Identification of amyloidogenic proteins in the microbiomes of a rat Parkinson's disease model and wild-type rats
Autorzy:
Christensen LFB, Alijanvand SH, Burdukiewicz M, Herbst FA, Kjeldal H, Dueholm MS, Otzen DE
Czasopismo:
Protein Science (rok: 2021, tom: 30, strony: 1854-1870), Wydawca: Wiley
Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
Autorzy:
Dyrka W, Gąsior-Głogowska M, Szefczyk M, Szulc N.
Czasopismo:
BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
Identification of amyloidogenic proteins in the microbiomes of a rat Parkinson's disease model and wild-type rats
Autorzy:
Christensen LFB, Alijanvand SH, Burdukiewicz M, Herbst FA, Kjeldal H, Dueholm MS, Otzen DE
Czasopismo:
Protein Science (rok: 2021, tom: 30, strony: 1854-1870), Wydawca: Wiley
AmyloGraph: a comprehensive database of amyloid-amyloid interactions
Autorzy:
Burdukiewicz M, Rafacz D, Barbach A, Hubicka K, Bąkała L, Lassota A, Stecko J, Szymańska N, Wojciechowski JW, Kozakiewicz D, Szulc N, Chilimoniuk J, Jęśkowiak I, Gąsior-Głogowska M, Kotulska M.
Czasopismo:
Nucleic Acid Research (rok: 2022, tom: 51, strony: D352–D357), Wydawca: Oxford Academic
Topological analysis as a tool for detection of abnormalities in protein-protein interaction data
Autorzy:
Nowakowska AW, Kotulska M
Czasopismo:
Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38 (21), strony: 4997), Wydawca: Oxford Academic
Variability of Amyloid Propensity in Imperfect Repeats of CsgA Protein of Salmonella enterica and Escherichia coli
Autorzy:
Szulc N, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Szefczyk M, Żak AM, Burdukiewicz M, Kotulska M.
Czasopismo:
International Journal of Molecular Science (rok: 2021, tom: 22, strony: 5127), Wydawca: MDPI
Variability of Amyloid Propensity in Imperfect Repeats of CsgA Protein of Salmonella enterica and Escherichia coli
Autorzy:
Szulc N, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Szefczyk M, Żak AM, Burdukiewicz M, Kotulska M.
Czasopismo:
International Journal of Molecular Science (rok: 2021, tom: 22, strony: 5127), Wydawca: MDPI
Bioinformatics methods for identification of amyloidogenic peptides show robustness to misannotated training data
Autorzy:
Szulc N, Burdukiewicz M, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Chilimoniuk J, Mackiewicz P, Šneideris T, Smirnovas V, Kotulska M.
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 8934), Wydawca: Nature Publishing Group
AmyloGraph: a comprehensive database of amyloid-amyloid interactions
Autorzy:
Burdukiewicz M, Rafacz D, Barbach A, Hubicka K, Bąkała L, Lassota A, Stecko J, Szymańska N, Wojciechowski JW, Kozakiewicz D, Szulc N, Chilimoniuk J, Jęśkowiak I, Gąsior-Głogowska M, Kotulska M.
Czasopismo:
Nucleic Acid Research (rok: 2022, tom: 51, strony: D352–D357), Wydawca: Oxford Academic
Bioinformatics methods for identification of amyloidogenic peptides show robustness to misannotated training data
Autorzy:
Szulc N, Burdukiewicz M, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Chilimoniuk J, Mackiewicz P, Šneideris T, Smirnovas V, Kotulska M.
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 8934), Wydawca: Nature Publishing Group
Topological analysis as a tool for detection of abnormalities in protein-protein interaction data
Autorzy:
Nowakowska AW, Kotulska M
Czasopismo:
Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38 (21), strony: 4997), Wydawca: Oxford Academic
A spatiotemporal reconstruction of the C. elegans pharyngeal cuticle reveals a structure rich in phase-separating proteins
Autorzy:
Muntasir Kamal, Levon Tokmakjian, Jessica Knox, Peter Mastrangelo, Jingxiu Ji, Hao Cai, Jakub W Wojciechowski, Michael P Hughes, Kristóf Takács, Xiaoquan Chu, Jianfeng Pei, Vince Grolmusz, Malgorzata Kotulska, Julie Deborah Forman-Kay, Peter J Roy
Czasopismo:
eLife (rok: 2022, tom: 11, strony: e79396), Wydawca: eLife
Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
Autorzy:
Dyrka W, Gąsior-Głogowska M, Szefczyk M, Szulc N.
Czasopismo:
BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
Identification of amyloidogenic proteins in the microbiomes of a rat Parkinson's disease model and wild-type rats
Autorzy:
Christensen LFB, Alijanvand SH, Burdukiewicz M, Herbst FA, Kjeldal H, Dueholm MS, Otzen DE
Czasopismo:
Protein Science (rok: 2021, tom: 30, strony: 1854-1870), Wydawca: Wiley
The role of tandem repeats in bacterial functional amyloids
Autorzy:
Nowakowska AW, Wojciechowski JW, Szulc N, Kotulska M.
Czasopismo:
Journal of Structural Biology (rok: 2023, tom: 215(3), strony: 108002), Wydawca: Elsevier
PACT - Prediction of amyloid cross-interaction by threading
Autorzy:
Wojciechowski JW, Szczurek W, Szulc N, Szefczyk M, Kotulska M
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2023, tom: 13, strony: 22268), Wydawca: Springer Nature
Bioinformatics methods for identification of amyloidogenic peptides show robustness to misannotated training data
Autorzy:
Szulc N, Burdukiewicz M, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Chilimoniuk J, Mackiewicz P, Šneideris T, Smirnovas V, Kotulska M.
Czasopismo:
Scientific Reports (rok: 2021, tom: 11, strony: 8934), Wydawca: Nature Publishing Group
Variability of Amyloid Propensity in Imperfect Repeats of CsgA Protein of Salmonella enterica and Escherichia coli
Autorzy:
Szulc N, Gąsior-Głogowska M, Wojciechowski JW, Szefczyk M, Żak AM, Burdukiewicz M, Kotulska M.
Czasopismo:
International Journal of Molecular Science (rok: 2021, tom: 22, strony: 5127), Wydawca: MDPI
Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars
Autorzy:
Dyrka W, Gąsior-Głogowska M, Szefczyk M, Szulc N.
Czasopismo:
BMC Bioinformatics (rok: 2021, tom: 22, strony: 222), Wydawca: Springer Nature
A spatiotemporal reconstruction of the C. elegans pharyngeal cuticle reveals a structure rich in phase-separating proteins
Autorzy:
Muntasir Kamal, Levon Tokmakjian, Jessica Knox, Peter Mastrangelo, Jingxiu Ji, Hao Cai, Jakub W Wojciechowski, Michael P Hughes, Kristóf Takács, Xiaoquan Chu, Jianfeng Pei, Vince Grolmusz, Malgorzata Kotulska, Julie Deborah Forman-Kay, Peter J Roy
Czasopismo:
eLife (rok: 2022, tom: 11, strony: e79396), Wydawca: eLife