Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Specyficzność w wykrywaniu PTC w mRNA przez NMD i jego sieć, spostrzeżenia z perspektywy raka i sieciowanie (XL-MS)

2020/36/C/NZ2/00108

Słowa kluczowe:

mRNA przedwczesne kodony terminacji translacji NMD eukariotyczne czynniki uwalniające kompleks EJC sieciowanie modelowanie molekularne dynamika molekularna

Deskryptory:

  • NZ2_8: Biologia obliczeniowa
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne

Panel:

NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Gdański, Międzynarodowe Centrum Badań nad Szczepionkami Przeciwnowotworowymi

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Umesh Kalathiya 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: SONATINA 4 - ogłoszony 2019-12-16

Przyznana kwota: 604 075 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-12-01

Zakończenie projektu: 2024-01-31

Planowany czas trwania projektu: 38 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (18)
  1. In Vitro Cross-Linking MS Reveals SMG1–UPF2–SMG7 Assembly as Molecular Partners within the NMD Surveillance
    Autorzy:
    Padariya, M.; Vojtesek, B.; Hupp, T.; Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2024, tom: 25, strony: 3182), Wydawca: mdpi
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms25063182 - link do publikacji
  2. Identification of novel interferon responsive protein partners of human leukocyte antigen A (HLA-A) using cross-linking mass spectrometry (CLMS) approach
    Autorzy:
    Singh, A., Padariya, M., Faktor, J., Kote, S., Mikac, S., Dziadosz, A., Lam, T. W., Brydon, J., Wear, M. A., Ball, K. L., Hupp, T., Sznarkowska, A., Vojtesek, B., Kalathiya, U
    Czasopismo:
    Scientific reports (rok: 2022, tom: 12(1), strony: 19422), Wydawca: Nature Portfolio
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-022-21393-z - link do publikacji
  3. Interfaces with Structure Dynamics of the Workhorses from Cells Revealed through Cross-Linking Mass Spectrometry (CLMS)
    Autorzy:
    Kalathiya, U., Padariya, M., Faktor, J., Coyaud, E., Alfaro, J. A., Fahraeus, R., Hupp, T. R., Goodlett, D. R.
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2021, tom: 11(3), strony: 382), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11030382 - link do publikacji
  4. Molecular Determinants and Specificity of mRNA with Alternatively-Spliced UPF1 Isoforms, Influenced by an Insertion in the 'Regulatory Loop'
    Autorzy:
    Padariya, M., Fahraeus, R., Hupp, T., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    International journal of molecular sciences (rok: 2021, tom: 22(23), strony: 12744), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms222312744 - link do publikacji
  5. The Elephant Evolved p53 Isoforms that Escape MDM2-Mediated Repression and Cancer
    Autorzy:
    Padariya, M., Jooste, M. L., Hupp, T., Fåhraeus, R., Vojtesek, B., Vollrath, F., Kalathiya, U., & Karakostis, K
    Czasopismo:
    Molecular biology and evolution (rok: 2022, tom: 39(7), strony: msac149), Wydawca: Oxford University Press on behalf of the Society for Molecular Biology and Evolution
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/molbev/msac149 - link do publikacji
  6. Identification of novel interferon responsive protein partners of human leukocyte antigen A (HLA-A) using cross-linking mass spectrometry (CLMS) approach
    Autorzy:
    Singh, A., Padariya, M., Faktor, J., Kote, S., Mikac, S., Dziadosz, A., Lam, T. W., Brydon, J., Wear, M. A., Ball, K. L., Hupp, T., Sznarkowska, A., Vojtesek, B., Kalathiya, U
    Czasopismo:
    Scientific reports (rok: 2022, tom: 12(1), strony: 19422), Wydawca: Nature Portfolio
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-022-21393-z - link do publikacji
  7. The Binding Specificity of PAB1 with Poly(A) mRNA, Regulated by Its Structural Folding
    Autorzy:
    Padariya, M., Kalathiya, U
    Czasopismo:
    Biomedicines (rok: 2022, tom: 10(11), strony: 2981), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biomedicines10112981 - link do publikacji
  8. The Elephant Evolved p53 Isoforms that Escape MDM2-Mediated Repression and Cancer
    Autorzy:
    Padariya, M., Jooste, M. L., Hupp, T., Fåhraeus, R., Vojtesek, B., Vollrath, F., Kalathiya, U., & Karakostis, K
    Czasopismo:
    Molecular biology and evolution (rok: 2022, tom: 39(7), strony: msac149), Wydawca: Oxford University Press on behalf of the Society for Molecular Biology and Evolution
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/molbev/msac149 - link do publikacji
  9. Molecular Determinants and Specificity of mRNA with Alternatively-Spliced UPF1 Isoforms, Influenced by an Insertion in the 'Regulatory Loop'
    Autorzy:
    Padariya, M., Fahraeus, R., Hupp, T., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    International journal of molecular sciences (rok: 2021, tom: 22(23), strony: 12744), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms222312744 - link do publikacji
  10. Structural determinants of peptide-dependent TAP1-TAP2 transit passage targeted by viral proteins and altered by cancer-associated mutations.
    Autorzy:
    Padariya, M., Kote, S., Mayordomo, M., Dapic, I., Alfaro, J., Hupp, T., Fahraeus, R., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    Computational and structural biotechnology journal (rok: 2021, tom: 19, strony: 5072–5091), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2021.09.006 - link do publikacji
  11. Next-generation sequencing of a combinatorial peptide phage library screened against ubiquitin identifies peptide aptamers that can inhibit the in vitro ubiquitin transfer cascade
    Autorzy:
    Lisowska, M., Lickiss, F., Gil-Mir, M., Huart, A. S., Trybala, Z., Way, L., Hernychova, L., Krejci, A., Muller, P., Krejcir, R., Zhukow, I., Jurczak, P., Rodziewicz-Motowidło, S., Ball, K., Vojtesek, B., Hupp, T., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    Frontiers in microbiology (rok: 2022, tom: 13, strony: 875556), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fmicb.2022.875556 - link do publikacji
  12. Next-generation sequencing of a combinatorial peptide phage library screened against ubiquitin identifies peptide aptamers that can inhibit the in vitro ubiquitin transfer cascade
    Autorzy:
    Lisowska, M., Lickiss, F., Gil-Mir, M., Huart, A. S., Trybala, Z., Way, L., Hernychova, L., Krejci, A., Muller, P., Krejcir, R., Zhukow, I., Jurczak, P., Rodziewicz-Motowidło, S., Ball, K., Vojtesek, B., Hupp, T., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    Frontiers in microbiology (rok: 2022, tom: 13, strony: 875556), Wydawca: Frontiers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3389/fmicb.2022.875556 - link do publikacji
  13. Interfaces with Structure Dynamics of the Workhorses from Cells Revealed through Cross-Linking Mass Spectrometry (CLMS)
    Autorzy:
    Kalathiya, U., Padariya, M., Faktor, J., Coyaud, E., Alfaro, J. A., Fahraeus, R., Hupp, T. R., Goodlett, D. R.
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2021, tom: 11(3), strony: 382), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11030382 - link do publikacji
  14. Molecular Determinants and Specificity of mRNA with Alternatively-Spliced UPF1 Isoforms, Influenced by an Insertion in the 'Regulatory Loop'
    Autorzy:
    Padariya, M., Fahraeus, R., Hupp, T., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    International journal of molecular sciences (rok: 2021, tom: 22(23), strony: 12744), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms222312744 - link do publikacji
  15. Structural determinants of peptide-dependent TAP1-TAP2 transit passage targeted by viral proteins and altered by cancer-associated mutations.
    Autorzy:
    Padariya, M., Kote, S., Mayordomo, M., Dapic, I., Alfaro, J., Hupp, T., Fahraeus, R., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    Computational and structural biotechnology journal (rok: 2021, tom: 19, strony: 5072–5091), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2021.09.006 - link do publikacji
  16. Interfaces with Structure Dynamics of the Workhorses from Cells Revealed through Cross-Linking Mass Spectrometry (CLMS)
    Autorzy:
    Kalathiya, U., Padariya, M., Faktor, J., Coyaud, E., Alfaro, J. A., Fahraeus, R., Hupp, T. R., Goodlett, D. R.
    Czasopismo:
    Biomolecules (rok: 2021, tom: 11(3), strony: 382), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biom11030382 - link do publikacji
  17. The Binding Specificity of PAB1 with Poly(A) mRNA, Regulated by Its Structural Folding
    Autorzy:
    Padariya, M., Kalathiya, U
    Czasopismo:
    Biomedicines (rok: 2022, tom: 10(11), strony: 2981), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/biomedicines10112981 - link do publikacji
  18. Structural determinants of peptide-dependent TAP1-TAP2 transit passage targeted by viral proteins and altered by cancer-associated mutations.
    Autorzy:
    Padariya, M., Kote, S., Mayordomo, M., Dapic, I., Alfaro, J., Hupp, T., Fahraeus, R., Kalathiya, U.
    Czasopismo:
    Computational and structural biotechnology journal (rok: 2021, tom: 19, strony: 5072–5091), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.csbj.2021.09.006 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy