Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Strukturalnie zdefiniowane oligonukleotydy. Badania struktury oraz uwarunkowań strukturalnych oddziaływań i funkcji RNA

2013/08/A/ST5/00295

Słowa kluczowe:

modyfikowane oligonukleotydy struktura i funkcja RNA NMR rybozymy termodynamika RNA powtórzenia RNA mapowanie RNA

Deskryptory:

  • ST5_16: Chemia biologiczna
  • ST5_11: Synteza biomateriałów
  • ST5_23: Chemia organiczna

Panel:

ST5 - Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Ryszard Kierzek 

Liczba wykonawców projektu: 14

Konkurs: MAESTRO 4 - ogłoszony 2012-12-15

Przyznana kwota: 2 997 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-08-28

Zakończenie projektu: 2019-08-27

Planowany czas trwania projektu: 72 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. pakiet oprogramowania do przewidywania widm NMR (C/H/N/P/F - 1D i H/C/N - 2D). Za kwotę 60 000 PLN
  2. spektrofotometr typu nanodrop. Za kwotę 70 000 PLN
  3. wirówka z chłodzeniem i rotorami. Za kwotę 35 000 PLN
  4. wyparka rotacyjna (typu speed-vac), z rotorami, wymrażalnikiem i pompą olejową. Za kwotę 80 000 PLN
  5. zestaw komputerowy (komputer, monitor, drukarka). (2 szt.). Za kwotę 14 000 PLN
  6. Ph-metr z elektoodą.
  7. aparat do pomiaru suchości rozpszczalników organicznych (kulometr). Za kwotę 55 000 PLN
  8. laboratoryjna waga analityczna. Za kwotę 7 000 PLN
  9. termomikser z blokiem wymiennym (2 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  10. kaseta z ekranem do fosforimigera firmy Fuji (2 szt.). Za kwotę 30 000 PLN
  11. pompa olejowa wysokiej próżni. Za kwotę 10 000 PLN
  12. Termomikser.
  13. Zasilacz do elektroforezy niskonapięciowe. Za kwotę 9 000 PLN
  14. aparat sekwencyjny do elektoforezy z zasilaczem. Za kwotę 25 000 PLN
  15. gradientowy aparat typu PCR. Za kwotę 60 000 PLN
  16. komora inkubacyjna.
  17. naczynie do przechowywania ciekłego azotu typu dewar. Za kwotę 8 000 PLN
  18. sterownik do syntetyzera RNA/DNA. Za kwotę 20 000 PLN
  19. zasilacz do elektroforezy wysokonapięciowej. Za kwotę 9 000 PLN
  20. Spektrofotometr Nanodrop One.
  21. system próżniowy z pompą membranową (2 szt.). Za kwotę 50 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (27)
  1. Computational and NMR studies of RNA duplexes with an internal pseudouridine-adenosine base pair
    Autorzy:
    I. Deb, L. Popenda, J. Sarzynska, M. Małgowska, A. Lahiri, Z. Gdaniec, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 16278), Wydawca: ATURE PUBLISHING GROUP, MACMILLAN BUILDING, 4 CRINAN ST, LONDON N1 9XW, ENGLAND
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-52637-0 - link do publikacji
  2. Influenza virus segment 5 (+) RNA - secondary structure and new targets for antiviral strategies.
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, J. Kesy, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 15041), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s44598-017-15317-5 - link do publikacji
  3. Stabilization of RNA hairpins using non-nucleotide linkers and circularization.
    Autorzy:
    A. Kiliszek, L. Blaszczyk, R. Kierzek, W. Rypniewski
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2017, tom: 45, strony: e92), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkx122 - link do publikacji
  4. The contribution of pseudouridine to stabilities and structure of RNAs.
    Autorzy:
    E. Kierzek, M.Malgowska, J. Lisowiec, D.H. Turner, Z. Gdaniec and R. Kierzek
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 3492-3501), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkt1330 - link do publikacji
  5. Structural determinants for alternative splicing regulation of the MAPT pre-mRNA. RNA Biology, 12, 330-342 (2015)
    Autorzy:
    J. Lisowiec, D. Magner, E. Kierzek, E. Lenatrowicz, R. Kierzek RNA. RNA Biology, 12, 330-342 (2015)
    Czasopismo:
    RNA Biology, 12, 330-342 (2015) (rok: 2015, tom: 12, strony: 330-342), Wydawca: TAYLOR & FRANCIS INC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15476286.2015.1017214 - link do publikacji
  6. A Conserved Secondary Structural Element in the Coding Region of the Influenza A Virus Nucleoprotein (NP) mRNA Is Important for the Regulation of Viral Proliferation
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, E. Kierzek,
    Czasopismo:
    PloS One, 10, e0141132 (2015) (rok: 2015, tom: 10, strony: e0141132), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0141132 - link do publikacji
  7. A Tandem Oligonucleotide Approach for SNP-Selective RNA Degradation Using Modified Antisense Oligonucleotides
    Autorzy:
    D. Magner, E. Biala, J. Lisowiec-Wachnicka, E. Kierzek, R. Kierzek,
    Czasopismo:
    PloS One, 10, e0142139 (2015) (rok: 2015, tom: 10, strony: e0142139), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0142139 - link do publikacji
  8. Distinctive structural motifs of RNA G-quadruplexes composed of AGG, CGG and UGG trinucleotide repeats.
    Autorzy:
    M. Malgowska, D. Gudanis, R. Kierzek, E. Wyszko, V. Gabelica, Z. Gdaniec
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 10196-10207), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku710 - link do publikacji
  9. Modified RNA triplexes: Thermodynamics, structure and biological potential
    Autorzy:
    Szabat, M; Kierzek, E; Kierzek, R
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 13023), Wydawca: NATURE PUBLISHING GROUP
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-018-31387-5 - link do publikacji
  10. RNA Secondary Structure Motifs of the Influenza A Virus as Targets for siRNA-Mediated RNA Interference.
    Autorzy:
    J. Piasecka, E. Lenartowicz, M. Soszynska-Jozwiak, B. Szutkowska, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Molecular Therapy-Nucleic Acids (rok: 2020, tom: 19, strony: 627-642), Wydawca: CELL PRESS, 50 HAMPSHIRE ST, FLOOR 5, CAMBRIDGE, MA 02139 USA
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.omtn.2019.12.018 - link do publikacji
  11. Secondary structure of the segment 5 genomic RNA of influenza A virus and its application for designing antisense oligonucleotides.
    Autorzy:
    P. Michalak, M. Soszyńska-Jozwiak, E. Biała, W.N. Moss, J. Kęsy, B. Szutkowska, E. Lenartowicz, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 3801), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-40443-7 - link do publikacji
  12. Self-Folding of Naked Segment 8 Genomic RNA of Influenza A Virus
    Autorzy:
    Lenartowicz E, Kesy J, Ruszkowska A, Soszynska-Jozwiak M, Michalak P, Moss WN, Turner DH, Kierzek R, Kierzek E
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2016, tom: 11, strony: e0148281), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0148281 - link do publikacji
  13. Small Molecule Rescue and Glycosidic Conformational Analysis of the Twister Ribozyme
    Autorzy:
    K.J. Messina, R. Kierzek, M.A. Tracey, P.C. Bevilacqua
    Czasopismo:
    Biochemistry (rok: 2019, tom: 58, strony: 4857-4868), Wydawca: AMER CHEMICAL SOC, 1155 16TH ST, NW, WASHINGTON, DC 20036 USA
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.biochem.9b00742 - link do publikacji
  14. Microarrays for identifying binding sites and probing structure of RNAs.
    Autorzy:
    R. Kierzek, D.H. Turner, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2015, tom: 43, strony: 45303), Wydawca: Oxford Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku1303 - link do publikacji
  15. A Disease-Causing Intronic Point Mutation C19G Alters Tau Exon 10 Splicing via RNA Secondary Structure Rearrangement.
    Autorzy:
    J. Tan, L. Yang, A.L. Ong, J. Shi, Z. Zhong, M.L. Lye, S. Liu, J. Lisowiec-Wachnicka, R. Kierzek, X. Roca, G. Chen,
    Czasopismo:
    Biochemistry (rok: 2019, tom: 58, strony: 1565-1578), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.biochem.9b00001 - link do publikacji
  16. High-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr(3+) cations.
    Autorzy:
    P. Drożdżal, M. Gilski, R. Kierzek, L. Łomozik M. Jaskólski
    Czasopismo:
    J. Biol. Inorgan. Chem. (rok: 2015, tom: 20, strony: 595-602), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s00775-015-1247-5 - link do publikacji
  17. Secondary structure model of the naked segment 7 influenza A virus genomic RNA
    Autorzy:
    Ruszkowska A, Lenartowicz E, Moss WN, Kierzek R, Kierzek E
    Czasopismo:
    Biochemical Journal (rok: 2016, tom: 473, strony: 4327-4348), Wydawca: PORTLAND PRESS LTD
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1042/BCJ20160651 - link do publikacji
  18. Structural Aspects of the Antiparallel and Parallel Duplexes Formed by DNA, 2'-O-Methyl RNA and RNA Oligonucleotides
    Autorzy:
    M. Szabat; T. Pedzinski, T. Czapik, E. Kierzek, R. Kierzek
    Czasopismo:
    PloS One, 10, e0143354 (2015) (rok: 2015, tom: 10, strony: e0143354), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0143354 - link do publikacji
  19. Antisense Oligonucleotides Targeting Influenza A Segment 8 Genomic RNA Inhibit Viral Replication
    Autorzy:
    Lenartowicz E, Nogales A, Kierzek E, Kierzek R, Martinez-Sobrido L, Turner DH,
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Therapeutics (rok: 2016, tom: 26, strony: 277-285), Wydawca: MARY ANN LIEBERT, INC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/nat.2016.0619 - link do publikacji
  20. Thermodynamic Features of Structural Motifs Formed by beta-L-RNA
    Autorzy:
    Szabat M, Gudanis D, Kotkowiak W, Gdaniec Z, Kierzek R, Pasternak A
    Czasopismo:
    Plos One (rok: 2016, tom: 11, strony: e0149478), Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0149478 - link do publikacji
  21. Influence of mismatched and bulged nucleotides on SNP preferential RNase H cleavage of RNA-antisense gapmer heteroduplexes.
    Autorzy:
    D. Magner, E. Biala, J. Lisowiec-Wachnicka, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 12532), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-017-15317-5 - link do publikacji
  22. Molecular dynamics correctly models the unusual major conformation of the GAGU RNA internal loop and with NMR reveals an unusual minor conformation
    Autorzy:
    Spasic, A; Kennedy, SD; Needham, L; Manoharan, M; Kierzek, R; Turner, DH ; Mathews, DH
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2018, tom: 24, strony: 656-672), Wydawca: COLD SPRING HARBOR LAB PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.064527.117 - link do publikacji
  23. Parallel-stranded DNA and RNA duplexes - structural features and potential applications.
    Autorzy:
    M. Szabat, R. Kierzek
    Czasopismo:
    FEBS Journal (rok: 2017, tom: 284, strony: 3986-3998), Wydawca: Wiley (FEBS Press)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1111/febs.14187 - link do publikacji
  24. Structural characterization of a dimer of RNA duplexes composed of 8-bromoguanosine modified CGG trinucleotide repeats: a novel architecture of RNA quadruplexes
    Autorzy:
    Gudanis D, Popenda L, Szpotkowski K, Kierzek R, Gdaniec Z
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 2409-2416), Wydawca: OXFORD UNIV PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkv1534 - link do publikacji
  25. The regulation properties of RNA secondary structure in alternative splicing
    Autorzy:
    N. Bartys, R. Kierzek, J. Lisowiec-Wachnicka
    Czasopismo:
    Biochimica Biophysica Acta (rok: 2019, tom: 1862, strony: 194401), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbagrm.2019.07.002 - link do publikacji
  26. Thermodynamic and structural contributions of the 6-thioguanosine residue to helical properties of RNA.
    Autorzy:
    M. Gładysz, W. Andralojc, T. Czapik, Z. Gdaniec, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 4385), Wydawca: Nature Publishing group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-40715-2 - link do publikacji
  27. Unraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3' terminus.
    Autorzy:
    W. Andralojc, M. Malgowska, J. Sarzynska, K. Pasternak, K. Szpotkowski, R. Kierzek, Z. Gdaniec
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2019, tom: 25, strony: 121-134), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.068163.118 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy