Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Eksploracja cech i modelowanie struktury kwadrupleksów

2019/35/B/ST6/03074

Słowa kluczowe:

algorytm kombinatoryczny baza danych aplikacja internetowa wizualizacja sieci neuronowe klasyfikacja modelowanie struktury parametry strukturalne struktura 3D kwadrupleks tetrada kwas nukleinowy

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Telekomunikacji

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Marta Xymena Szachniuk 

Liczba wykonawców projektu: 7

Konkurs: OPUS 18 - ogłoszony 2019-09-16

Przyznana kwota: 867 600 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-07-01

Zakończenie projektu: 2023-07-13

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (32)
  1. RNAloops: a database of RNA multiloops
    Autorzy:
    J. Wiedemann, J. Kaczor, M. Milostan, T. Zok, J. Blazewicz, M. Szachniuk, M. Antczak
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 4200–4205), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac484 - link do publikacji
  2. How bioinformatics resources work with G4 RNAs
    Autorzy:
    J. Miskiewicz, J. Sarzynska, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 45671), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbaa201 - link do publikacji
  3. Virxicon: a lexicon of viral sequences
    Autorzy:
    M. Kudla, K. Gutowska, J. Synak, M. Weber, K.S. Bohnsack, P. Lukasiak, T. Villmann, J. Blazewicz, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2020, tom: 36, strony: 5507-5513), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btaa1066 - link do publikacji
  4. Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions
    Autorzy:
    F. Carrascoza, M. Antczak, Z. Miao, E. Westhof, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2022, tom: 28, strony: 250-262), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.078685.121 - link do publikacji
  5. Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models
    Autorzy:
    M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R.W. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2021, tom: 49, strony: 9625-9632), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkab716 - link do publikacji
  6. ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures
    Autorzy:
    T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: D253-D258), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkab1118 - link do publikacji
  7. RNAloops: a database of RNA multiloops
    Autorzy:
    J. Wiedemann, J. Kaczor, M. Milostan, T. Zok, J. Blazewicz, M. Szachniuk, M. Antczak
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 4200–4205), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac484 - link do publikacji
  8. ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures
    Autorzy:
    T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: D253-D258), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkab1118 - link do publikacji
  9. In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients
    Autorzy:
    T.P. Lehmann, J. Miskiewicz, N. Szostak, M. Szachniuk, S. Grodecka-Gazdecka, P.P. Jagodzinski
    Czasopismo:
    Applied Sciences (rok: 2020, tom: 10, strony: 7275), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/app10207275 - link do publikacji
  10. RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures
    Autorzy:
    K. Luwanski, V. Hlushchenko, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, D. Martsich, M. Szachniuk, M. Antczak
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: W663-W669), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac218 - link do publikacji
  11. Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models
    Autorzy:
    M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R.W. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2021, tom: 49, strony: 9625-9632), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkab716 - link do publikacji
  12. Virxicon: a lexicon of viral sequences
    Autorzy:
    M. Kudla, K. Gutowska, J. Synak, M. Weber, K.S. Bohnsack, P. Lukasiak, T. Villmann, J. Blazewicz, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2020, tom: 36, strony: 5507-5513), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btaa1066 - link do publikacji
  13. How bioinformatics resources work with G4 RNAs
    Autorzy:
    J. Miskiewicz, J. Sarzynska, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 45671), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbaa201 - link do publikacji
  14. Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models
    Autorzy:
    M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R.W. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2021, tom: 49, strony: 9625-9632), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkab716 - link do publikacji
  15. When will RNA get its AlphaFold moment?
    Autorzy:
    B. Schneider, B. Sweeney, A. Bateman, J. Cerny, T. Zok, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: 9522-9532), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad726 - link do publikacji
  16. DrawTetrado to create layer diagrams of G4 structures
    Autorzy:
    M. Zurkowski, T. Zok, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 3835-3836), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac394 - link do publikacji
  17. High-quality, customizable heuristics for RNA 3D structure alignment
    Autorzy:
    M. Zurkowski, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad315), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad315 - link do publikacji
  18. RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures
    Autorzy:
    K. Luwanski, V. Hlushchenko, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, D. Martsich, M. Szachniuk, M. Antczak
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: W663-W669), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac218 - link do publikacji
  19. How bioinformatics resources work with G4 RNAs
    Autorzy:
    J. Miskiewicz, J. Sarzynska, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 45671), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbaa201 - link do publikacji
  20. WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures
    Autorzy:
    B. Adamczyk, M. Zurkowski, M. Szachniuk, T. Zok
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 51, strony: W607-W612), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad346 - link do publikacji
  21. RNAsolo: a repository of cleaned PDB-derived RNA 3D structures
    Autorzy:
    B.Adamczyk, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 3668-3670), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac386 - link do publikacji
  22. Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions
    Autorzy:
    F. Carrascoza, M. Antczak, Z. Miao, E. Westhof, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2022, tom: 28, strony: 250-262), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.078685.121 - link do publikacji
  23. Virxicon: a lexicon of viral sequences
    Autorzy:
    M. Kudla, K. Gutowska, J. Synak, M. Weber, K.S. Bohnsack, P. Lukasiak, T. Villmann, J. Blazewicz, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2020, tom: 36, strony: 5507-5513), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btaa1066 - link do publikacji
  24. RNA tertiary structure prediction using RNAComposer in CASP15
    Autorzy:
    J. Sarzynska, M. Popenda, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2023, tom: 91, strony: 1790-1799), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.26578 - link do publikacji
  25. BioCommons: a robust java library for RNA structural bioinformatics
    Autorzy:
    T. Zok
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2021, tom: 37, strony: 2766-2767), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab069 - link do publikacji
  26. In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients
    Autorzy:
    T.P. Lehmann, J. Miskiewicz, N. Szostak, M. Szachniuk, S. Grodecka-Gazdecka, P.P. Jagodzinski
    Czasopismo:
    Applied Sciences (rok: 2020, tom: 10, strony: 7275), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/app10207275 - link do publikacji
  27. BioCommons: a robust java library for RNA structural bioinformatics
    Autorzy:
    T. Zok
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2021, tom: 37, strony: 2766-2767), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab069 - link do publikacji
  28. DrawTetrado to create layer diagrams of G4 structures
    Autorzy:
    M. Zurkowski, T. Zok, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 3835-3836), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac394 - link do publikacji
  29. RNAsolo: a repository of cleaned PDB-derived RNA 3D structures
    Autorzy:
    B.Adamczyk, M. Antczak, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 3668-3670), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac386 - link do publikacji
  30. BioCommons: a robust java library for RNA structural bioinformatics
    Autorzy:
    T. Zok
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2021, tom: 37, strony: 2766-2767), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab069 - link do publikacji
  31. In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients
    Autorzy:
    T.P. Lehmann, J. Miskiewicz, N. Szostak, M. Szachniuk, S. Grodecka-Gazdecka, P.P. Jagodzinski
    Czasopismo:
    Applied Sciences (rok: 2020, tom: 10, strony: 7275), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/app10207275 - link do publikacji
  32. ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures
    Autorzy:
    T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2022, tom: 50, strony: D253-D258), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkab1118 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy