Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Structural and functional characterization of novel non-coding RNAs from Helicobacter pylori

2011/01/D/NZ1/00212

Keywords:

non-coding RNA RNA crystallography

Descriptors:

  • NZ1_4: Structural biology
  • NZ2_7: Bioinformatics
  • NZ1_1: Molecular biology

Panel:

NZ1 - Molecular biology, structural biology, biotechnology: molecular biology, structural biology, biotechnology

Host institution :

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej

woj. mazowieckie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

dr Grzegorz Chojnowski 

Number of co-investigators in the project: 5

Call: SONATA 1 - announced on 2011-03-15

Amount awarded: 550 000 PLN

Project start date (Y-m-d): 2011-12-06

Project end date (Y-m-d): 2015-09-05

Project duration:: 45 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Licencja na oprogramowanie do wirtualizacji obliczeń (6 000 PLN)
  2. Rozbudowa macierzy do przechowywania bardzo dużej ilości danych: półka dyskowa z 12 dyskami (co najmniej 2TB pojemności). (35 000 PLN)
  3. Serwer do do udostępnienia danych wykonany w technologii blade: platforma z co najmniej 2CPU z 4G RAM na rdzeń i dyskami SSD (25 000 PLN)
  4. Serwer do wielkoskalowych obliczeń krystalograficznych (analizy map gęstości elektronowej) wykonany w technologii blade: platforma z co najmniej 4CPU z 4G RAM na rdzeń i dyskami SSD (40 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (5)
  1. Brickworx builds recurrent RNA and DNA structural motifs into medium- and low-resolution electron-density maps
    Authors:
    Grzegorz Chojnowski, Tomasz Waleń, Paweł Piątkowski, Wojciech Potrzebowski, Janusz M. Bujnicki
    Academic press:
    Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography (rok: 2015, tom: 71, strony: 697-705), Wydawca: Wiley-Blackwell
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1107/S1399004715000383 - link to the publication
  2. ClaRNA: a classifier of contacts in RNA 3D structures based on a comparative analysis of various classification schemes
    Authors:
    Tomasz Waleń, Grzegorz Chojnowski, Przemysław Gierski, Janusz M. Bujnicki
    Academic press:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: e151), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/nar/gku765 - link to the publication
  3. Computational modeling of RNA 3D structures, with the aid of experimental restraints.
    Authors:
    Marcin Magnus, Dorota Matelska, Grzegorz Lach, Grzegorz Chojnowski, Michal J Boniecki, Elzbieta Purta, Wayne Dawson, Stanislaw Dunin-Horkawicz, Janusz M Bujnicki
    Academic press:
    RNA biology (rok: 2014, tom: 11, strony: 522-536), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Published
    DOI:
    10.4161/rna.28826 - link to the publication
  4. Computational modeling of protein–RNA complex structures
    Authors:
    Tuszynska, I., Matelska, D., Magnus, M., Chojnowski, G., Kasprzak, J. M., Kozlowski, L. P., Bujnicki, J. M.
    Academic press:
    Methods (rok: 2013, tom: 65(3), strony: 310-9), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.ymeth.2013.09.014 - link to the publication
  5. RNA Bricks—a database of RNA 3D motifs and their interactions
    Authors:
    Grzegorz Chojnowski, Tomasz Waleń, Janusz M. Bujnicki
    Academic press:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: D123-D131), Wydawca: Oxford Journals
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/nar/gkt1084 - link to the publication

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy