Projects funded by the NCN

Phosphorylation dynamics of STAT1, STAT3 and STAT5 proteins in breast cancer cell lines - systematic experimental and th...

Call: OPUS 9 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Michał Komorowski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Targeted inhibition of STATs and IRFs as a novel treatment strategy in cardiovascular disease

Call: OPUS 9 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Johannes Bluijssen (Bluyssen)

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Obliczeniowy model specyficznej tkankowo regulacji genów.

Call: ETIUDA 3 , Panel: NZ2

Principal investigator: Paweł Bednarz

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Development of a method for the structure prediction of GPCRs complexes with agonists and antagonists, including the lig...

Call: SONATA 1 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Michał Koliński

Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN

Porównawcza analiza strukturalno-funkcjonalna in silico białek STAT i IRF, w celu identyfikacji związków chemicznych, dz...

Call: ETIUDA 3 , Panel: NZ2

Principal investigator: Małgorzata Szeląg

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

iCell: information processing in living organisms. The role of three-dimensional structure and multi-scale properties in...

Call: OPUS 8 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Identification of Regulatory Elements and Transcription Factors Driving Differential Gene Transcription in Neuronal and ...

Call: PRELUDIUM 8 , Panel: NZ2

Principal investigator: Paweł Bednarz

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

COGRIMEN - coarse-grained method for modeling of large biological systems in explicit environments

Call: OPUS 8 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Sławomir Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Amine derivatives of hydantoin as selective 5-HT7 receptor ligand. Molecular modeling, synthesis and pharmacological eva...

Call: PRELUDIUM 8 , Panel: NZ7

Principal investigator: Katarzyna Kucwaj-Brysz

Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum, Collegium Medicum Uniwersytet Jagielloński, Wydział Farmaceutyczny

New and efficient methods for the flexible molecular docking of proteins.

Call: MAESTRO 6 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Koliński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Stochastic phenotype switching in growing and dividing bacteria

Call: PRELUDIUM 7 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Joanna Jaruszewicz-Błońska

Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Mechanism controlling cell fate decision in response to stress. Experimental and theoretical analysis.

Call: OPUS 7 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Tomasz Lipniacki

Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Teoretyczne badania nad strukturą receptorów związanych z białkiem G. Narzędzia wspomagające modelowanie homologiczne or...

Call: ETIUDA 2 , Panel: NZ2

Principal investigator: Stefan Mordalski

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

Regulation of the RAF/MEK/ERK cascade involving RAF isoforms

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: NZ2

Principal investigator: Paweł Kocieniewski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Development of comparison methodology, modern validation metrics and modern visualization techniques for biclustering al...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Patryk Orzechowski

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej

Modeling realistic tear film structure including tear protein and analyzing its role in stability and biophysical proper...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST7

Principal investigator: Alicja Wizert

Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki

An integrated approach to the prediction of the structures of proteins and protein complexes with the use of the coarse-...

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Józef Liwo

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Multi-scale model of tumor dynamics as a key component of the system for optimal anti-cancer therapy

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Witold Dzwinel

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Structural investigation of the active center of gamma-secretase and its interactions with selected substrates.

Call: PRELUDIUM 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: Krzysztof Młynarczyk

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Simulation of conformational changes related to the interdomain communication in the eukaryotic GlcN-6-P synthase by mea...

Call: PRELUDIUM 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: Aleksandra Miszkiel

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

The mechanism of ligand binding and the conformational changes in the beta2-adrenergic receptor molecule

Call: SONATA 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Anita Płazińska

Uniwersytet Medyczny w Lublinie, Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej

Formation of spatial heterogeneities on the plama membrane and their impact on cell signaling

Call: PRELUDIUM 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: Marek Kochańczyk

Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Structural analysis of substrate binding region of Hsp40 protein

Call: PRELUDIUM 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: Maciej Baranowski

Uniwersytet Gdański, Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego

Virtual High Throughput Screening (vHTS) derivation of a cross-immunity model for the Influenza-A Virus Infections.

Call: OPUS 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Dariusz Plewczyński

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Study of interaction and signal passing in complexes of GPCRs with arrestin

Call: HARMONIA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sławomir Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Bioinformatic analysis of GmrSD, a Type IV Modification-Dependent Restriction Systems

Call: PRELUDIUM 4 , Panel: NZ2

Principal investigator: Magdalena Machnicka

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on...

Call: OPUS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Piotr Formanowicz

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Emergent properties of biological fitness landscapes derived from artificial life models

Call: PRELUDIUM 4 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Marcin Zagórski

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Integrative systems biology: inferring from massive heterogeneous data

Call: OPUS 1 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Models, languages and systems for reliable and scalable distributed computing

Call: SONATA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Jacek Sroka

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Structural studies based on low sequence similarity of G protein-coupled receptors activated by hormones and allosteric ...

Call: SONATA 4 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Dorota Latek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Modelling stress-induced transposon activity

Call: HARMONIA 3 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Automated, high-throughput modeling of RNA three-dimensional structures

Call: MAESTRO 3 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Ryszard Adamiak

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Modeling of charge transport in RNA structural motifs

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: NZ1

Principal investigator: Juliusz Stasiewicz

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

Prediction of Cascade complex structure.

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Joanna Kasprzak

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Bioinformatics and biophysical models of NF-kappaB binding sites in DNA: genome-wide prediction of binding sites, experi...

Call: OPUS 3 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Marek Kimmel

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Analysis of the plasma proteome in chronic kidney disease in the context of progressive cardiovascular disease.

Call: OPUS 3 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Magdalena Łuczak

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Projektowanie nowych związków, wpływających na agregację beta-amyloidu oraz przekaźnictwo cholinergiczne, metodami model...

Call: FUGA 1 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Marek Bajda

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Comprehensive prediction of cooperative regulatory elements in eukaryotic genomes

Call: PRELUDIUM 2 , Panel: NZ2

Principal investigator: Aleksander Jankowski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Inter- and intracellular signalling in innate immune response: experimental and mathematical analysis

Call: OPUS 2 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Tomasz Lipniacki

Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Exposing unseen passages - towards identification of functional transient tunnels in protein structures

Call: PRELUDIUM BIS 5 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr hab. Jan Brezovský

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Optimization of coarse-grained molecular dynamics simulations for tunnel exploration of large proteins with buried activ...

Call: PRELUDIUM 22 , Panel: NZ2

Principal investigator: Nishita Mandal

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

Understanding the exaptation of tissue-specific enhancers by modeling the changes of spatial chromatin architecture.

Call: PRELUDIUM BIS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Anna Gambin

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Computational deciphering of pro-ferroptotic cell death protein machinery as a fundamental step in the search for therap...

Call: SONATA BIS 12 , Panel: ST4

Principal investigator: dr Karolina Mikulska-Rumińska

Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Mathematical modeling of micro-RNA control of transcript levels and translation efficiency in irradiated cells

Call: OPUS 23 , Panel: NZ2

Principal investigator: prof. Marek Kimmel

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Topic modeling for multimodal single-cell data

Call: PRELUDIUM 21 , Panel: NZ2

Principal investigator: Piotr Rutkowski

Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk, Międzynarodowe Centrum Badań Oka

Bacterial microdomain modeling for selected antimicrobial compounds interactions.

Call: PRELUDIUM 21 , Panel: NZ9

Principal investigator: Mateusz Rzycki

Politechnika Wrocławska

Multi-scale method for amyloid fibril assembly using protofilament structures predicted by coarse-grained docking simula...

Call: OPUS 22 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Michał Koliński

Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk

A framework for de novo modeling of RNA structures using restraints derived from experimental data

Call: SONATA 17 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Sunandan Mukherjee

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

The interplay of neurochemistry and cancer biology: in the search for novel glioblastoma multiforme therapy among dopami...

Call: SONATA 17 , Panel: NZ7

Principal investigator: dr Katarzyna Kucwaj-Brysz

Uniwersytet Jagielloński, Collegium Medicum