Projekty finansowane przez NCN
Biologiczny kod zawęźlenia - identyfikacja wzoru zawęźlenia w biomolekułach na postawie metod AI
2021/43/I/NZ1/03341
Słowa kluczowe:
biologia strukturalna teoria węzłów przewidywanie struktury zwijanie węzły lassa theta-krzywe
Deskryptory:
- NZ2_008: Biologia obliczeniowa
- NZ1_003: Biofizyka
- ST1_006: Topologia
Panel:
NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej):
Liczba wykonawców projektu: 5
Konkurs: OPUS 22 (LAP) - ogłoszony 2021-09-15
Przyznana kwota: 1 279 475 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2022-09-01
Zakończenie projektu: 2025-09-22
Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt zakończony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (8)
- Discovery of a Trefoil Knot in the RydC RNA: Challenging Previous Notions of RNA TopologyAutorzy:W Niemyska, S Mukherjee, B Gren, S Niewieczerzal, JM Bujnicki, JI SulkowskaCzasopismo:Journal of Molecular Biology (rok: 2024, tom: 436, strony: 46033), Wydawca: Science DirectStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.jmb.2024.168455 - link do publikacji
- Knot or not? Identifying unknotted proteins in knotted families with sequence-based Machine Learning modelAutorzy:D Šrámková, M Sikora, D Uchal, E Klimentová, AP Perlinska, ML Nguyen, M Korpacz, R Malinowska, P Rubach, P Šimeček, JI SulkowskaCzasopismo:Protein Science (rok: 2023, tom: 1, strony: 46043), Wydawca: Wiley-BlackwellStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/pro.4998 - link do publikacji
- Knots and θ-Curves Identification in Polymeric Chains and Native Proteins Using Neural NetworksAutorzy:Bruno da Silva, F., Gabrovšek, B., Korpacz, M., Luczkiewicz, K., Niewieczerzal, S., Sikora, M., & Sulkowska, J. I.Czasopismo:Macromolecules (rok: 2024, tom: 57, strony: 4599−4608), Wydawca: ACSStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.macromol.3c02479 - link do publikacji
- AlphaFold predicts novel human proteins with knotsAutorzy:AP Perlinska, WH Niemyska, BA Gren, M Bukowicki, S Nowakowski, P Rubach, JI SulkowskaCzasopismo:Protein Science (rok: 2023, tom: 32(5), strony: 46032), Wydawca: Wiley-BlackwellStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/pro.4631 - link do publikacji
- Conservation of knotted and slipknotted topology in transmembrane transportersAutorzy:V Zayats, M Sikora, AP Perlinska, A Stasiulewicz, B Gren, JI SulkowskaCzasopismo:Biophysical Journal (rok: 2023, tom: 122(23), strony: 46032), Wydawca: Cell PressStatus:OpublikowanaDoi:10.031 - link do publikacji
- Knotted artifacts in predicted 3D RNA structuresAutorzy:BA Gren, M Antczak, T Zok, JI Sulkowska, M SzachniukCzasopismo:PLOS Computational Biology (rok: 2024, tom: 20, strony: 46038), Wydawca: Public Library of ScienceStatus:OpublikowanaDoi:10.1371/journal.pcbi.1011959 - link do publikacji
- AlphaKnot 2.0 – a web server for the visualization of proteins' knotting and a database of knotted AlphaFold-predicted modelsAutorzy:P Rubach, M Sikora, AI Jarmolinska, AP Perlinska, JI SulkowskaCzasopismo:Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: 52, strony: W187–W193), Wydawca: Oxford AcademicStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkae443 - link do publikacji
- Everything AlphaFold tells us about protein knotsAutorzy:A Perlinska, M Sikora, JI SulkowskaCzasopismo:Journal of Molecular Biology (rok: 2024, tom: 436, strony: 46035), Wydawca: science directStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.jmb.2024.168715 - link do publikacji