Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Witamina B12 jako transporterprzeciwbakteryjnych modyfikowanych oligonukleotydów.

2014/12/W/ST5/00589

Słowa kluczowe:

witamina B12 bakterie translacja antybiotyki modyfikowane oligonukleotydy

Deskryptory:

  • ST5_23: Chemia organiczna

Panel:

ST5 - Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Organicznej PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Dorota Gryko 

Liczba wykonawców projektu: 10

Konkurs: SYMFONIA 2 - ogłoszony 2013-12-16

Przyznana kwota: 3 116 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-12-11

Zakończenie projektu: 2019-12-10

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Wysokosprawny chromatograf cieczowy. Za kwotę 250 000 PLN
  2. pompa próżniowa.
  3. stacja robocza do symulacji i wizualizacji. Za kwotę 10 000 PLN
  4. termocykler do przygotowywania rekacji PCR w czasie rzeczywistym. Za kwotę 52 000 PLN
  5. wirówka laboratoryjna.
  6. aparat do pionowej elektroforezy białek i moduł do transferu. Za kwotę 8 800 PLN
  7. miniwirówka.
  8. prosty spektrofotometr.
  9. komputery z oprogramowaniem i drukarką (2 szt.). Za kwotę 10 000 PLN
  10. spektrofotometr. Za kwotę 44 000 PLN
  11. komputer.
  12. mała wytrząsarka.
  13. monitor.
  14. wyparka próżniowa.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (32)
  1. Thermodynamics of the pseudo-knot in helix 18 of 16S ribosomal RNA
    Autorzy:
    Monika Wojciechowska, Marta Dudek, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biopolymers (rok: 2018, tom: 109, strony: e23116), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bip.23116 - link do publikacji
  2. Molecular dynamics simulations suggest why the A2058G mutation in 23S RNA results in bacterial resistance against clindamycin
    Autorzy:
    Katarzyna Kulczycka-Mierzejewska, Joanna Sadlej, Joanna Trylska,
    Czasopismo:
    J. Mol. Model (rok: 2018, tom: 24, strony: 191), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00894-018-3689-5 - link do publikacji
  3. Analysis of ribosomal inter-subunit sites as targets for complementary oligonucleotides.
    Autorzy:
    Sapna G. Thoduka, Paul A. Zaleski, Zofia Dąbrowska, Marcin Równicki, Joanna Stróżecka, Anna Górska, Mikołaj Olejniczak, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biopolymers (rok: 2017, tom: 107, strony: 23004), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bip.23004 - link do publikacji
  4. Artificial activation of Escherichia coli mazEF and hipBA toxin–antitoxin systems by antisense peptide nucleic acids as an antibacterial strategy,
    Autorzy:
    Marcin Równicki, Tomasz Pieńko, Jakub Czarnecki, Monika Kolanowska, Dariusz Bartosik, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Frontiers in Microbiology (rok: 2018, tom: 9, strony: 2870), Wydawca: JCR, Clarivate Analytics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fmicb.2018.02870 - link do publikacji
  5. Conformational Dynamics of Cyanocobalamin and Its Conjugates with Peptide Nucleic Acids
    Autorzy:
    Tomasz Pieńko, Aleksandra J. Wierzba, Monika Wojciechowska, Dorota Gryko, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2017, tom: 121, strony: 2968-2979), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.7b00649 - link do publikacji
  6. Helix 69 of Escherichia coli 23S ribosomal RNA as a peptide nucleic acid target
    Autorzy:
    Marta Kulik a, b, 1, Agnieszka Markowska-Zagrajek, Monika Wojciechowska, Renata Grzela, Tomasz Wituła, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biochimie (rok: 2017, tom: 138, strony: 32-42), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.biochi.2017.04.001 - link do publikacji
  7. Improved force fields for peptide nucleic acids with optimized backbone torsion parameters
    Autorzy:
    Maciej Jasiński, Michel Feig, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2018, tom: 14, strony: 3603–3620), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.8b00291 - link do publikacji
  8. Molecular Dynamics Simulations of L‑RNA Involving Homo- and Heterochiral Complexes
    Autorzy:
    Marta Dudek, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2017, tom: 13, strony: 1244-1253), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.6b01075 - link do publikacji
  9. Molecular dynamics simulations of L-RNA involving homo- and heterochiral complexes
    Autorzy:
    Marta Dudek, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Chem. Theory Comput. (rok: 2017, tom: 13, strony: 1244-1253, 2017), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.6b01075 - link do publikacji
  10. Scanning of 16S ribosomal RNA for peptide nucleic acid targets
    Autorzy:
    Anna Górska, Agnieszka Markowska-Zagrajek, Marcin Równicki, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2016, tom: 120, strony: 8369-8378), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.6b02081 - link do publikacji
  11. Vitamin B12 as a carrier of peptide nucleic acid (PNA) into bacterial cells
    Autorzy:
    Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Aleksandra J. Wierzba, Jakub Czarnecki, Dariusz Bartosik, Dorota Gryko, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 7644-), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-08032-8 - link do publikacji
  12. Vitamin B12-peptide nucleic acids use the BtuBreceptor to pass through theEscherichia colioutermembrane
    Autorzy:
    Tomasz Pieńko, Jakub Czarnecki, Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Aleksandra J.Wierzba, Dorota Gryko, Dariusz Bartosik, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biophysical Journal (rok: 2021, tom: 120, strony: 725–737), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bpj.2021.01.004 - link do publikacji
  13. Interactions of 2'-O-methyl Oligoribonucleotides with the RNA Models of the 30S Subunit A-site
    Autorzy:
    Maciej Jasiński, Marta Kulik, Monika Wojciechowska, Ryszard Stolarski, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2018, tom: 13, strony: 13(1):e0191138), Wydawca: Scijournal.org
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0191138 - link do publikacji
  14. Antimicrobial synergy between mRNA targeted peptide nucleic acid and antibiotics in E. coli
    Autorzy:
    Jaime Ivan Castillo, Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Joanna Trylska,
    Czasopismo:
    Bioorg. & Med. Chem. Lett. (rok: 2018, tom: 28, strony: 3094–3098), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bmcl.2018.07.037 - link do publikacji
  15. Inhibition of Escherichia coli growth by vitamin B12-peptide nucleic acid conjugates
    Autorzy:
    M. Równicki, Z. Dąbrowska, M. Wojciechowska, A. J. Wierzba, K. Maximova, D. Gryko, J. Trylska
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2019, tom: 4, strony: 819-824), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.8b03139 - link do publikacji
  16. Interactions of 2'-O-methyl Oligoribonucleotides with the RNA Models of the 30S Subunit A-site
    Autorzy:
    Maciej Jasiński, Marta Kulik, Monika Wojciechowska, Ryszard Stolarski, Joanna Trylska,
    Czasopismo:
    PLoS ONE (rok: 2018, tom: 13, strony: e0191138), Wydawca: PLOS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    Interactions - link do publikacji
  17. Photoinduced Vitamin B12-Catalysis for Deprotection of (Allyloxy)arenes
    Autorzy:
    Maciej Giedyk, Joanna Turkowska, Sandra Lepak, Marcin Marculewicz, Keith ó Proinsias, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Organic Letters (rok: 2017, tom: 19, strony: 2670-2673), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.orglett.7b01012 - link do publikacji
  18. Truncated vitamin B12 derivative with the phosphate group retained
    Autorzy:
    Sidra Hassan, Agnieszka Jackowska, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Journal of Porphyrins and Phtalocyanines (rok: 2019, tom: 23, strony: 554–560), Wydawca: World Scientific
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1142/S1088424619500421 - link do publikacji
  19. Vitamin B12 transports modified RNA into E. coli and S. Typhimurium cells
    Autorzy:
    Maciej Giedyk, Agnieszka Jackowska,Marcin Równicki, Monika Kolanowska, Joanna Trylska, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Chemical Communications (rok: 2019, tom: 55, strony: 763-766), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c8cc05064c - link do publikacji
  20. 5'-Vitamin B12 derivatives suitable for bioconjugation via the amide bond
    Autorzy:
    A. Jackowska, M. Chromiński, M. Giedyk, D. Gryko
    Czasopismo:
    Organic & Biomolecular Chemistry (rok: 2018, tom: 16, strony: 936-943), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c7ob02898a - link do publikacji
  21. Computational methods used to explore transport events in biological systems
    Autorzy:
    T. Pieńko, J. Trylska
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling., 59(5):1772-1781, 2019 (rok: 2019, tom: 59, strony: 1772-17781), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.8b00974 - link do publikacji
  22. Synthesis of Corroles and Their Heteroanalogs
    Autorzy:
    Rafał Orłowski, Dorota Gryko,Daniel T. Gryko
    Czasopismo:
    Chemical Reviews (rok: 2017, tom: 117, strony: 3102-3137), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.chemrev.6b00434 - link do publikacji
  23. Synthetic Approaches toward Vitamin B12 Conjugates
    Autorzy:
    Aleksandra J. Wierzba, Sidra Hassan, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Asian Journal of Organic Chemistry (rok: 2019, tom: 8, strony: 45467), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/ajoc.201800579 - link do publikacji
  24. Vitamin B12 Suitably Tailoed for Disulfide-Based Conjugation
    Autorzy:
    Aleksandra Wierzba,† Monika Wojciechowska, Joanna Trylska, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Bioconjugate Chemistry (rok: 2016, tom: 27, strony: 189-197), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.bioconjchem.5b00599 - link do publikacji
  25. Analysis of ribosomal inter-subunit sites as targets for complementary oligonucleotides
    Autorzy:
    Sapna G. Thoduka, Paul A. Zaleski, Zofia Dąbrowska, Marcin R!ownicki, Joanna Stróżecka , Anna Górska, Mikołaj Olejniczak, Joanna Trylska
    Czasopismo:
    Biopolymers (rok: 2017, tom: 107, strony: 23004-23023), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/bip.23004 - link do publikacji
  26. Interactions of aminoglycoside antibiotics with rRNA
    Autorzy:
    Joanna Trylska, Marta Kulik
    Czasopismo:
    Biochem. Soc. Trans. (rok: 2016, tom: 44, strony: 987-993), Wydawca: Portland Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1042/BST20160087 - link do publikacji
  27. Modeling nucleic acids at the residue-level resolution, in: Computational methods to study the structure and dynamics of biomolecules and biomolecular processes - from bioinformatics to molecular quantum mechanics
    Autorzy:
    F. Leonarski, J. Trylska
    Czasopismo:
    Springer series on Bio- and Neurosystems (rok: 2019, tom: 8, strony: 117-161), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    doi - link do publikacji
  28. The Tetraarylpyrrolo[3,2‑b]pyrrolesFrom Serendipitous Discovery to Promising Heterocyclic Optoelectronic Materials
    Autorzy:
    Maciej Krzeszewski, Dorota Gryko, and Daniel T. Gryko
    Czasopismo:
    Accounts of Chemical Research (rok: 2017, tom: 50, strony: 2334-2345), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.accounts.7b00275 - link do publikacji
  29. Thermal stability of peptide nucleic acid complexes
    Autorzy:
    M. Jasiński, J. Miszkiewicz, M. Feig, J. Trylska
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2019, tom: 123, strony: 8168-8177), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.9b05168 - link do publikacji
  30. Vitamin B12 Deficiency Induces Imbalance in Melanocytes Homeostasis—A Cellular Basis of Hypocobalaminemia Pigmentary Manifestations
    Autorzy:
    Zuzanna Rzepka, Michalina Respondek, Jakub Rok, Artur Beberok , Keith ó Proinsias, Dorota Gryko, Dorota Wrześniok
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2018, tom: 19, strony: 2845-2858), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms19092845 - link do publikacji
  31. Vitamin B12 transports modified RNA into E. coli and S. Typhimurium cells
    Autorzy:
    M. Giedyk, A. Jackowska, M. Równicki, M. Kolanowska, J. Trylska, D. Gryko
    Czasopismo:
    Chemical. Communications (rok: 2019, tom: 55, strony: 763-766), Wydawca: RSC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C8CC05064C - link do publikacji
  32. meso-Modified cobalamins – synthesis, structure, and properties
    Autorzy:
    Aleksandra J. Wierzba, Aleksandra Wincenciuk, Maksymilian Karczewski, Valentine I. Vullev, Dorota Gryko
    Czasopismo:
    Chemistry A European Journal (rok: 2018, tom: 24, strony: 10344-10356), Wydawca: Wiley-VCH
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/chem.201801807 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy