Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Analiza i kompresja danych z urządzeń sekwencjonowania trzeciej generacji

2019/33/B/ST6/02040

Słowa kluczowe:

sekwencjonowanie genomów kompresja danych Oxford Nanopore Technology

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Sebastian Tomasz Deorowicz 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: OPUS 17 - ogłoszony 2019-03-15

Przyznana kwota: 488 040 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-02-01

Zakończenie projektu: 2024-12-27

Planowany czas trwania projektu: 58 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (16)
  1. Illumina reads correction - evaluation and improvements
    Autorzy:
    Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2023, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Springer
    Status:
    Złożona
  2. AGC: compact representation of assembled genomes with fast queries and updates
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek. Heng Li
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad097), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad097 - link do publikacji
  3. CoLoRd: compressing long reads
    Autorzy:
    Marek Kokot, Adam Gudyś, Heng Li, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2022, tom: 19, strony: 441-444), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41592-022-01432-3 - link do publikacji
  4. PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequences
    Autorzy:
    Andrzej Zieleziński, Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab837 - link do publikacji
  5. Scalable, ultra-fast, and low-memory construction of compacted de Bruijn graphs with Cuttlefish 2
    Autorzy:
    Jamshed Khan, Marek Kokot, Sebastian Deorowicz, Rob Patro
    Czasopismo:
    Genome Biology (rok: 2022, tom: 23, strony: 190), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13059-022-02743-6 - link do publikacji
  6. PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequences
    Autorzy:
    Andrzej Zieleziński, Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab837 - link do publikacji
  7. Illumina reads correction - evaluation and improvements
    Autorzy:
    Maciej Długosz, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2023, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Springer
    Status:
    Złożona
  8. Scalable, ultra-fast, and low-memory construction of compacted de Bruijn graphs with Cuttlefish 2
    Autorzy:
    Jamshed Khan, Marek Kokot, Sebastian Deorowicz, Rob Patro
    Czasopismo:
    Genome Biology (rok: 2022, tom: 23, strony: 190), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13059-022-02743-6 - link do publikacji
  9. The Kmer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
    Autorzy:
    Y. Dufresne, T. Lemane, P. Marijon, P. Peterlongo, A. Rahman, Marek Kokot, P. Medvedev, Sebastian Deorowicz, R. Chikhi
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 4423-4425), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac528 - link do publikacji
  10. Scalable, ultra-fast, and low-memory construction of compacted de Bruijn graphs with Cuttlefish 2
    Autorzy:
    Jamshed Khan, Marek Kokot, Sebastian Deorowicz, Rob Patro
    Czasopismo:
    Genome Biology
    Status:
    Złożona
  11. PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequences
    Autorzy:
    Andrzej Zieleziński, Sebastian Deorowicz, Adam Gudyś
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab837 - link do publikacji
  12. The Kmer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
    Autorzy:
    Y. Dufresne, T. Lemane, P. Marijon, P. Peterlongo, A. Rahman, Marek Kokot, P. Medvedev, Sebastian Deorowicz, R. Chikhi
    Czasopismo:
    Bioinformatics , Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Złożona
  13. The Kmer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
    Autorzy:
    Y. Dufresne, T. Lemane, P. Marijon, P. Peterlongo, A. Rahman, Marek Kokot, P. Medvedev, Sebastian Deorowicz, R. Chikhi
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 4423-4425), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btac528 - link do publikacji
  14. CoLoRd: compressing long reads
    Autorzy:
    Marek Kokot, Adam Gudyś, Heng Li, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2022, tom: 19, strony: 441-444), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41592-022-01432-3 - link do publikacji
  15. AGC: compact representation of assembled genomes with fast queries and updates
    Autorzy:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek. Heng Li
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: btad097), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad097 - link do publikacji
  16. CoLoRd: compressing long reads
    Autorzy:
    Marek Kokot, Adam Gudyś, Heng Li, Sebastian Deorowicz
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2022, ), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1038/s41592-022-01432-3 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy