Projekty finansowane przez NCN
Włączenie informacji o genetycznej różnorodności do analizy danych z sekwencjonowania DNA
2016/21/B/ST6/01471
Słowa kluczowe:
sekwencjonowanie DNA genom referencyjny różnorodność genetyczna
Deskryptory:
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
- ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
- NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
Panel:
ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
woj. mazowieckie
Konkurs: OPUS 11 - ogłoszony 2016-03-15
Przyznana kwota: 637 600 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2017-02-06
Zakończenie projektu: 2022-02-05
Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- komputer - laptop. Za kwotę 12 595 PLN
- komputer - stacja robocza. Za kwotę 13 900 PLN
- monitory komputerowe. Za kwotę 3 500 PLN
- komputer - laptop (3 szt.). Za kwotę 18 000 PLN
- projektor.
- komputer - laptop (2 szt.). Za kwotę 16 000 PLN
- serwer obliczeniowy. Za kwotę 50 000 PLN
- urządzenie wielofunkcyjne. Za kwotę 3 959 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (6)
- Linearization of genome sequence graphs revisitedAutorzy:Anna Lisiecka, Norbert DojerCzasopismo:iScience (rok: 2021, tom: 1,00486111111111, strony: 102755:1 - 102755:14), Wydawca: Cell PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.isci.2021.102755 - link do publikacji
- Linking De Novo Assembly Results with Long DNA Reads Using the dnaasm-link ApplicationAutorzy:Wiktor Kuśmirek, Wiktor Franus, Robert NowakCzasopismo:BioMed Research International (rok: 2019, tom: 2019, strony: 7847064), Wydawca: HindawiStatus:OpublikowanaDoi:10.1155/2019/7847064 - link do publikacji
- Defective XRN3-mediated transcription termination in Arabidopsis affects the expression of protein-coding genesAutorzy:Krzyszton, M., Zakrzewska-Placzek, M., Kwasnik, A., Dojer, N., Karlowski, W. and Kufel, J.Czasopismo:The Plant Journal (rok: 2018, tom: 93, strony: 1017–1031), Wydawca: John Wiley & Sons, LtdStatus:OpublikowanaDoi:10.1111/tpj.13826 - link do publikacji
- Getting insight into the pan-genome structure with PangTreeAutorzy:Paulina Dziadkiewicz, Norbert DojerCzasopismo:BMC Genomics (rok: 2020, tom: 21, strony: 274), Wydawca: BioMed CentralStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/s12864-020-6610-4 - link do publikacji
- Comprehensive mapping of histone modifications at DNA double-strand breaks deciphers repair pathway chromatin signaturesAutorzy:Thomas Clouaire, Vincent Rocher, Anahita Lashgari, Coline Arnould, Marion Aguirrebengoa, Anna Biernacka, Magdalena Skrzypczak, Franćcois Aymard, Bernard Fongang, Norbert Dojer, Jason Iacovoni, Maga Rowicka, Krzysztof Ginalski, Jacques Côté, Gaëlle LegubeCzasopismo:MOLECULAR CELL (rok: 2018, tom: 72, strony: 250-262), Wydawca: Cell PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.molcel.2018.08.020 - link do publikacji
- qDSB-Seq is a general method for genome-wide quantification of DNA double-strand breaks using sequencingAutorzy:Yingjie Zhu, Anna Biernacka, Benjamin Pardo, Norbert Dojer, Romain Forey, Magdalena Skrzypczak, Bernard Fongang, Jules Nde, Razie Yousefi, Philippe Pasero, Krzysztof Ginalski, Maga RowickaCzasopismo:Nature Communications (rok: 2019, tom: 10(1), strony: 2313), Wydawca: Nature Publishing Group UKStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41467-019-10332-8 - link do publikacji