Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Analiza strukturalna i funkcjonalna niekodujących RNA w genomie Helicobacter pylori

2011/01/D/NZ1/00212

Słowa kluczowe:

niekodujące RNA krystalografia RNA

Deskryptory:

  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ1_1: Biologia molekularna

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Grzegorz Chojnowski 

Liczba wykonawców projektu: 5

Konkurs: SONATA 1 - ogłoszony 2011-03-15

Przyznana kwota: 550 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2011-12-06

Zakończenie projektu: 2015-09-05

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Licencja na oprogramowanie do wirtualizacji obliczeń. Za kwotę 6 000 PLN
  2. Rozbudowa macierzy do przechowywania bardzo dużej ilości danych: półka dyskowa z 12 dyskami (co najmniej 2TB pojemności).. Za kwotę 35 000 PLN
  3. Serwer do do udostępnienia danych wykonany w technologii blade: platforma z co najmniej 2CPU z 4G RAM na rdzeń i dyskami SSD. Za kwotę 25 000 PLN
  4. Serwer do wielkoskalowych obliczeń krystalograficznych (analizy map gęstości elektronowej) wykonany w technologii blade: platforma z co najmniej 4CPU z 4G RAM na rdzeń i dyskami SSD. Za kwotę 40 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (5)
  1. ClaRNA: a classifier of contacts in RNA 3D structures based on a comparative analysis of various classification schemes
    Autorzy:
    Tomasz Waleń, Grzegorz Chojnowski, Przemysław Gierski, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: e151), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku765 - link do publikacji
  2. Brickworx builds recurrent RNA and DNA structural motifs into medium- and low-resolution electron-density maps
    Autorzy:
    Grzegorz Chojnowski, Tomasz Waleń, Paweł Piątkowski, Wojciech Potrzebowski, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography (rok: 2015, tom: 71, strony: 697-705), Wydawca: Wiley-Blackwell
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1107/S1399004715000383 - link do publikacji
  3. Computational modeling of protein–RNA complex structures
    Autorzy:
    Tuszynska, I., Matelska, D., Magnus, M., Chojnowski, G., Kasprzak, J. M., Kozlowski, L. P., Bujnicki, J. M.
    Czasopismo:
    Methods (rok: 2013, tom: 65(3), strony: 310-9), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.ymeth.2013.09.014 - link do publikacji
  4. RNA Bricks—a database of RNA 3D motifs and their interactions
    Autorzy:
    Grzegorz Chojnowski, Tomasz Waleń, Janusz M. Bujnicki
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: D123-D131), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkt1084 - link do publikacji
  5. Computational modeling of RNA 3D structures, with the aid of experimental restraints.
    Autorzy:
    Marcin Magnus, Dorota Matelska, Grzegorz Lach, Grzegorz Chojnowski, Michal J Boniecki, Elzbieta Purta, Wayne Dawson, Stanislaw Dunin-Horkawicz, Janusz M Bujnicki
    Czasopismo:
    RNA biology (rok: 2014, tom: 11, strony: 522-536), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.4161/rna.28826 - link do publikacji