Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Wyznaczenie wzorów interakcji krzyżowych między białkami amyloidowymi

2019/35/B/NZ2/03997

Słowa kluczowe:

amyloid modelowanie bioinformatyczne kontakty inter-molekularne uczenie maszynowe dynamika molekularna spektroskopia ATR-FTIR mikroskopia AFM baza danych

Deskryptory:

  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_3: Proteomika
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Małgorzata Kotulska 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 18 - ogłoszony 2019-09-16

Przyznana kwota: 1 523 280 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-09-01

Zakończenie projektu: 2025-08-31

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (20)
  • Publikacje książkowe (4)
  1. Identification of amyloidogenic proteins in the microbiomes of a rat Parkinson's disease model and wild-type rats
    Autorzy:
    Christensen LFB, Alijanvand SH, Burdukiewicz M, Herbst FA, Kjeldal H, Dueholm MS, Otzen DE
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2021, tom: 30, strony: 1854-1870), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.4137 - link do publikacji
  2. Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
    Autorzy:
    Dyrka W, Gąsior-Głogowska M, Szefczyk M, Szulc N.
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-021-04139-y - link do publikacji
  3. Identification of amyloidogenic proteins in the microbiomes of a rat Parkinson's disease model and wild-type rats
    Autorzy:
    Christensen LFB, Alijanvand SH, Burdukiewicz M, Herbst FA, Kjeldal H, Dueholm MS, Otzen DE
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2021, tom: 30, strony: 1854-1870), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.4137 - link do publikacji
  4. AmyloGraph: a comprehensive database of amyloid-amyloid interactions
    Autorzy:
    Burdukiewicz M, Rafacz D, Barbach A, Hubicka K, Bąkała L, Lassota A, Stecko J, Szymańska N, Wojciechowski JW, Kozakiewicz D, Szulc N, Chilimoniuk J, Jęśkowiak I, Gąsior-Głogowska M, Kotulska M.
    Czasopismo:
    Nucleic Acid Research (rok: 2022, tom: 51, strony: D352–D357), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac882 - link do publikacji
  5. Topological analysis as a tool for detection of abnormalities in protein-protein interaction data
    Autorzy:
    Nowakowska AW, Kotulska M
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38 (21), strony: 4997), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac440 - link do publikacji
  6. Variability of Amyloid Propensity in Imperfect Repeats of CsgA Protein of Salmonella enterica and Escherichia coli
    Autorzy:
    Szulc N, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Szefczyk M, Żak AM, Burdukiewicz M, Kotulska M.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Science (rok: 2021, tom: 22, strony: 5127), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22105127 - link do publikacji
  7. Variability of Amyloid Propensity in Imperfect Repeats of CsgA Protein of Salmonella enterica and Escherichia coli
    Autorzy:
    Szulc N, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Szefczyk M, Żak AM, Burdukiewicz M, Kotulska M.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Science (rok: 2021, tom: 22, strony: 5127), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22105127 - link do publikacji
  8. Bioinformatics methods for identification of amyloidogenic peptides show robustness to misannotated training data
    Autorzy:
    Szulc N, Burdukiewicz M, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Chilimoniuk J, Mackiewicz P, Šneideris T, Smirnovas V, Kotulska M.
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 8934), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-021-86530-6 - link do publikacji
  9. AmyloGraph: a comprehensive database of amyloid-amyloid interactions
    Autorzy:
    Burdukiewicz M, Rafacz D, Barbach A, Hubicka K, Bąkała L, Lassota A, Stecko J, Szymańska N, Wojciechowski JW, Kozakiewicz D, Szulc N, Chilimoniuk J, Jęśkowiak I, Gąsior-Głogowska M, Kotulska M.
    Czasopismo:
    Nucleic Acid Research (rok: 2022, tom: 51, strony: D352–D357), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkac882 - link do publikacji
  10. Bioinformatics methods for identification of amyloidogenic peptides show robustness to misannotated training data
    Autorzy:
    Szulc N, Burdukiewicz M, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Chilimoniuk J, Mackiewicz P, Šneideris T, Smirnovas V, Kotulska M.
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 8934), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-021-86530-6 - link do publikacji
  11. Topological analysis as a tool for detection of abnormalities in protein-protein interaction data
    Autorzy:
    Nowakowska AW, Kotulska M
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38 (21), strony: 4997), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac440 - link do publikacji
  12. A spatiotemporal reconstruction of the C. elegans pharyngeal cuticle reveals a structure rich in phase-separating proteins
    Autorzy:
    Muntasir Kamal, Levon Tokmakjian, Jessica Knox, Peter Mastrangelo, Jingxiu Ji, Hao Cai, Jakub W Wojciechowski, Michael P Hughes, Kristóf Takács, Xiaoquan Chu, Jianfeng Pei, Vince Grolmusz, Malgorzata Kotulska, Julie Deborah Forman-Kay, Peter J Roy
    Czasopismo:
    eLife (rok: 2022, tom: 11, strony: e79396), Wydawca: eLife
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7554/eLife.79396 - link do publikacji
  13. Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
    Autorzy:
    Dyrka W, Gąsior-Głogowska M, Szefczyk M, Szulc N.
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-021-04139-y - link do publikacji
  14. Identification of amyloidogenic proteins in the microbiomes of a rat Parkinson's disease model and wild-type rats
    Autorzy:
    Christensen LFB, Alijanvand SH, Burdukiewicz M, Herbst FA, Kjeldal H, Dueholm MS, Otzen DE
    Czasopismo:
    Protein Science (rok: 2021, tom: 30, strony: 1854-1870), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/pro.4137 - link do publikacji
  15. The role of tandem repeats in bacterial functional amyloids
    Autorzy:
    Nowakowska AW, Wojciechowski JW, Szulc N, Kotulska M.
    Czasopismo:
    Journal of Structural Biology (rok: 2023, tom: 215(3), strony: 108002), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jsb.2023.108002 - link do publikacji
  16. PACT - Prediction of amyloid cross-interaction by threading
    Autorzy:
    Wojciechowski JW, Szczurek W, Szulc N, Szefczyk M, Kotulska M
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2023, tom: 13, strony: 22268), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-023-48886-9 - link do publikacji
  17. Bioinformatics methods for identification of amyloidogenic peptides show robustness to misannotated training data
    Autorzy:
    Szulc N, Burdukiewicz M, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Chilimoniuk J, Mackiewicz P, Šneideris T, Smirnovas V, Kotulska M.
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 8934), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-021-86530-6 - link do publikacji
  18. Variability of Amyloid Propensity in Imperfect Repeats of CsgA Protein of Salmonella enterica and Escherichia coli
    Autorzy:
    Szulc N, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Szefczyk M, Żak AM, Burdukiewicz M, Kotulska M.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Science (rok: 2021, tom: 22, strony: 5127), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22105127 - link do publikacji
  19. Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
    Autorzy:
    Dyrka W, Gąsior-Głogowska M, Szefczyk M, Szulc N.
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12859-021-04139-y - link do publikacji
  20. A spatiotemporal reconstruction of the C. elegans pharyngeal cuticle reveals a structure rich in phase-separating proteins
    Autorzy:
    Muntasir Kamal, Levon Tokmakjian, Jessica Knox, Peter Mastrangelo, Jingxiu Ji, Hao Cai, Jakub W Wojciechowski, Michael P Hughes, Kristóf Takács, Xiaoquan Chu, Jianfeng Pei, Vince Grolmusz, Malgorzata Kotulska, Julie Deborah Forman-Kay, Peter J Roy
    Czasopismo:
    eLife (rok: 2022, tom: 11, strony: e79396), Wydawca: eLife
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.7554/eLife.79396 - link do publikacji
  1. Bioinformatics Methods in Predicting Amyloid Propensity of Peptides and Proteins
    Autorzy:
    Kotulska M, Wojciechowski JW
    Książka:
    Methods in Molecular Biology: Computer Simulations of Aggregation of Proteins and Peptides (rok: 2022, tom: 2340, strony: 45672), Wydawca: Humana (Springer Nature)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-1-0716-1546-1_1 - link do publikacji
  2. Challenges in Experimental Methods
    Autorzy:
    Gąsior-Głogowska ME, Szulc N, Szefczyk M
    Książka:
    Methods in Molecular Biology: Computer Simulations of Aggregation of Proteins and Peptides (rok: 2022, tom: 2340, strony: 281-307), Wydawca: Humana
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-1-0716-1546-1_13 - link do publikacji
  3. Challenges in Experimental Methods
    Autorzy:
    Gąsior-Głogowska ME, Szulc N, Szefczyk M
    Książka:
    Methods in Molecular Biology: Computer Simulations of Aggregation of Proteins and Peptides (rok: 2022, tom: 2340, strony: 281-307), Wydawca: Humana
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-1-0716-1546-1_13 - link do publikacji
  4. Bioinformatics Methods in Predicting Amyloid Propensity of Peptides and Proteins
    Autorzy:
    Kotulska M, Wojciechowski JW
    Książka:
    Methods in Molecular Biology: Computer Simulations of Aggregation of Proteins and Peptides (rok: 2022, tom: 2340, strony: 45672), Wydawca: Humana (Springer Nature)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-1-0716-1546-1_1 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy