Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Własności strukturalne i dynamiczne modelowej błony zewnętrznej bakterii Gram-ujemnych

2011/01/B/NZ1/00081

Słowa kluczowe:

lipopolisacharyd fosfatydyloetanolamina dwuwarstwa lipidowa zewnętrzna błona bakteryjna symulacja dynamiki molekularnej

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

woj. małopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Krzysztof Murzyn 

Liczba wykonawców projektu: 8

Konkurs: OPUS 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 349 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-06

Zakończenie projektu: 2014-12-05

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Zestaw komputerowy z drukarką Epson L800, skanerem Epson V37, routerem Modecom i monitorem Dell U2412M. Za kwotę 4 668 PLN
  2. trwały i energooszczędny komputer przenośny z szybkim procesorem, bardzo dobrej jakości wyświetlaczem i mocną kartą grafiki. Za kwotę 7 995 PLN
  3. węzeł obliczeniowy złożony z trzech serwerów HP Z820 (2x CPU, 2x GPU). Za kwotę 50 505 PLN
  4. sieciowa drukarka laserowa z dupleksem i funkcją skanowania/kopiowania. Za kwotę 667 PLN
  5. węzeł typu BLADE, o konfiguracji lepszej niż: 4 procesory AMD 12-o rdzeniowe, 24 GB RAM. Za kwotę 45 000 PLN
  6. serwer plików z macierzą RAID5 o pojemności 20TB. Za kwotę 15 000 PLN
  7. węzeł typu BLADE, o konfiguracji lepszej niż: 4 procesory AMD 12-o rdzeniowe, 24 GB RAM. Za kwotę 45 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (3)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (7)
  1. DMG-a - A Computational Geometry Library for Multimolecular Systems
    Autorzy:
    Robert Szczelina and Krzysztof Murzyn
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2014, tom: 54, strony: 3112-3123), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/ci500273s - link do publikacji
  2. Structural properties of the water/membrane interface of the E. coli lipid A bilayer
    Autorzy:
    Krzysztof Murzyn and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2015, tom: 119, strony: 5846-5856), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/jp5119629 - link do publikacji
  3. Refined OPLS All-Atom Force Field Parameters for n-Pentadecane, Methyl Acetate, and Dimethyl Phosphate
    Autorzy:
    Krzysztof Murzyn, Maciej Bratek, and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2013, tom: 117, strony: 16388-16396), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/jp408162d - link do publikacji
  1. Effect of a polar environment on the conformational flexibility of methyl phosphoethanolamine
    Autorzy:
    Jan Majta, Krzysztof Murzyn
    Konferencja:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Opublikowana
  2. OPLS-AA parameters for 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonyl acid disaccharide and phosphorylated glucosamine disaccharide
    Autorzy:
    Michał Markiewicz, Krzysztof Murzyn, Maciej Bratek, and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Konferencja:
    XIVth International Congress of the Spanish Biophysical Society (rok: 2014, ), Wydawca: the Spanish Biophysical Society
    Data:
    konferencja 11-13. czerwca
    Status:
    Opublikowana
  3. 2. An inverted hexagonal phase (HII) of monogalactosyldiacylglycerol (MGDG): a molecular dynamics study
    Autorzy:
    Krzysztof Baczyński and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Konferencja:
    XIVth International Congress of the Spanish Biophysical Society (rok: 2014, ), Wydawca: the Spanish Biophysical Society
    Data:
    konferencja 11-13. czerwca
    Status:
    Opublikowana
  4. Lipid bilayer analysis using 3D Voronoi diagrams
    Autorzy:
    Robert Szczelina and Krzysztof Murzyn
    Konferencja:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Opublikowana
  5. Influence of the phase state of E. coli lipid-A bilayers on the properties of the water/membrane interface
    Autorzy:
    Krzysztof Murzyn and Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Konferencja:
    XIVth International Congress of the Spanish Biophysical Society (rok: 2014, ), Wydawca: the Spanish Biophysical Society
    Data:
    konferencja 11-13. czerwca
    Status:
    Opublikowana
  6. Comparison of parameters of model linear alkanes in different all-atom forcefields
    Autorzy:
    Maciej Bratek, Krzysztof Murzyn
    Konferencja:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Opublikowana
  7. Development of OPLS/AA parameters for MD simulation of E. coli lipid A bilayers in liquid-crystalline and gel phases
    Autorzy:
    Krzysztof Murzyn, Maciej Bratek, Marta Pasenkiewicz-Gierula
    Konferencja:
    13th annual SocBIN conference in bioinformatics (rok: 2013, ), Wydawca: materiały konferencyjne
    Data:
    konferencja 26-29. czerwca
    Status:
    Opublikowana