Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Metoda modelowania de novo struktury RNA w oparciu o więzy z danych doświadczalnych

2021/43/D/NZ1/03360

Słowa kluczowe:

modelowanie RNA krystalografia rentgenowska mikroskopia krioelektronowa SAXS więzy doświadczalne SimRNA

Deskryptory:

  • NZ1_004: Biologia strukturalna
  • ST6_012: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Sunandan Mukherjee 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA 17 - ogłoszony 2021-09-15

Przyznana kwota: 691 252 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2022-11-02

Zakończenie projektu: 2025-11-01

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt w realizacji

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (6)
  1. RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures
    Autorzy:
    Fan Bu, Yagoub Adam, Ryszard Adamiak, Maciej Antczak, Belisa de Aquino, Nagendar Badepally, Robert Batey, Eugene Baulin, Pawel Boinski, Michal Boniecki, Janusz Bujnicki, Kristy Carpenter, Jose Chacon, Shi-Jie Chen, Wah Chiu, Pablo Cordero, Naba Krishna Das, Rhiju Das, Wayne Dawson, Frank DiMaio, Feng Ding, Anne-Catherine Dock-Bregeon, Nikolay Dokholyan, Ron Dror, Stanislaw Dunin-Horkawicz, Stephan Eismann, Eric Ennifar, Reza Esmaeeli, Masoud Farsani, Adrian Ferré-D'Amaré, Caleb Geniesse, George Ghanim, Horacio Guzman, Iris Hood, Lin Huang, Dharm Jain, Farhang Jaryani, Lei Jin, Astha Joshi, Masha Karelina, Jeffrey Kieft, Wipapat Kladwang, Sebastian Kmiecik, Deepak Koirala, Markus Kollmann, Rachael Kretsch, Mateusz Kurcinski, Shuang Li, Jun Li, Marcin Magnus, BenoÎt Masquida, Seyed Moafinejad, Arup Mondal, Sunandan Mukherjee, Thi Nguyen, Grigory Nikolaev, Chandran Nithin, Grace Nye, Iswarya Pandara Nayaka Pandaranadar Jeyeram, Alberto Perez, Phillip Pham, Joseph Piccirilli, Smita Pilla, Radoslaw Pluta, Simon Poblete, Almudena Ponce-Salvatierra, Lukasz Popenda, Mariusz Popenda, Fabrizio Pucci, Ramya Rangan, Angana Ray, Aiming Ren, Joanna Sarzynska, Congzhou Sha, Filip Stefaniak, Zhaoming Su, Krishna Suddala, Marta Szachniuk, Raphael Townshend, Robert Trachman III, Wenkai Wang, Jian Wang, Andrew Watkins, Tomasz Wirecki, Yi Xiao, Peng Xiong, Yiduo Xiong, Jianyi Yang, Joseph Yesselman, Jinwei Zhang, Yi Zhang, Zhenzhen Zhang, Yuanzhe Zhou, Tomasz Zok, Dong Zhang, Sicheng Zhang, Adriana Żyla, Eric Westhof, Zhichao Miao
    Czasopismo:
    Nature Methods (rok: 2025, tom: 22, strony: 399–411), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41592-024-02543-9 - link do publikacji
  2. RNA 3D structure modeling by fragment assembly with small-angle X-ray scattering restraints
    Autorzy:
    Grzegorz Chojnowski, Rafał Zaborowski, Marcin Magnus, Sunandan Mukherjee, Janusz M Bujnicki
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 4), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btad527 - link do publikacji
  3. Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence
    Autorzy:
    Xinyu Jia, Zhiling Pan, Yang Yuan, Bingnan Luo, Yongbo Luo, Sunandan Mukherjee, Guowen Jia, Liu Liu, Xiaobin Ling, Xiting Yang, Zhichao Miao, Xiawei Wei, Janusz M Bujnicki, Kelei Zhao, Zhaoming Su
    Czasopismo:
    Cell Research (rok: 2023, tom: 33, strony: 3), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41422-023-00786-3 - link do publikacji
  4. MODOMICS: a database of RNA modifications and related information. 2023 update
    Autorzy:
    Andrea Cappannini, Angana Ray, Elżbieta Purta, Sunandan Mukherjee, Pietro Boccaletto, S Naeim Moafinejad, Antony Lechner, Charles Barchet, Bruno P Klaholz, Filip Stefaniak, Janusz M Bujnicki
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 52, strony: 5), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkad1083 - link do publikacji
  5. RNA tertiary structure prediction in CASP15 by the GeneSilico group: Folding simulations based on statistical potentials and spatial restraints
    Autorzy:
    Eugene F Baulin, Sunandan Mukherjee, S Naeim Moafinejad, Tomasz K Wirecki, Nagendar Goud Badepally, Farhang Jaryani, Filip Stefaniak, Masoud Amiri Farsani, Angana Ray, Tales Rocha de Moura, Janusz M Bujnicki
    Czasopismo:
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2023, tom: 91, strony: 1800-1810), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/prot.26575 - link do publikacji
  6. Conserved structures and dynamics in 5′-proximal regions of Betacoronavirus RNA genomes
    Autorzy:
    Tales Rocha de Moura, Elżbieta Purta, Agata Bernat, Eva M Martín-Cuevas, Małgorzata Kurkowska, Eugene F Baulin, Sunandan Mukherjee, Jakub Nowak, Artur P Biela, Michał Rawski, Sebastian Glatt, Fernando Moreno-Herrero, Janusz M Bujnicki
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: Online ahead of print, strony: 1–14), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkae144 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy