna J. Purzycka
    Conference:
    XXI Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids Chemical Biology of Nucleic Acids (rok: 2014, ), Wydawca: Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Uniwersdytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu
    Data:
    konferencja 24-28 August 2014, Poznań, Poland
    Status:
    Published
  9. Wyzwania w procesie wysokoprzepustowego modelowania istotnych funkcjonalnie i terapeutycznie struktur 3D RNA
    Authors:
    M. Popenda, M. Szachniuk, M. Antczak, T. Zok, T. Ratajczak, P. Lukasiak, K. J. Purzycka, K. Pachulska-Wieczorek, M. Biesiada, L. Blaszczyk, J. Blazewicz, R.W. Adamiak
    Conference:
    KONFERENCJĘ UŻYTKOWNIKÓW KDM "Aplikacje, algorytmy i technologie KDM" (rok: 2015, ), Wydawca: Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe
    Data:
    konferencja 11-12 maja
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  10. New in silico approach to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs
    Authors:
    Natalia Szostak, Agnieszka Rybarczyk, Maciej Antczak, Tomasz Zok, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Blazewicz, Marta Szachniuk
    Conference:
    ICOLE 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: Universitaet Bielefeld
    Data:
    konferencja 27.09-03.10
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  11. RNA rotamer library for coarse-grained model refinement
    Authors:
    Maciej Antczak, Tomasz Zok, Piotr Lukasiak, Jacek Blazewicz, Marta Szachniuk
    Conference:
    Bioinformatics in Torun, 2014 (rok: 2014, ), Wydawca: PTB
    Data:
    konferencja 12-14.06.2014, Torun
    Status:
    Published
  12. RNApdbee: from RNA atom coordinates to the secondary structure
    Authors:
    T. Zok, M. Antczak, M. Popenda, P. Lukasiak, R. W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk
    Conference:
    Bioinformatics in Torun, 2014 (rok: 2014, ), Wydawca: PTB
    Data:
    konferencja 12-14.06.2014, Torun
    Status:
    Published
  13. NEW WEB-SERVER BASED TOOLS FOR STUDYING RNA STRUCTURE
    Authors:
    Katarzyna J. Purzycka, Mariusz Popenda, Marta Szachniuk, Piotr Lukasiak, Maciej Antczak, Tomasz Zok, Tomasz Ratajczak, Jacek Blazewicz and Ryszard W. Adamiak
    Conference:
    XXI Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids Chemical Biology of Nucleic Acids (rok: 2014, ), Wydawca: Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Uniwersytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu
    Data:
    konferencja 24-28 August 2014, Poznań, Poland
    Status:
    Published
  14. RNA/protein interactions important for structural rearrangements of large RNA
    Authors:
    Leszek Blaszczyk, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Yuri Nishida, Julita Gumna, David Garfinkel, Ryszard Adamiak, Katarzyna Purzycka
    Conference:
    The 20th Annual Meeting of the RNA Society (rok: 2015, ), Wydawca: RNA Society
    Data:
    konferencja 26-31.05
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  15. Robust 3D RNA modelscomparison with RNAssess
    Authors:
    Tomasz Ratajczak, Maciej Antczak, Piotr Lukasiak
    Conference:
    VII Konserwatorium Chemii Medycznej oraz VIII Sympozjum PTBI (rok: 2015, ), Wydawca: PTChM oraz PTBI
    Data:
    konferencja 17-21 września
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  16. Rola danych eksperymentalnych w przewidywaniu struktur 3D RNA
    Authors:
    Marcin Biesiada, Ryszard W. Adamiak, Katarzyna J. Purzycka
    Conference:
    I Poznańskie Sympozjum Młodych Naukowców. Nowe Oblicze Nauk Przyrodniczych, http://psmn.home.amu.edu.pl/?page_id=17 (rok: 2014, ), Wydawca: UAM Poznań
    Data:
    konferencja 15.11.2014
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  17. Wykład na zaproszenie : RNACOMPOSER. CHALLENGES IN MODELLING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF LARGE RNAS
    Authors:
    Katarzyna J. Purzycka
    Conference:
    IV EURO WG Conference on Operational Research in Computational Biology, Bioinformatics and Medicine (rok: 2014, ), Wydawca: The Associacion of European Operational Research Societies
    Data:
    konferencja 26-28 June, 2014, Poznan – Biedrusko (Poland)
    Status:
    Published
  18. Constructing a library of 3D RNA conformations
    Authors:
    Tomasz Zok, MaciejAntczak, Martin Riedel, David Nebel, Thomas Villmann, Piotr Lukasiak, Jacek Blazewicz, Marta Szachniuk
    Conference:
    VII Konserwatorium Chemii Medycznej oraz VIII Sympozjum PTBI (rok: 2015, ), Wydawca: PTChM oraz PTBI
    Data:
    konferencja 17-21 września
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  19. Próbkowanie chemiczne i przewidywanie struktur przestrzennych RNA
    Authors:
    M. Biesiada, K. Pachulska-Wieczorek, R.W. Adamiak, K.J. Purzycka
    Conference:
    I. Wielkopolskie Sympozjum Chemii Bioorganicznej, Organicznej i Biomateriałów (rok: 2015, ), Wydawca: PTChem
    Data:
    konferencja 5,12
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  20. RNAComposer: fully automated RNA 3D structure prediction
    Authors:
    Ryszard W. Adamiak
    Conference:
    Challenges in molecular biology, biophysics and biomedicine" to celebrate the 100th birthday of Professor David Shugar (rok: 2015, ), Wydawca: IBB PAN
    Data:
    konferencja September 17th to 19th
    Status:
    Published
  1. Automated RNA 3D Structure Prediction with RNAComposer
    Authors:
    Biesiada M, Purzycka KJ, Szachniuk M, Blazewicz J, Adamiak RW.
    Book:
    RNA Structure Determination : Methods and Protocols (rok: 2016, tom: 1490, strony: 199-215), Wydawca: serie: Methods in Molecular Biology SPRINGER
    Status:
    Published
  2. Automated 3D RNA Structure Prediction Using the RNAComposer Method for Riboswitches
    Authors:
    Katarzyna J. Purzycka, Mariusz Popenda, Marta Szachniuk, Maciej Antczak, Piotr Lukasiak, Jacek Blazewicz and Ryszard W. Adamiak
    Book:
    Methods in Enzymology; (Computational Methods for Understanding Riboswitches) (rok: 2015, tom: 553, strony: 12479), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy