Projekty finansowane przez NCN
Opracowanie nowej metody dokowania białko-białko w oparciu o giętkie dokowanie krótkich fragmentów peptydowych.
2019/33/B/NZ2/02100
Słowa kluczowe:
modelowanie molekularne białka peptydy giętkie dokowanie model gruboziarnisty
Deskryptory:
- NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Konkurs: OPUS 17 - ogłoszony 2019-03-15
Przyznana kwota: 1 461 900 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2020-03-01
Zakończenie projektu: 2024-03-08
Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (7)
- NCodR: A multi-class support vector machine classification to distinguish non-coding RNAs in Viridiplantae.Autorzy:Chandran Nithin, Sunandan Mukherjee, Jolly Basak and Ranjit Prasad BahadurCzasopismo:Quantitative Plant Biology (rok: 2022, tom: 3, strony: E23), Wydawca: Cambridge University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1017/qpb.2022.18 - link do publikacji
- Protein–Protein Docking with Large-Scale Backbone Flexibility Using Coarse-Grained Monte-Carlo SimulationsAutorzy:Kurcinski, M.; Kmiecik, S.; Zalewski, M.; Kolinski, A.Czasopismo:International journal of molecular sciences (rok: 2021, tom: 22(14), strony: 7341), Wydawca: MDPIStatus:OpublikowanaDoi:10.3390/ijms22147341 - link do publikacji
- MAPIYA contact map server for identification and visualization of molecular interactions in proteins and biological complexesAutorzy:Aleksandra E Badaczewska-Dawid, Chandran Nithin, Karol Wroblewski, Mateusz Kurcinski, Sebastian KmiecikCzasopismo:Nucleic Acid Research (rok: 2022, tom: 50 W1, strony: W474-482), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkac307 - link do publikacji
- MAPIYA contact map server for identification and visualization of molecular interactions in proteins and biological complexesAutorzy:Aleksandra E Badaczewska-Dawid, Chandran Nithin, Karol Wroblewski, Mateusz Kurcinski, Sebastian KmiecikCzasopismo:Nucleic Acid Research (rok: 2022, tom: 50 W1, strony: W474-482), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkac307 - link do publikacji
- Protein–Protein Docking with Large-Scale Backbone Flexibility Using Coarse-Grained Monte-Carlo SimulationsAutorzy:Mateusz Kurcinski, Sebastian Kmiecik, Mateusz Zalewski and Andrzej KolinskiCzasopismo:International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22(14), strony: 7341), Wydawca: MDPIStatus:OpublikowanaDoi:10.3390/ijms22147341 - link do publikacji
- NCodR: A multi-class support vector machine classification to distinguish non-coding RNAs in Viridiplantae.Autorzy:Chandran Nithin, Sunandan Mukherjee, Jolly Basak and Ranjit Prasad BahadurCzasopismo:Quantitative Plant Biology (rok: 2022, tom: 3, strony: E23), Wydawca: Cambridge University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1017/qpb.2022.18 - link do publikacji
- Structure prediction of linear and cyclic peptides using CABS-flexAutorzy:Aleksandra Badaczewska-Dawid, Karol Wróblewski, Mateusz Kurcinski, Sebastian KmiecikCzasopismo:Briefings in Bioinformatics (rok: 2024, tom: vol. 25, issue 2, strony: bbae003), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bib/bbae003 - link do publikacji