Przewidywanie struktury białek i dużych kompleksów białek w oparciu niskiej rozdzielczości i/lub fragmentaryczne dane eksperymentalne.
2011/01/D/NZ2/07683
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ1_4: Biologia strukturalna
Panel
NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca
Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 4
Konkurs
SONATA 1 – ogłoszony 2011-03-15
- Przyznana kwota
- 358 600 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2011-12-07
- Zakończenie projektu
- 2014-12-06
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Rozbudowa klastra o nowe węzły obliczeniowe (2 szt.). Za kwotę 53 478 PLN
- komputer stacjonarny (3 szt.). Za kwotę 5 296 PLN
- macierz dyskowa. Za kwotę 25 000 PLN
- oprogramowanie naukowe. Za kwotę 15 000 PLN
- switch + zasilacz awaryjny. Za kwotę 5 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (3)
-
BioShell-Threading: Versatile Monte Carlo package for protein 3D threading
- Autorzy:
- Pawel Gniewek, Andrzej Kolinski, Andrzej Kloczkowski and Dominik Gront
- Czasopismo:
- BMC Bioinformatics (rok: 2012, tom: brak, strony: 0), Wydawca: BioMed Central
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/1471-2105-15-22 – link do publikacji
-
BioShell Threader: protein homology detection based on sequence profiles and secondary structure profiles
- Autorzy:
- Dominik Gront*, Maciej Blaszczyk, Piotr Wojciechowski and Andrzej Kolinski
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2012, tom: W1, strony: 46028), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gks555 – link do publikacji
-
Improving thermal stability of thermophilic L-threonine aldolase from Thermatoga maritima
- Autorzy:
- Lukasz Wieteska, Maksim Ionov, Janusz Szemraj, Andrzej Kolinski, Claudia Feller and Dominik Gront
- Czasopismo:
- Journal of Biotechnology (rok: 2015, tom: 199, strony: 69-76), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.jbiotec.2015.02.013 – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
-
MECHANICAL UNFOLDING OF DDFLN4 STUDIED BY COARSE-GRAINED KNOWLEDGE-BASED CABS MODEL
- Autorzy:
- MAKSIM KOUZA, MICHAL JAMROZ, DOMINIK GRONT, SEBASTIAN KMIECIK AND ANDRZEJ KOLINSKI
- Konferencja:
- From Computational Biology to Structural Biology (rok: 2014, strony: 317-322), Wydawca: TASK Quarterly
- Data:
- konferencja 25-27 maja
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- link do publikacji
-
IMPLEMENTATION AND EVALUATION OF NEW PROTOCOL FOR COMPARATIVE MODELING OF PROTEIN STRUCTURES
- Autorzy:
- M. STRUMILLO, A. E. DAWID, A. SZCZASIUK AND D. GRONT
- Konferencja:
- From Computational Biology to Structural Biology (rok: 2014, strony: 317-321), Wydawca: TASK Quaterly
- Data:
- konferencja 25–27 maja
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- link do publikacji