Projekty finansowane przez NCN
Przewidywanie powinowactwa ligandów do RNA na przykładzie ryboprzełącznika aminoglikozydowego.
2017/26/M/NZ1/00827
Słowa kluczowe:
RNA ryboprzełącznik aminoglikozydy dynamika molekularna metody wzmocnionego próbkowania
Deskryptory:
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
- NZ1_4: Biologia strukturalna
- NZ1_3: Biofizyka
Panel:
NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
woj. mazowieckie
Konkurs: HARMONIA 9 - ogłoszony 2017-06-14
Przyznana kwota: 560 000 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2018-04-20
Zakończenie projektu: 2023-12-19
Planowany czas trwania projektu: 68 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt zakończony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (6)
- Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
- Towards catalytic antibiotics: redesign of aminoglycosides to catalytically disable bacterial ribosomesAutorzy:Boris Smolkin, Alina Khononov, Tomasz Pieńko, Michal Shavit, Valery Belakhov, Joanna Trylska, Timor BaasovCzasopismo:ChemBioChem (rok: 2019, tom: 20, strony: 247-259), Wydawca: Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, WeinheimStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/cbic.201800549 - link do publikacji
- Mutations of N1 Riboswitch Affect its Dynamics and Recognition by Neomycin Through Conformational SelectionAutorzy:Piotr Chyży, Marta Kulik, Suyong Re, Yuji Sugita, Joanna TrylskaCzasopismo:Front. Mol. Biosci. (rok: 2021, tom: 8, strony: 633130), Wydawca: FrontiersStatus:OpublikowanaDoi:10.3389/fmolb.2021.633130 - link do publikacji
- Thermal stability of peptide nucleic acid complexesAutorzy:Maciej Jasiński, Joanna Miszkiewicz, Michael Feig, Joanna TrylskaCzasopismo:J. Phys. Chem. B (rok: 2019, tom: 123, strony: 8168-8177), Wydawca: ACS PublicationsStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.jpcb.9b05168 - link do publikacji
- Molecular mechanisms for dynamic regulation of N1 riboswitch by aminoglycosidesAutorzy:Marta Kulik, Takaharu Mori, Yuji Sugita, Joanna TrylskaCzasopismo:Nucleic Acids Research (rok: 2018, tom: 46(19), strony: 9960-9970), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gky833 - link do publikacji
- Molecular dynamics in multi-dimensional space explains how mutations affect the association path of neomycin to a riboswitchAutorzy:Piotr Chyży, Marta Kulik, Ai Shinobu, Suyong Re, Yuji Sugita, Joanna TrylskaCzasopismo:Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA (rok: 2024, tom: 121(15), strony: e2317197121), Wydawca: National Academy of SciencesStatus:OpublikowanaDoi:10.1073/pnas.2317197121 - link do publikacji
- Thermodynamics of the fourU RNA thermal switch derived from molecular dynamics simulations and spectroscopic techniquesAutorzy:Filip Leonarski, Maciej Jasiński, Joanna TrylskaCzasopismo:Biochimie (rok: 2019, tom: 156, strony: 22-32), Wydawca: Elsevier B.V. and Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM)Status:OpublikowanaDoi:10.1016/j.biochi.2018.09.005 - link do publikacji
- Can we predict a riboswitch activity with different ligands by calculations?Autorzy:Marta Kulik, Takaharu Mori, Yuji Sugita, Joanna TrylskaKonferencja:24th Annual Meeting of the RNA Society (rok: 2019, ), Wydawca: RNA SocietyData:konferencja June 11-16Status:Opublikowana