Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Wysokorozdzielcza mapa pęknięć dsDNA w genomie człowieka

2011/02/A/NZ2/00014

Słowa kluczowe:

genomika pękniecia dsDNA stabilność genomu sekwencjonowanie nowej generacji

Deskryptory:

  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ1_1: Biologia molekularna

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Krzysztof Ginalski 

Liczba wykonawców projektu: 15

Konkurs: MAESTRO 1 - ogłoszony 2011-06-15

Przyznana kwota: 3 000 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2012-05-24

Zakończenie projektu: 2018-05-24

Planowany czas trwania projektu: 72 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Rozbudowa systemu do sekwencjonowania nowej generacji HiSeq 2000 (do HiSeq 2500).
  2. Wirówka z kompletem rotorów. Za kwotę 20 000 PLN
  3. Serwer bioinformatyczny do przechowywania i przetwarzania danych. Za kwotę 140 000 PLN
  4. System do sekwencjonowania nowej generacji MiSeq.
  5. System oczyszczania wody z kompletem filtrów. Za kwotę 35 000 PLN
  6. Drobny sprzęt laboratoryjny: rozbudowa systemu do PCR (podstawa do termobloku), cieplarka. Za kwotę 15 000 PLN
  7. Inkubator do hodowli komórkowych (2 szt.). Za kwotę 60 000 PLN
  8. Rozbudowa laptopa.
  9. Mikroskop.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (26)
  1. Biochemical and structural bioinformatics studies of fungal CutA nucleotidyltransferases explain their unusual specificity towards CTP and increased tendency for cytidine incorporation at the 3'-terminal positions of synthesized tails
    Autorzy:
    Kobylecki, K., Kuchta, K., Dziembowski, A., Ginalski, K., Tomecki, R.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2017, tom: 23, strony: 1902-1926), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.117 - link do publikacji
  2. Phylogeny-based systematization of Arabidopsis proteins with histone H1 globular domain (GH1)
    Autorzy:
    Kotlinski, M., Knizewski, L., Muszewska, A., Rutowicz, K., Lirski, M., Schmidt, A., Baroux, C., Ginalski, K., Jerzmanowski, A.
    Czasopismo:
    Plant Physiology (rok: 2017, tom: 174, strony: 27-34), Wydawca: American Society of Plant Biologists
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1104/pp.16.00214 - link do publikacji
  3. Probabilistic approach to predicting substrate specificity of methyltransferases
    Autorzy:
    Szczepinska T, Kutner J, Kopczynski M, Pawlowski K, Dziembowski A, Kudlicki A, Ginalski K, Rowicka M
    Czasopismo:
    PLoS Computational Biology (rok: 2014, tom: 10, strony: e1003514), Wydawca: Public Library Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pcbi.1003514 - link do publikacji
  4. Ssb1 and Ssb2 cooperate to regulate mouse hematopoietic stem and progenitor cells by resolving replicative stress
    Autorzy:
    Shi, W., Vu, T., Boucher, D., Biernacka, A., Nde, J., Pandita, R.K., Straube, J., Boyle, G.M., Al-Ejeh, F., Nag, P., Jeffery, J., Harris, J.L., Bain, A.L., Grzelak, M., Skrzypczak, M., Mitra, A., Dojer, N., Crosetto, N., Cloonan, N., Becherel, O.J., Finnie, J., Skaar, J.R., Walkley, C.R., Pandita, T.K., Rowicka, M., Ginalski, K., Lane, S.W., Khanna, K.K.
    Czasopismo:
    Blood (rok: 2017, tom: 129, strony: 2479-2492), Wydawca: American Society of Hematology
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1182/blood-2016-06-725093 - link do publikacji
  5. The RNase H-like superfamily: new members, comparative structural analysis and evolutionary classification
    Autorzy:
    Majorek KA, Dunin-Horkawicz S, Steczkiewicz K, Muszewska A, Nowotny M, Ginalski K, Bujnicki JM
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 4160-4179), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkt1414 - link do publikacji
  6. Nucleotide-resolution DNA double-strand break mapping by next-generation sequencing
    Autorzy:
    Crosetto N, Mitra A, Silva MJ, Bienko M, Dojer N, Wang Q, Karaca E, Chiarle R, Skrzypczak M, Ginalski K, Pasero P, Rowicka M, Dikic I
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2013, tom: 10, strony: 361-365), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/nmeth.2408 - link do publikacji
  7. Systematic classification of the His-Me finger superfamily
    Autorzy:
    Jablonska, J., Matelska, D., Steczkiewicz, K., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: 11479-11494), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx924 - link do publikacji
  8. The histone deacetylases sir2 and rpd3 act on ribosomal DNA to control the replication program in budding yeast
    Autorzy:
    Yoshida K, Bacal J, Desmarais D, Padioleau I, Tsaponina O, Chabes A, Pantesco V, Dubois E, Parrinello H, Skrzypczak M, Ginalski K, Lengronne A, Pasero P
    Czasopismo:
    Molecular Cell (rok: 2014, tom: 54, strony: 691-697), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.molcel.2014.04.03 - link do publikacji
  9. Towards engineering novel PE-based immunotoxins by targeting them to the nucleus
    Autorzy:
    Borowiec, M., Gorzkiewicz, M., Grzesik, J., Walczak-Drzewiecka, A., Salkowska, A., Rodakowska, E., Steczkiewicz, K., Rychlewski, L., Dastych, J., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Toxins (rok: 2016, tom: 8, strony: E321), Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/toxins8110321 - link do publikacji
  10. Exome scale map of genetic alterations promoting metastasis in colorectal cancer
    Autorzy:
    Goryca, K., Kulecka, M., Paziewska, A., Dabrowska, M., Grzelak, M., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Mroz, A., Rutkowski, A., Paczkowska, K., Mikula, M., Ostrowski, J.
    Czasopismo:
    BMC Genetics , Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  11. MRX, Set1 and Gcn5 modulate chromatin structure at stalled replication forks to promote resection of nascent DNA and cohesin loading
    Autorzy:
    Delamarre, A., Barthe, A., de la Roche Saint-Andre, C., Luciano, P., Forey, R., Padioleau, I., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Geli, V., Lengronne, A., Pasero, P.
    Czasopismo:
    Molecular Cell , Wydawca: Cell Press
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  12. Comprehensive classification of the PIN domain-like superfamily
    Autorzy:
    Matelska, D., Steczkiewicz, K., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: 6995-7020), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx494 - link do publikacji
  13. Diverse cap-binding properties of Drosophila eIF4E isoforms
    Autorzy:
    Zuberek, J., Kuchta, K., Hermandez, G., Sonenberg, N., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics (rok: 2016, tom: 1864, strony: 1292-1303), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbapap.2016.06.015 - link do publikacji
  14. FAM46 proteins are novel eukaryotic non-canonical poly(A) polymerases
    Autorzy:
    Kuchta, K., Muszewska, A., Knizewski, L., Steczkiewicz, K., Wyrwicz, L.S., Pawlowski, K., Rychlewski, L., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 3534-3548), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw222 - link do publikacji
  15. Five eIF4E isoforms from Arabidopsis thaliana are characterized by distinct features of cap analogs binding
    Autorzy:
    Kropiwnicka A, Kuchta K, Lukaszewicz M, Kowalska J, Jemielity J, Ginalski K, Darzynkiewicz E, Zuberek J
    Czasopismo:
    Biochemical and Biophysical Research Communications (rok: 2015, tom: 456, strony: 47-52), Wydawca: Academic Press, Elsevier Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbrc.2014.11.032 - link do publikacji
  16. Genome-wide mapping of long-range contacts unveils clustering of DNA double-strand breaks at damaged active genes
    Autorzy:
    Aymard, F., Aguirrebengoa, M., Guillou, E., Javierre, B.M., Bugler, B., Arnould, C., Rocher, V., Iacovoni, J.S., Biernacka, A., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Rowicka, M., Fraser, P., Legube, G.
    Czasopismo:
    Nature Structural & Molecular Biology (rok: 2017, tom: 24, strony: 353-361), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/nsmb.3387 - link do publikacji
  17. Hypermethylation of TRIM59 and KLF14 influences cell death signaling in familial Alzheimer's disease
    Autorzy:
    Wezyk, M., Spolnicka, M., Pospiech, E., Peplonska, B., Zbiec-Piekarska, R., Ilkowski, J., Styczynska, M., Barczak, A., Zboch, M., Filipek-Gliszczynska, A., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Kabza, M., Makalowska, I., Barcikowska-Kotowicz, M., Branicki, W., Zekanowski, C.
    Czasopismo:
    Oxidative Medicine and Cellular Longevity (rok: 2018, tom: 2018, strony: 6918797), Wydawca: Hindawi
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1155/2018/6918797 - link do publikacji
  18. Histone H1 variants in Arabidopsis are subject to numerous post-translational modifications, both conserved and previously unknown in histones, suggesting complex functions of H1 in plants
    Autorzy:
    Kotlinski M, Rutowicz K, Knizewski L, Palusinski A, Oledzki J, Fogtman A, Rubel T, Koblowska M, Dadlez M, Ginalski K, Jerzmanowski A
    Czasopismo:
    PLoS One (rok: 2016, tom: 11, strony: e0147908), Wydawca: Public Library Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0147908 - link do publikacji
  19. Identification of a novel human mitochondrial endo-/exonuclease Ddk1/c20orf72 necessary for maintenance of proper 7S DNA levels
    Autorzy:
    Szczesny RJ, Hejnowicz MS, Steczkiewicz K, Muszewska A, Borowski LS, Ginalski K, Dziembowski A
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2013, tom: 41, strony: 3144-3161), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkt029 - link do publikacji
  20. Overactive BRCA1 affects presenilin 1 in induced pluripotent stem cell-derived neurons in Alzheimer's disease
    Autorzy:
    Wezyk, M., Szybinska, A., Wojsiat, J., Szczerba, M., Day, K., Ronnholm, H., Kele, M., Berdynski, M., Peplonska, B., Fichna, J.P., Ilkowski, J., Styczynska, M., Barczak, A., Zboch, M., Filipek-Gliszczynska, A., Bojakowski, K., Skrzypczak, M., Ginalski, K., Kabza, M., Makalowska, I., Barcikowska-Kotowicz, M., Wojda, U., Falk, A., Zekanowski, C.
    Czasopismo:
    Journal of Alzheimer's Disease (rok: 2018, tom: 62, strony: 175-202), Wydawca: IOS Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3233/JAD-170830 - link do publikacji
  21. Predicting proteome dynamics using gene expression data
    Autorzy:
    Kuchta, K., Towpik, J., Biernacka, A., Kutner, J., Kudlicki, A., Ginalski, K., Rowicka, M.
    Czasopismo:
    Scientific Reports , Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  22. A specialized histone H1 variant is required for adaptive responses to complex abiotic stress and related DNA methylation in Arabidopsis
    Autorzy:
    Rutowicz K, Puzio M, Halibart-Puzio J, Lirski M, Kotlinski M, Kroten MA, Knizewski L, Lange B, Muszewska A, Sniegowska-Swierk K, Koscielniak J, Iwanicka-Nowicka R, Buza K, Janowiak F, Zmuda K, Joesaar I, Laskowska-Kaszub K, Fogtman A, Kollist H, Zielenkiewicz P, Tiuryn J, Siedlecki P, Swiezewski S, Ginalski K, Koblowska M, Archacki R, Wilczynski B, Rapacz M, Jerzmanowski A
    Czasopismo:
    Plant Physiology (rok: 2015, tom: 169, strony: 2080-2101), Wydawca: American Society of Plant Biologists
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1104/pp.15.00493 - link do publikacji
  23. Genome-wide co-localization of active EGFR and downstream ERK pathway kinases mirrors mitogen-inducible RNA polymerase 2 genomic occupancy
    Autorzy:
    Mikula, M., Skrzypczak, M., Goryca, K., Paczkowska, K., Ledwon, J.K., Statkiewicz, M., Kulecka, M., Grzelak, M., Dabrowska, M., Kuklinska, U., Karczmarski, J., Rumienczyk, I., Jastrzebski, K., Miaczynska, M., Ginalski, K., Bomsztyk, K., Ostrowski, J.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 10150-10164), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw763 - link do publikacji
  24. Strategies for achieving high sequencing accuracy for low diversity samples and avoiding sample bleeding using Illumina platform
    Autorzy:
    Mitra A, Skrzypczak M, Ginalski K, Rowicka M
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2015, tom: 10, strony: e0120520), Wydawca: Public Library Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0120520 - link do publikacji
  25. Comprehensive histone modification mapping at DNA Double Strand break deciphers repair pathways histone codes
    Autorzy:
    Clouaire, T., Rocher, V., Aguirrebengoa, M., Biernacka, A., Skrzypczak, M., Aymard, F., Fongfang, B., Dojer, N., Iacovoni, J.S., Rowicka, M., Ginalski, K., Legube, G.
    Czasopismo:
    Molecular Cell , Wydawca: Cell Press
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  26. i-BLESS: ultra-sensitive method for detection of DNA double-strand breaks
    Autorzy:
    Biernacka, A., Zhu, Y., Skrzypczak, M., Forey, R., Pardo, B., Grzelak, M., Nde, J., Mitra, A., Kudlicki, A., Crosetto, N., Pasero, P., Rowicka, M., Ginalski, K.
    Czasopismo:
    Communications Biology , Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy