Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Narzędzia, algorytmy i modele w badaniu wspólnej ewolucji gatunków, genów i białek.

2011/01/B/ST6/02777

Słowa kluczowe:

ewolucja duplikacja genu strata genu model drzew uzgadniających metagenomika

Deskryptory:

  • ST6_9: Obliczenia naukowe

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Paweł Górecki 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: OPUS 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 386 300 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-07

Zakończenie projektu: 2015-06-06

Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. 2 komputery stacjonarne.
  2. projektor+monitor.
  3. Serwer. Za kwotę 45 000 PLN
  4. Laptop (2 szt.). Za kwotę 15 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (13)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (6)
  1. Refining Discordant Gene Trees
    Autorzy:
    P. Górecki and O. Eulenstein
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2014, tom: 1, strony: brak), Wydawca: BMC
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/1471-2105-15-S13-S3 - link do publikacji
  2. Fast Algorithms for Inferring Gene-Species Associations
    Autorzy:
    Arkadiusz Betkier, Paweł Szczęsny, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2015, tom: 9096, strony: 36-47), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-319-19048-8_4 - link do publikacji
  3. Crystal Structures of the Outer Membrane Domain of Intimin and Invasin from Enterohemorrhagic Escherichia coli and Enteropathogenic Yersinia pseudotuberculosis
    Autorzy:
    James W. Fairman, Nathalie Dautin, Damian Wojtowicz, Wei Liu, Nicholas Noinaj, Travis J. Barnard, Eshwar Udho, Teresa M. Przytycka, Vadim Cherezov, and Susan K. Buchanan
    Czasopismo:
    Structure (rok: 2012, tom: 20(7), strony: 1233–1243), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.str.2012.04.011 - link do publikacji
  4. Duplication cost diameters
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2014, tom: 8492, strony: 212-223), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-319-08171-7_19 - link do publikacji
  5. Unrooted Tree Reconciliation: A Unified Approach
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Oliver Eulenstein, Jerzy Tiuryn
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2013, tom: 0,418055555555556, strony: 522 - 536), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2013.22 - link do publikacji
  6. A Robinson-Foulds Measure to Compare Unrooted Trees with Rooted Trees
    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes In Computer Science (rok: 2012, tom: 7292, strony: 102-114), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-642-30191-9_12 - link do publikacji
  7. Deep Coalescence Reconciliation with Unrooted Gene Trees: Linear Time Algorithms
    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes In Computer Science (rok: 2012, tom: 7434, strony: 531-542), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-642-32241-9_45 - link do publikacji
  8. DrML: Probabilistic Modeling of Gene Duplications
    Autorzy:
    P. Górecki and O. Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2014, tom: 21, strony: 89-98), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2013.0078 - link do publikacji
  9. Gene Tree Diameter for Deep Coalescence
    Autorzy:
    P.Górecki and O.Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2015, tom: 12, strony: 231-242), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2013.144 - link do publikacji
  10. Maximizing Deep Coalescence Cost
    Autorzy:
    Paweł Górecki and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2014, tom: 1, strony: 1), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2013.144 - link do publikacji
  11. Unconstrained Diameters for Deep Coalescence
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics , Wydawca: IEEE
    Status:
    Złożona
    Doi:
    brak - link do publikacji
  12. Exact Solutions for Species Tree Inference from Discordant Gene Trees
    Autorzy:
    W.C. Chang, P. Górecki, O. Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Bioinformatics and Computational Biology (rok: 2013, tom: 11, strony: 1342005), Wydawca: WorldScientific
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1142/S0219720013420055 - link do publikacji
  13. GTP Supertrees from Unrooted Gene Trees: Linear Time Algorithms for NNI Based Local Searches
    Autorzy:
    Paweł Górecki, J. Gordon Burleigh, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2012, tom: 7292, strony: 102-114), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-642-30191-9_11 - link do publikacji
  1. Algorithms for Unrooted Gene Trees with Polytomies
    Autorzy:
    P.Górecki and O.Eulenstein
    Konferencja:
    ISBRA 2013 (rok: 2013, ), Wydawca: UNC Charlotte
    Data:
    konferencja 20-22, Maj, 2013
    Status:
    Opublikowana
  2. Evolutionary costs in gene-species reconciliation
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Oliver Eulenstein, Jerzy Tiuryn
    Konferencja:
    MCEB'2012 (rok: 2012, ), Wydawca: -
    Data:
    konferencja lipiec 2012
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  3. Unconstrained gene tree diameters for deep coalescence
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Jarosław Paszek, Oliver Eulenstein
    Konferencja:
    The 5th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics (rok: 2014, ), Wydawca: ACM
    Data:
    konferencja 20-23/09/2014
    Status:
    Opublikowana
  4. Episode clustering problems for unrooted gene trees
    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Paweł Górecki
    Konferencja:
    RECOMB 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: -
    Data:
    konferencja 12-15 kwiecień
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji
  5. Exact Solutions for Classic Gene Tree Parsimony Problems
    Autorzy:
    W.C. Chang, P.Górecki, A.Wehe, O.Eulenstein
    Konferencja:
    BICOB 2013 (rok: 2013, ), Wydawca: BICOB 2013
    Data:
    konferencja 4-6 marca 2013
    Status:
    Opublikowana
  6. Towards more realistic tree reconciliation
    Autorzy:
    Agnieszka Mykowiecka, Paweł Górecki
    Konferencja:
    RECOMB 2015 (rok: 2015, ), Wydawca: -
    Data:
    konferencja 12-15 kwiecień
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy