Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Analiza transkryptomów genomu bos taurus przy zastosowaniu technologii sekwencjonowania kolejnej generacji

2012/05/B/NZ2/01629

Słowa kluczowe:

wątroba przysadki mózgowej Bos taurus de novo resekwencjonowania transkryptom

Deskryptory:

  • NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_4: Metabolomika

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Biologii i Ochrony Środowiska

woj. kujawsko-pomorskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Chandra Pareek 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: OPUS 3 - ogłoszony 2012-03-15

Przyznana kwota: 446 775 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-02-11

Zakończenie projektu: 2017-02-10

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (4)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (14)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Comparative analysis of the liver transcriptome among cattle breeds using RNA-seq
    Autorzy:
    *Chandra Shekhar Pareek, Mateusz Sachajko, Jedziej M. Jaskowski, Magdalena Herudzinska, Mariusz Skowronski, Krzysztof Domagalski, Joanna Szczepanek, Urszula Czarnik, Przymeslaw Sobiech, Dominika Wysocka, Mariusz Pierzchala, Ewa Polawska, Kamila Stepanow, Magdalena Ogłuszka, Edyta Juszczuk-Kubiak, Yaping Feng, Dibyendu Kumar
    Czasopismo:
    Veterinary Sciences (rok: 2019, tom: Brak, strony: Brak), Wydawca: MDPI publisher
    Status:
    Złożona
  2. Investigation of candidate genes for metabolic disorders expressed in liver and pituitary gland by comparing the RNA-seq data of Polish-HF and Polish-Red cattle
    Autorzy:
    Wysocka D, Sobiech P, Herudzinska M, Sachajko M, Pareek CS
    Czasopismo:
    Translational Research in Veterinary Science (rok: 2018, tom: brak, strony: 1: 69-83), Wydawca: UMK, Torum
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.12775/TRVS.2018.004 - link do publikacji
  3. Single nucleotide polymorphism discovery in bovine liver using RNA-seq technology IF: 3,54
    Autorzy:
    Pareek CS, Błaszczyk P, Dziuba P, Czarnik U, Fraser L, Sobiech P, Pierzchała M, Feng Y, Kadarmideen HN, Kumar D.
    Czasopismo:
    PLOS One (rok: 2017, tom: e0172687, strony: e0172687), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0172687. - link do publikacji
  4. Single Nucleotide Polymorphism Discovery in Bovine Pituitary Gland Using RNA-Seq Technology IF: 3,54
    Autorzy:
    Chandra S. Pareek, Rafal Smoczynski, Haja Kadarmideen, Piotr Dziuba, Pawel Blaszczyk, Marcin Trzaska, Marcin Sikora, Tomasz Grzybowski, Mariusz Pierzchala, Jarosław Horbańczuk, Agnieszka Szostak, Magdalena Ogluszka, Urszula Czarnik, Leyland Fraser, Przymeslaw Sobiech, Krzysztof Wasowicz, Brian Gelfand, Feng Yaping, Dibyendu Kumar
    Czasopismo:
    PLOS One (rok: 2016, tom: 11 (9), strony: e0161370), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1371/journal.pone.0161370 - link do publikacji
  1. Amplicon sequencing of Bos Taurus transcriptome.
    Autorzy:
    Marcin Sikora, Marcin Gołębiewski, Piotr Dziuba, Rafał Smoczyński Chandra Shekhar Pareek
    Konferencja:
    14th annual conference in bioinformatics (rok: 2014, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne (PTBI), Warsaw, Poland
    Data:
    konferencja 12-14 June, 2014
    Status:
    Opublikowana
  2. Bos Taurus genome sequencing and transcriptome analysis
    Autorzy:
    Piotr Dziuba, Marcin Sikora, Chandra Shekhar Pareek
    Konferencja:
    Proceedings of XXXIX Ogólnopolska Szkoła Chemii (rok: 2013, ), Wydawca: Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Toruń.
    Data:
    konferencja 8-12 listopad
    Status:
    Opublikowana
  3. Gene expression analysis metabolome tissues in cattle breeds
    Autorzy:
    Pareek C.S. Sachajko M. Wieczorkiewicz M. Kulus J. Kulus M. Herudzinska M. Jaskowski J.M.
    Konferencja:
    Omics Circle (rok: 2018, ), Wydawca: Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Toruń.
    Data:
    konferencja 26-28 October, 2018
    Status:
    Opublikowana
  4. Transcriptome sequencing in Polish cattle breeds.
    Autorzy:
    Pareek C.S.
    Konferencja:
    14th annual conference in bioinformatics (rok: 2014, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne (PTBI), Warsaw, Poland
    Data:
    konferencja 12-14 June, 2014
    Status:
    Opublikowana
  5. Bos Taurus transcriptome analysis by RNA-seq.
    Autorzy:
    Chandra Shekhar Pareek
    Konferencja:
    Proceedings of 13th annual conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: The Society for Bioinformatics in Northern European countries (SocBiN) and the Polish Bioinformatics Society (Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne / PTBI)
    Data:
    konferencja 26-29 Czerwiec
    Status:
    Opublikowana
  6. Genome sequencing technologies and personalized medicine.
    Autorzy:
    Chandra Shekhar Pareek
    Konferencja:
    Proceedings of 2nd World Genetics & Genomics Online Conference (rok: 2013, ), Wydawca: http://targetmeeting.com/Modules/Meetings/MeetingDetails.aspx?Id=50
    Data:
    konferencja 21-23 Maja
    Status:
    Opublikowana
  7. Mapping of RNA-seq data generated from Bos Taurus Pituitary gland transcriptome.
    Autorzy:
    Pareek CS, Smoczyński R, Dziuba P, Sikora M, Gołębiewski M, Trzaska M, Blaszczyk P, Gelfand B, Yaping F, Kumar D.
    Konferencja:
    Proceeding of XV Polish Society of Bioinformatics (rok: 2015, ), Wydawca: PT-Bio
    Data:
    konferencja 16-18 April, 2015
    Status:
    Opublikowana
  8. Re-sequencing of Bos Taurus liver and pituitary gland transcriptome.
    Autorzy:
    Piotr Dziuba, Marcin Sikora, Marcin Gołębiewski, Rafał Smoczyński Chandra Shekhar Pareek (2014).
    Konferencja:
    14th annual conference in bioinformatics (rok: 2014, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne (PTBI), Warsaw, Poland
    Data:
    konferencja 12-14 June, 2014
    Status:
    Opublikowana
  9. Identification of Putative SNPs in Bovine Pituitary Gland Transcriptome using RNA-seq
    Autorzy:
    Pareek CS, Smoczyński R., Dziuba P., Blaszczyk P., Trzaska M., Walendzik P., Kukowska A., Gelfand B., Yaping F., Kumar D.
    Konferencja:
    Proceedings of PAG XIV, San Diego, CA, USA. (rok: 2016, ), Wydawca: Plant and Animal Genome, San Diego, CA, USA
    Data:
    konferencja Jan. 09-14, 2016
    Status:
    Opublikowana
  10. Transcriptomic analysis of gene expression data from Bos taurus liver using RNA-Seq
    Autorzy:
    Pareek CS, Walendzik P, Kadarmideen HN, Kogelman L.
    Konferencja:
    Proceeding of XVI Polish Society of Bioinformatics (rok: 2016, ), Wydawca: Polish Society of Bioinformatics
    Data:
    konferencja 16-18 June 2016
    Status:
    Opublikowana
  11. Bovine RNA-seq data analysis of liver and pituitary gland.
    Autorzy:
    Pareek CS, Smoczyński R, Dziuba P, Sikora M, Gołębiewski M, Blaszczyk P, Gelfand B, Yaping F, Kumar D.
    Konferencja:
    Proceedings of international conference on Advances in Next Gegenration Sequencing (rok: 2015, ), Wydawca: https://www.eposters.net/poster/bovine-rna-seq-data-analysis-of-liver-and-pituitary-gland
    Data:
    konferencja 28-29 May 2015
    Status:
    Opublikowana
  12. MAPOWANIE I ANALIZA TRANSKRYPTOMU BOS TAURUS Z WYKORZYSTANIEM RNA-SEQ.
    Autorzy:
    Piotr Dziuba, Marcin Sikora, Marcin Gołębiewski, Rafał Smoczyński Chandra Shekhar Pareek
    Konferencja:
    VIII Kopernikańskie Seminarium Doktoranckie (rok: 2014, ), Wydawca: Wydział Chemii UMK
    Data:
    konferencja 25-27 czerwca 2014r
    Status:
    Opublikowana
  13. Mapping of RNA-seq data generated from Bos Taurus liver transcriptome.
    Autorzy:
    Pareek CS, Smoczyński R, Dziuba P, Sikora M, Gołębiewski M, Trzaska M, Blaszczyk P, Gelfand B, Yaping F, Kumar D
    Konferencja:
    Proceeding of XV Polish Society of Bioinformatics (rok: 2015, ), Wydawca: PT-bio
    Data:
    konferencja 16-18 April, 2015
    Status:
    Opublikowana
  14. RNA-seq data analysis of bovine liver and pituitary transcriptome.
    Autorzy:
    Pareek CS, Smoczyński R., Dziuba P., Sikora M., Gołębiewski M., Yaping F., Kumar D.
    Konferencja:
    Proceedings of PAG XIII (rok: 2015, ), Wydawca: Plant and Animal Genome, San Diego, CA, USA.
    Data:
    konferencja Jan. 10-14, 2015
    Status:
    Opublikowana
  1. An overview of next generation genome sequencing platforms.
    Autorzy:
    Pareek C.S.
    Książka:
    Next Generation Sequencing: Current Technologies and Applications (rok: 2014, tom: Chapter 1, strony: 44585), Wydawca: Caister Academic Press
    Status:
    Opublikowana