Projects funded by the NCN

Multi-scale method for amyloid fibril assembly using protofilament structures predicted by coarse-grained docking simula...

Call: OPUS 22 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Michał Koliński

Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk

A framework for de novo modeling of RNA structures using restraints derived from experimental data

Call: SONATA 17 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Sunandan Mukherjee

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Coarse-grained molecular dynamics of RNA thermometers at elevated temperatures

Call: PRELUDIUM 2 , Panel: NZ2

Principal investigator: Filip Leonarski

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

The interplay of neurochemistry and cancer biology: in the search for novel glioblastoma multiforme therapy among dopami...

Call: SONATA 17 , Panel: NZ7

Principal investigator: dr Katarzyna Kucwaj-Brysz

Uniwersytet Jagielloński, Collegium Medicum

Evolutionary genomics: Modeling and prediction of progression of breast and lung cancer

Call: OPUS 21 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Marek Kimmel

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Prediction and characterization of crossing-over landscape in oilseed rape (Brassica napus) using long-read sequencing a...

Call: PRELUDIUM 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: Piotr Kopeć

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Rational engineering of E. coli penicillin G acylase for quorum quenching-based bacterial control as an effective strate...

Call: PRELUDIUM 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: Bartłomiej Surpeta

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Bioinformatic modelling of the impact of probiotic supplementation on microbiomes of breeding ponds and of digestive tra...

Call: OPUS 21 , Panel: NZ9

Principal investigator: prof. Joanna Szyda

Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt

Integrative methods for modeling protein-protein complexes and multimolecular assemblies

Call: SHENG 2 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Sebastian Kmiecik

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

Predicting 3D RNA structures using Generative Adversarial Networks

Call: PRELUDIUM BIS 2 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji

Self-learning systems in the design of compounds modulating GPCR receptors activation.

Call: OPUS 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Dorota Latek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

3D Structure determination of key regulatory regions at the 5' and 3' termini of pathogenic Flaviviruses RNA

Call: SONATA 16 , Panel: NZ6

Principal investigator: dr Tales Rocha de Moura

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Cell-to-cell heterogeneity of cross-wired cytokine signaling: filling the gaps between molecular origins and translation...

Call: OPUS 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Michał Komorowski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk

Development of tools for the rational design of peptide therapeutics

Call: OPUS 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Sebastian Kmiecik

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

The new methodology for better understanding of ligand-RNA interactions.

Call: OPUS 20 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Filip Stefaniak

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

TUMORMAP: Mapping tumor subclones and their immune microenvironment in ultra-high spatial and molecular resolution

Call: SONATA BIS 10 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Ewa Szczurek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Phenotypic heterogeneity in cancer chemotherapy

Call: POLS , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Bartłomiej Wacław

Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk

Machine learning, bio-modeling and medical image processing in prediction of metastases in lung cancer

Call: OPUS 19 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Świerniak

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Unraveling the influence of posttranscriptional modifications on RNA 3D structure formation and its dynamics, with the i...

Call: OPUS 19 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Janusz Bujnicki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Towards automatic derivation of geometry-based descriptors as surrogates for complex structural approaches in enzyme-sub...

Call: PRELUDIUM 19 , Panel: NZ2

Principal investigator: Carlos Sequeiros Borja

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Cucumber multi-omics data integration to characterize the mechanisms of sex determination influenced by climate

Call: OPUS 19 , Panel: NZ9

Principal investigator: dr Magdalena Pawełkowicz

Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Instytut Biologii

Multiscale spatial reorganization of chromatin in response to replication stress and its role in cellular protection aga...

Call: OPUS 19 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Specificity in detection of PTCs in mRNA by NMD and its network, insights from cancer perspective and cross-linking (XL-...

Call: SONATINA 4 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Umesh Kalathiya

Uniwersytet Gdański, Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi

High-resolution analysis of data from proton-deuterium exchange experiments monitored by mass spectrometry.

Call: PRELUDIUM BIS 1 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Michał Dadlez

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Influence of oncogenic mutations on information transmission in the MAPK signaling pathway

Call: OPUS 18 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Tomasz Lipniacki

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk

Identification and comprehensive classification of peptidases

Call: SONATA 15 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Kamil Steczkiewicz

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Spatial network model of sequence and structure diversity of Human genome at a population scale

Call: PRELUDIUM BIS 1 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

The application of deep learning methods in the analysis of livestock genomes

Call: PRELUDIUM BIS 1 , Panel: NZ9

Principal investigator: prof. Joanna Szyda

Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt

Predicting microbiome changes over time and upon perturbation: applications of machine learning to microbiome research a...

Call: SONATA 15 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Tomasz Kościółek

Uniwersytet Jagielloński, Małopolskie Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego

Feature exploration and modelling of quadruplex structures

Call: OPUS 18 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Marta Szachniuk

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

UNDERSTANDING CROSS-TALK BETWEEN AMYLOID PROTEINS

Call: OPUS 18 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Małgorzata Kotulska

Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki

Mathematical modelling of processes which neutralize reactive oxygen species in different types of cells

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Sylwia Ciesielska

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Revealing sources of cell-to-cell heterogeneity in interferon gamma responses

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: NZ2

Principal investigator: Piotr Topolewski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk

Modeling cellular metabolism using telecommunication approach

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Tadeusz Wysocki

Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich w Bydgoszczy, Wydział Telekomunikacji, Informatyki i Elektrotechniki

Development of a new protein-protein docking method based on the flexible docking of short peptide fragments.

Call: OPUS 17 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Mateusz Kurciński

Uniwersytet Warszawski

Algorithms and statistical models for predicting molecules fragmentation scheme during collision-induced dissociation

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: ST6

Principal investigator: Grzegorz Skoraczyński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski

Bridging the gap: DNA catalysis explained

Call: SONATA 14 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Maria Ponce Salvatierra

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Combining Rosetta method with deeply coarse grained SURPASS model into a novel multiscale algorithm for modeling protein...

Call: OPUS 15 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dominik Gront

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Cooridination of innate immune response in infected cell population: experiment and mathematical modeling

Call: OPUS 15 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Tomasz Lipniacki

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk

Deep learning-based integration of circulating and cellular miRNAs expression of pancreatic cancer.

Call: PRELUDIUM 15 , Panel: NZ5

Principal investigator: dr Konrad Stawiski

Uniwersytet Medyczny w Łodzi, Wydział Lekarski

MOLECULAR DETERMINANTS OF SIGNAL PROPAGATION IN THE DELTA AND MU OPIOID RECEPTORS - IN SEARCH FOR ANALGETICS WITH LESS S...

Call: PRELUDIUM 14 , Panel: NZ2

Principal investigator: Tomasz Stepniewski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Multi-objective optimization of the genetic code

Call: PRELUDIUM 14 , Panel: NZ2

Principal investigator: Małgorzata Wnętrzak

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Biotechnologii

Consistent Models and Efficient Algorithms for Genomic Duplications

Call: OPUS 14 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Molecular mechanisms of the allosteric communication in thymidylate synthase

Call: PRELUDIUM 14 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Jan Ludwiczak

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Development of algorithmic and statistical methods in mass spectrometry

Call: SONATA 13 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Michał Startek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Integrative modeling and structure determination of macromolecular complexes comprising RNA and proteins

Call: MAESTRO 9 , Panel: NZ1

Principal investigator: prof. Janusz Bujnicki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

An integrated approach to modeling protein structure and dynamics based on the UNRES coarse-grained force field and bioi...

Call: HARMONIA 9 , Panel: ST4

Principal investigator: dr hab. Cezary Czaplewski

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Molecular picture of the mechanochemical coupling in ATP synthase as a conceptual framework for the development of novel...

Call: SONATA BIS 7 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Jacek Czub

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

Developement of new methods for designing RNA molecules that fold into desired spatial structures and their use for deve...

Call: OPUS 13 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Janusz Bujnicki

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej