Projects funded by the NCN

Establishing a universal pangenome model

Call: OPUS 24 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Norbert Dojer

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Computational methods for understanding tumor immune microenvironment from spatial imaging data

Call: SONATA 19 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Krzysztof Gogolewski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Development of universal data representation models to improve the quality of machine learning techniqes with an exampla...

Call: PRELUDIUM 11 , Panel: ST6

Principal investigator: Magdalena Wiercioch

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Classical and quantum computation of strongly correlated systems

Call: OPUS 12 , Panel: ST3

Principal investigator: prof. Jacek Dziarmaga

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Rigorous computation in Circular Restricted Three Body Problem

Call: PRELUDIUM 12 , Panel: ST6

Principal investigator: Irmina Walawska

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Detecting origins of signalling aberrations in cancer cells

Call: PRELUDIUM 12 , Panel: ST6

Principal investigator: Karol Nienałtowski

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk

Development of methods for bias correction of gene expression measurements

Call: SONATA 12 , Panel: ST7

Principal investigator: dr Roman Jaksik

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Efficient simulation algorithms for models of stochastic processes in computational biology and synthesis of the signali...

Call: OPUS 12 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Krzysztof Puszyński

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Quantum correlations in fermionic many-body systems and its applications in quantum computation and quantum interferomet...

Call: SONATA 12 , Panel: ST2

Principal investigator: dr Piotr Ćwikliński

Uniwersytet Gdański, Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki

Long-range quantum bus for electron spin qubits in silicon

Call: UNISONO , Panel: ST3

Principal investigator: dr hab. Łukasz Cywiński

Instytut Fizyki Polskiej Akademii Nauk

Heuristic optimisation algorithm with coupled reduced order model generation for computation of wind turbines

Call: OPUS 14 , Panel: ST8

Principal investigator: dr Zbigniew Buliński

Politechnika Śląska, Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki

Mapping NARES-2P coarse-grained model of nucleic acids to all-atom representation

Call: PRELUDIUM 14 , Panel: ST4

Principal investigator: Łukasz Golon

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Abstract Machines for Programming Languages: Investigations in Formal Interderivations

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Witold Charatonik

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Genome assembly algorithms for genetic disorders diagnosis

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: ST6

Principal investigator: Barbara Agnieszka Poszewiecka

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Modeling cellular metabolism using telecommunication approach

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Tadeusz Antoni Wysocki

Politechnika Bydgoska im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich, Wydział Telekomunikacji, Informatyki i Elektrotechniki

Algorithms for the multiple sequence alignment problem and its variants

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Adam Gudyś

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Study of the capabilities and limits of the use of Petri nets for modeling and analysis of complex biological systems on...

Call: OPUS 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Piotr Formanowicz

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Study of interaction and signal passing in complexes of GPCRs with arrestin

Call: HARMONIA 4 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Sławomir Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

An integrated approach to the prediction of the structures of proteins and protein complexes with the use of the coarse-...

Call: HARMONIA 5 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Józef Liwo

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Increase in efficiency of high-performance processors with exploitation of information regarding an open thermal system ...

Call: OPUS 7 , Panel: ST7

Principal investigator: prof. Andrzej Kos

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji

Development of machne learning methods with an application of determining of chemical compounds activitiy

Call: PRELUDIUM 7 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Marek Śmieja

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Identification and comprehensive classification of nucleases including human nucleases

Call: OPUS 8 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr hab. Krzysztof Ginalski

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

Computational Genomics: Problems, Algorithms and Models

Call: OPUS 10 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Górecki

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Coarse-grained modeling of the calcium, sodium, magnesium and potassium cations with proteins

Call: PRELUDIUM 11 , Panel: ST4

Principal investigator: dr Agnieszka Lipska

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

Bayesian analysis of bladder cancer subtypes based on high-throughput data

Call: PRELUDIUM 11 , Panel: ST6

Principal investigator: Krzysztof Gogolewski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

MLGenSig: Machine Learning Methods for building of Integrated Genetic Signatures

Call: OPUS 11 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Przemysław Biecek

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

Incorporating genomic variation information into DNA sequencing data analysis

Call: OPUS 11 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Norbert Dojer

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Development of bioinformatics models to analyze 3D RNA structures in torsion angle space

Call: PRELUDIUM 12 , Panel: ST6

Principal investigator: Tomasz Żok

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki

Integrative analysis of single-cell genomics data

Call: SONATA 16 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Aleksander Albert Jankowski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

A novel probabilistic model for cell type identification in spatial transcriptomics and single-cell RNA sequencing data

Call: PRELUDIUM 20 , Panel: ST6

Principal investigator: Agnieszka Izabela Geras

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Photonic Quantum Memristor Networks

Call: Quant-ERA II Call 2021 , Panel: ST2

Principal investigator: dr hab. Magdalena Stobińska

Uniwersytet Warszawski

A framework for de novo modeling of RNA structures using restraints derived from experimental data

Call: SONATA 17 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Sunandan Mukherjee

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Allosteric and allosteric-orthosteric bitopic ligands of histamine receptor H4 as a way to increase selectivity and bias...

Call: OPUS 23 , Panel: NZ7

Principal investigator: prof. Sławomir Hubert Filipek

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Densitals, Ditopology, and Double Drachmanization: New Concepts and Formalisms for Computation and Analysis of the Two-E...

Call: OPUS 24 , Panel: ST4

Principal investigator: prof. Jerzy Ciosłowski

Uniwersytet Szczeciński, Instytut Fizyki

Imaging and computation in scattering media with multi-pixel single photon detectors.

Call: PRELUDIUM 22 , Panel: ST7

Principal investigator: Adrian Makowski

Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki

EdgeCR: Efficient and Efficacious Cellular Reprogramming with Edgetic Perturbations

Call: OPUS 26 (LAP) , Panel: ST6

Principal investigator: dr Andrzej Mizera

IDEAS NCBR sp. z o.o.

From Static to Dynamic: Integrating Glycan Dynamics into Structural Biology

Call: SONATA BIS 14 , Panel: NZ1

Principal investigator: dr Mateusz Sikora

Uniwersytet Jagielloński w Krakowie

Modeling of Optimal Structure in Extended Fluid-Structure Interaction Environment

Call: OPUS 1 , Panel: ST8

Principal investigator: dr hab. Michał Nowak

Politechnika Poznańska, Wydział Maszyn Roboczych i Transportu

Theoretical and practical homology computation for big data sets.

Call: PRELUDIUM 3 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Mateusz Juda

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

An integrated approach to modeling protein structure and dynamics based on the UNRES coarse-grained force field and bioi...

Call: HARMONIA 9 , Panel: ST4

Principal investigator: dr hab. Cezary Czaplewski

Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii

The role of solvation water in shaping the activity of antifreeze proteins.

Call: PRELUDIUM 14 , Panel: ST4

Principal investigator: Joanna Grabowska

Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

Combining Rosetta method with deeply coarse grained SURPASS model into a novel multiscale algorithm for modeling protein...

Call: OPUS 15 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Dominik Gront

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Inter quantum dots near-field mediated energy/charge transfers - introduction to quantum neural networks and computation...

Call: SONATA BIS 8 , Panel: ST3

Principal investigator: dr Bartłomiej Cichy

Instytut Niskich Temperatur i Badań Strukturalnych im. Włodzimierza Trzebiatowskiego Polskiej Akademii Nauk

Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks

Call: OPUS 17 , Panel: ST6

Principal investigator: dr hab. Paweł Piotr Górecki

Uniwersytet Warszawski

Algorithms and statistical models for predicting molecules fragmentation scheme during collision-induced dissociation

Call: PRELUDIUM 17 , Panel: ST6

Principal investigator: Grzegorz Marek Skoraczyński

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Development of comparison methodology, modern validation metrics and modern visualization techniques for biclustering al...

Call: PRELUDIUM 6 , Panel: ST6

Principal investigator: dr Patryk Orzechowski

Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie, Wydział Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej

PerM-Cloud, ALgorithms and methods of processing big genomic data repositories in computing cloud environment towards th...

Call: OPUS 7 , Panel: NZ2

Principal investigator: dr Michał Okoniewski

Politechnika Warszawska, Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych

Analysis of the conformations of organic compounds in macromolecular structures

Call: PRELUDIUM 18 , Panel: ST6

Principal investigator: Joanna Magdalena Macnar

Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii

Protein inference and quantification: a regularization approach

Call: PRELUDIUM 19 , Panel: ST6

Principal investigator: Mateusz Krystian Staniak

Uniwersytet Wrocławski

Machine learning, bio-modeling and medical image processing in prediction of metastases in lung cancer

Call: OPUS 19 , Panel: ST6

Principal investigator: prof. Andrzej Świerniak

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki