Projekty finansowane przez NCN
Metoda modelowania de novo struktury RNA w oparciu o więzy z danych doświadczalnych
2021/43/D/NZ1/03360
Słowa kluczowe:
modelowanie RNA krystalografia rentgenowska mikroskopia krioelektronowa SAXS więzy doświadczalne SimRNA
Deskryptory:
- NZ1_4: Biologia strukturalna
- ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
- ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
Panel:
NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca:
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
woj.
Konkurs: SONATA 17 - ogłoszony 2021-09-15
Przyznana kwota: 691 252 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2022-11-02
Zakończenie projektu: 2025-11-01
Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt w realizacji
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (5)
- RNA 3D structure modeling by fragment assembly with small-angle X-ray scattering restraintsAutorzy:Grzegorz Chojnowski, Rafał Zaborowski, Marcin Magnus, Sunandan Mukherjee, Janusz M BujnickiCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2023, tom: 39, strony: 4), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/btad527 - link do publikacji
- MODOMICS: a database of RNA modifications and related information. 2023 updateAutorzy:Andrea Cappannini, Angana Ray, Elżbieta Purta, Sunandan Mukherjee, Pietro Boccaletto, S Naeim Moafinejad, Antony Lechner, Charles Barchet, Bruno P Klaholz, Filip Stefaniak, Janusz M BujnickiCzasopismo:Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 52, strony: 5), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkad1083 - link do publikacji
- RNA tertiary structure prediction in CASP15 by the GeneSilico group: Folding simulations based on statistical potentials and spatial restraintsAutorzy:Eugene F Baulin, Sunandan Mukherjee, S Naeim Moafinejad, Tomasz K Wirecki, Nagendar Goud Badepally, Farhang Jaryani, Filip Stefaniak, Masoud Amiri Farsani, Angana Ray, Tales Rocha de Moura, Janusz M BujnickiCzasopismo:Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2023, tom: 91, strony: 1800-1810), Wydawca: Wiley Online LibraryStatus:OpublikowanaDoi:10.1002/prot.26575 - link do publikacji
- Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulenceAutorzy:Xinyu Jia, Zhiling Pan, Yang Yuan, Bingnan Luo, Yongbo Luo, Sunandan Mukherjee, Guowen Jia, Liu Liu, Xiaobin Ling, Xiting Yang, Zhichao Miao, Xiawei Wei, Janusz M Bujnicki, Kelei Zhao, Zhaoming SuCzasopismo:Cell Research (rok: 2023, tom: 33, strony: 3), Wydawca: Nature Publishing GroupStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41422-023-00786-3 - link do publikacji
- Conserved structures and dynamics in 5′-proximal regions of Betacoronavirus RNA genomesAutorzy:Tales Rocha de Moura, Elżbieta Purta, Agata Bernat, Eva M Martín-Cuevas, Małgorzata Kurkowska, Eugene F Baulin, Sunandan Mukherjee, Jakub Nowak, Artur P Biela, Michał Rawski, Sebastian Glatt, Fernando Moreno-Herrero, Janusz M BujnickiCzasopismo:Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: Online ahead of print, strony: 1–14), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/nar/gkae144 - link do publikacji