Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Badania komputerowe zwijania i dimeryzacji białek na rybosomie

2019/35/B/ST4/02086

Słowa kluczowe:

zwijanie białek kinetyka procesu translacji-elongacji analiza profili białek struktura białek dimeryzacja białek oddziaływania hydrofobowe dynamika molekularna pełnoatomowe i gruboziarniste pola siłowe

Deskryptory:

  • ST4_4: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_1: Chemia fizyczna, fizyka chemiczna
  • ST4_9: Chemia biologiczna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Fizyki Polskiej Akademii Nauk

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Mai Suan Li 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: OPUS 18 - ogłoszony 2019-09-16

Przyznana kwota: 558 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-08-01

Zakończenie projektu: 2024-02-25

Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (35)
  1. Molecular Mechanism of Ultrasound-Induced Structural Defects in Liposomes: A Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulation Study
    Autorzy:
    Viet Hoang Man, Mai Suan Li, Philippe Derreumaux, Junmei Wang, and Phuong H. Nguyen
    Czasopismo:
    Langmuir (rok: 2021, tom: 37, strony: 7945–7954), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.langmuir.1c00555 - link do publikacji
  2. dentifying inhibitors of NSP16-NSP10 of SARS-CoV-2 from large databases
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Nguyen Quoc Thai and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (rok: 2022, tom: xxx, strony: xxx), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/07391102.2022.2114941 - link do publikacji
  3. Molecular dynamics simulation of cancer cell membrane perforated by shockwave induced bubble collapse
    Autorzy:
    Nguyen Hoang Linh, Viet Hoang Man, Mai Suan Li, Junmei Wang, Philippe Derreumaux, Thi Ly Mai, and Phuong H. Nguyen
    Czasopismo:
    J. Chem. Phys. (rok: 2022, tom: 157, strony: 225102), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/5.0105675 - link do publikacji
  4. Amyloid Oligomers: A Joint Experimental/Computational Perspective on Alzheimer's Disease, Parkinson's Disease, Type II Diabetes, and Amyotrophic Lateral Sclerosis
    Autorzy:
    Phuong H. Nguyen, Ayyalusamy Ramamoorthy, Bikash R. Sahoo, Jie Zheng, Peter Faller, John E. Straub, Laura Dominguez, Joan-Emma Shea, Nikolay V. Dokholyan, Alfonso De Simone, Buyong MaBuyong Ma Basic Science Program, Leidos Biomedical Research, Inc., Cancer and Inflammation Program, National Cancer Institute, Frederick, Maryland 21702, United States School of Pharmacy, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China More by Buyong Ma Orcidhttp://orcid.org/0000-0002-7383-719X , Ruth Nussinov, Saeed Najafi, Son Tung Ngo, Antoine Loquet, Mara Chiricotto, Pritam Ganguly, James McCarty, Mai Suan Li, Carol Hall, Yiming Wang, Yifat Miller, Simone Melchionna, Birgit Habenstein, Stepan Timr, Jiaxing Chen, Brianna Hnath, Birgit Strodel, Rakez Kayed, Sylvain Lesné, Guanghong Wei, Fabio Sterpone, Andrew J. Doig, and Philippe Derreumaux
    Czasopismo:
    Chem Rev (rok: 2021, tom: 121, strony: 2545–2647), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.chemrev.0c01122 - link do publikacji
  5. The Driving Force for Co-translational Protein Folding is Weaker In the Ribosome Vestibule due to Greater Water Ordering
    Autorzy:
    Quyen V Vu, Yang Jiang, Mai Suan Li, Edward O'Brien
    Czasopismo:
    Chemical Science (rok: 2021, tom: 12, strony: 11851-11857), Wydawca: RSC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/D1SC01008E - link do publikacji
  6. Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
    Autorzy:
    Adolfo B. Poma, Tran Thi Minh Thu, Lam Tang Minh Tri, Hoang Linh Nguyen, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2021, tom: 125, strony: 7628–7637), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.1c02322 - link do publikacji
  7. Electrostatic Interactions Explain the Higher Binding Affinity of the CR3022 Antibody for SARS-CoV-2 than the 4A8 Antibody
    Autorzy:
    Hung Nguyen, Pham Dang Lan, Daniel A. Nissley, Edward P. O'Brien, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2021, tom: 125, strony: 7368–7379), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.1c03639 - link do publikacji
  8. Molecular Mechanism of Ultrasound-Induced Structural Defects in Liposomes: A Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulation Study
    Autorzy:
    Viet Hoang Man, Mai Suan Li, Philippe Derreumaux, Junmei Wang, and Phuong H. Nguyen
    Czasopismo:
    Langmuir (rok: 2021, tom: 37, strony: 7945–7954), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.langmuir.1c00555 - link do publikacji
  9. Plant isoquinoline alkaloids as potential neurodrugs: A comparative study of the effects of benzo[c]phenanthridine and berberine based compounds on β-amyloid aggregation
    Autorzy:
    Daniela Marasco, Caterina Vicidomini, Pawel Krupa, Federica Cioffi, Pham Dinh Quoc Huy, Mai Suan Li, Daniele Florio, Kerensa Broersen, Maria Francesca De Pandis, and Giovanni N.Roviello
    Czasopismo:
    Chemico-Biological Interactions (rok: 2021, tom: 334, strony: 109300), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.cbi.2020.109300 - link do publikacji
  10. Protein aggregation rate depends on mechanical stability of fibrillar structure
    Autorzy:
    Tran Thi Minh Thu and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Chem. Phys. (rok: 2022, tom: 157, strony: 55101), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/5.0088689 - link do publikacji
  11. Remdesivir Strongly Binds to both RNA-dependent RNA Polymerase and Main Protease of SARS-CoV-2: Evidence from Molecular Simulations
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Thai Nguyen, Duc Toan Truong, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 11337–11348), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c07312 - link do publikacji
  12. SARS-CoV-2 Omicron Variant Binds to Human Cells More Strongly than the Wild Type: Evidence from Molecular Dynamics Simulation
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Nguyen Quoc Thai, Phuong H. Nguyen, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2022, tom: 126, strony: 4669–4678), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.2c01048 - link do publikacji
  13. Cocktail of REGN Antibodies Binds More Strongly to SARS-CoV-2 Than Its Components, but the Omicron Variant Reduces Its Neutralizing Ability
    Autorzy:
    Hung Nguyen, Pham Dang Lan, Daniel A. Nissley, Edward P. O'Brien, and Mai Suan Li.
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2022, tom: 126, strony: 2812–2823.), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.2c00708 - link do publikacji
  14. Molecular mechanism of ultrasound interaction with a blood brain barrier model
    Autorzy:
    Man Viet Hoang, Mai Suan Li, Philippe Derreumaux, Junmei Wang, Toan T. Nguyen, S. Nangia, and Phuong H. Nguyen
    Czasopismo:
    J Chem Phys (rok: 2020, tom: 153, strony: 45104), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/5.0010667 - link do publikacji
  15. Antibody–nanobody combination increases their neutralizing activity against SARS-CoV-2 and nanobody H11-H4 is effective against Alpha, Kappa and Delta variants
    Autorzy:
    Hung Nguyen & Mai Suan Li
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: Article number: 9701), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-022-14263-1 - link do publikacji
  16. Charge-charge interaction in three-layer systems: Classical approach
    Autorzy:
    A. M. Gabovich , M. S. Li, H. Szymczak , A. I. Voitenko
    Czasopismo:
    Phys.Rev. B (rok: 2022, tom: 105, strony: 115415), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1103/PhysRevB.105.115415 - link do publikacji
  17. Emergence of Barrel Motif in Amyloid-β Trimer: A Computational Study
    Autorzy:
    3. Hoang Linh Nguyen, Huynh Quang Linh, Paolo Matteini, Giovanni La Penna, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 11337–11348), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c07312 - link do publikacji
  18. Remdesivir Strongly Binds to both RNA-dependent RNA Polymerase and Main Protease of SARS-CoV-2: Evidence from Molecular Simulations
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Thai Nguyen, Duc Toan Truong, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 7336–7347), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c04511 - link do publikacji
  19. Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
    Autorzy:
    Adolfo B. Poma, Tran Thi Minh Thu, Lam Tang Minh Tri, Hoang Linh Nguyen, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2021, tom: 125, strony: 7628–7637), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.1c02322 - link do publikacji
  20. Remdesivir Strongly Binds to both RNA-dependent RNA Polymerase and Main Protease of SARS-CoV-2: Evidence from Molecular Simulations
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Thai Nguyen, Duc Toan Truong, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 11337–11348), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c07312 - link do publikacji
  21. Amyloid Oligomers: A Joint Experimental/Computational Perspective on Alzheimer's Disease, Parkinson's Disease, Type II Diabetes, and Amyotrophic Lateral Sclerosis
    Autorzy:
    Phuong H. Nguyen, Ayyalusamy Ramamoorthy, Bikash R. Sahoo, Jie Zheng, Peter Faller, John E. Straub, Laura Dominguez, Joan-Emma Shea, Nikolay V. Dokholyan, Alfonso De Simone, Buyong MaBuyong Ma Basic Science Program, Leidos Biomedical Research, Inc., Cancer and Inflammation Program, National Cancer Institute, Frederick, Maryland 21702, United States School of Pharmacy, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China More by Buyong Ma Orcidhttp://orcid.org/0000-0002-7383-719X , Ruth Nussinov, Saeed Najafi, Son Tung Ngo, Antoine Loquet, Mara Chiricotto, Pritam Ganguly, James McCarty, Mai Suan Li, Carol Hall, Yiming Wang, Yifat Miller, Simone Melchionna, Birgit Habenstein, Stepan Timr, Jiaxing Chen, Brianna Hnath, Birgit Strodel, Rakez Kayed, Sylvain Lesné, Guanghong Wei, Fabio Sterpone, Andrew J. Doig, and Philippe Derreumaux
    Czasopismo:
    Chem Rev (rok: 2021, tom: 121, strony: 2545–2647), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.chemrev.0c01122 - link do publikacji
  22. Probing the Structure of Toxic Amyloid-β Oligomers with Electron Spin Resonance and Molecular Modeling
    Autorzy:
    Martina Banchelli, Roberta Cascella, Cristiano D'Andrea, Giovanni La Penna, Mai Suan Li, Fabrizio Machetti, Paolo Matteini, and Silvia Pizzanelli
    Czasopismo:
    ACS Chem. Neurosci (rok: 2021, tom: 12, strony: 1150–1161), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acschemneuro.0c00714 - link do publikacji
  23. Plant isoquinoline alkaloids as potential neurodrugs: A comparative study of the effects of benzo[c]phenanthridine and berberine based compounds on β-amyloid aggregation
    Autorzy:
    Daniela Marasco, Caterina Vicidomini, Pawel Krupa, Federica Cioffi, Pham Dinh Quoc Huy, Mai Suan Li, Daniele Florio, Kerensa Broersen, Maria Francesca De Pandis, and Giovanni N.Roviello
    Czasopismo:
    Chemico-Biological Interactions (rok: 2021, tom: 334, strony: 109300), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.cbi.2020.109300 - link do publikacji
  24. Ribosome Elongation Kinetics of Consecutively Charged Residues Are Coupled to Electrostatic Force
    Autorzy:
    Sarah E. Leininger, Judith Rodriguez, Quyen V. Vu, Yang Jiang, Mai Suan Li, Carol Deutsch, and Edward P. O'Brien
    Czasopismo:
    Biochemistry (rok: 2021, tom: 60, strony: 3223–3235), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.biochem.1c00507 - link do publikacji
  25. Molecular mechanism of ultrasound interaction with a blood brain barrier model
    Autorzy:
    Man Viet Hoang, Mai Suan Li, Philippe Derreumaux, Junmei Wang, Toan T. Nguyen, S. Nangia, and Phuong H. Nguyen
    Czasopismo:
    J Chem Phys (rok: 2020, tom: 153, strony: 45104), Wydawca: AIP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1063/5.0010667 - link do publikacji
  26. Dependence of Work on the Pulling speed in Mechanical Ligand Unbinding
    Autorzy:
    Hong An Pham, Duc Toan Truong, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2021, tom: 125, strony: 8325–8330), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.1c01818 - link do publikacji
  27. Probing the Structure of Toxic Amyloid-β Oligomers with Electron Spin Resonance and Molecular Modeling
    Autorzy:
    Martina Banchelli, Roberta Cascella, Cristiano D'Andrea, Giovanni La Penna, Mai Suan Li, Fabrizio Machetti, Paolo Matteini, and Silvia Pizzanelli
    Czasopismo:
    ACS Chem. Neurosci (rok: 2021, tom: 12, strony: 1150–1161), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acschemneuro.0c00714 - link do publikacji
  28. Emergence of Barrel Motif in Amyloid-β Trimer: A Computational Study
    Autorzy:
    3. Hoang Linh Nguyen, Huynh Quang Linh, Paolo Matteini, Giovanni La Penna, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 11337–11348), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c07312 - link do publikacji
  29. Dependence of Work on the Pulling speed in Mechanical Ligand Unbinding
    Autorzy:
    Hong An Pham, Duc Toan Truong, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2021, tom: 125, strony: 8325–8330), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.1c01818 - link do publikacji
  30. Electrostatic Interactions Explain the Higher Binding Affinity of the CR3022 Antibody for SARS-CoV-2 than the 4A8 Antibody
    Autorzy:
    Hung Nguyen, Pham Dang Lan, Daniel A. Nissley, Edward P. O'Brien, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2021, tom: 125, strony: 7368–7379), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.1c03639 - link do publikacji
  31. Determination of Multidirectional Pathways for Ligand Release from the Receptor: A New Approach Based on Differential Evolution
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Nguyen Quoc Thai, Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2022, tom: 18, strony: 3860–3872), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.1c01158 - link do publikacji
  32. Amyloid β Dodecamer Disrupts the Neuronal Membrane More Strongly than the Mature Fibril: Understanding the Role of Oligomers in Neurotoxicity
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Huynh Quang Linh, Pawel Krupa, Giovanni La Penna, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2022, tom: 126, strony: 3659–3672), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.2c01769 - link do publikacji
  33. Remdesivir Strongly Binds to both RNA-dependent RNA Polymerase and Main Protease of SARS-CoV-2: Evidence from Molecular Simulations
    Autorzy:
    Hoang Linh Nguyen, Thai Nguyen, Duc Toan Truong, and Mai Suan Li
    Czasopismo:
    J Phys Chem B (rok: 2020, tom: 124, strony: 7336–7347), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.0c04511 - link do publikacji
  34. The Driving Force for Co-translational Protein Folding is Weaker In the Ribosome Vestibule due to Greater Water Ordering
    Autorzy:
    Quyen V Vu, Yang Jiang, Mai Suan Li, Edward O'Brien
    Czasopismo:
    Chemical Science (rok: 2021, tom: 12, strony: 11851-11857), Wydawca: RSC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/D1SC01008E - link do publikacji
  35. Ribosome Elongation Kinetics of Consecutively Charged Residues Are Coupled to Electrostatic Force
    Autorzy:
    Sarah E. Leininger, Judith Rodriguez, Quyen V. Vu, Yang Jiang, Mai Suan Li, Carol Deutsch, and Edward P. O'Brien
    Czasopismo:
    Biochemistry (rok: 2021, tom: 60, strony: 3223–3235), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.biochem.1c00507 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy