Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Badania komputerowe roli wiązań disulfidowych w białkach.

2019/35/D/ST4/03156

Słowa kluczowe:

wiązania disulfidowe struktura białek funkcje białek dynamika molekularna

Deskryptory:

  • ST4_4: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_1: Chemia fizyczna, fizyka chemiczna
  • ST4_3: Struktura i architektura molekularna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Fizyki Polskiej Akademii Nauk

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Paweł Krupa 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA 15 - ogłoszony 2019-09-16

Przyznana kwota: 399 420 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-06-10

Zakończenie projektu: 2024-06-09

Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (11)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Integrating Explicit and Implicit Fullerene Models into UNRES Force Field for Protein Interaction Studies
    Autorzy:
    Natalia H Rogoża, Magdalena A Krupa, Pawel Krupa*, Adam K Sieradzan
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2024, tom: 29, strony: 1919), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/molecules29091919 - link do publikacji
  2. Mechanical Stability of Ribonuclease A Heavily Depends on the Redox Environment
    Autorzy:
    Pamela Smardz, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2022, tom: J. Phys. Chem. B 2022, 126, 33, 6240–6249, strony: 6240–6249), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.2c04718 - link do publikacji
  3. Mechanical Stability of Ribonuclease A Heavily Depends on the Redox Environment
    Autorzy:
    Pamela Smardz, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2022, tom: J. Phys. Chem. B 2022, 126, 33, 6240–6249, strony: 6240–6249), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.2c04718 - link do publikacji
  4. Coumarin derivatives – the role of dimerization and linker length on the anti-amyloid activity
    Autorzy:
    Barbora Borovska, Paweł Krupa, Zuzana Bednarikova, Slavka Hamulakova, Mai Suan Li, Zuzana Gazova
    Czasopismo:
    Journal of Biological Chemistry (rok: 2024, tom: praca złożona, strony: praca złożona), Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology
    Status:
    Złożona
  5. A Practical Guide to All-Atom and Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations Using Amber and Gromacs: A Case Study of Disulfide-Bond Impact on the Intrinsically Disordered Amyloid Beta
    Autorzy:
    Pamela Smardz, Midhun Mohan Anila, Paweł Rogowski, Mai Suan Li, Bartosz Różycki, Pawel Krupa
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2024, tom: 25, strony: 6698), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms25126698 - link do publikacji
  6. Why does the herpes simplex 1 virus-encoded UL49.5 protein fail to inhibit the TAP-dependent antigen presentation?
    Autorzy:
    N Karska, I Zhukov, AD Lipińska, S Rodziewicz-Motowidło, P Krupa
    Czasopismo:
    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes (rok: 2023, tom: 1865, strony: 184200), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbamem.2023.184200 - link do publikacji
  7. Mechanical Stability of Ribonuclease A Heavily Depends on the Redox Environment
    Autorzy:
    Pamela Smardz, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa
    Czasopismo:
    J. Phys. Chem. B (rok: 2022, tom: J. Phys. Chem. B 2022, 126, 33, 6240–6249, strony: 6240–6249), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.2c04718 - link do publikacji
  8. Amyloid-β Tetramers and Divalent Cations at the Membrane/Water Interface: Simple Models Support a Functional Role
    Autorzy:
    P. Krupa, G. La Penna, M.S. Li
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2023, tom: 24, strony: 12698), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms241612698 - link do publikacji
  9. Multilayered Computational Framework for Designing Peptide Inhibitors of HVEM-LIGHT Interaction
    Autorzy:
    Piotr Ciura, Pamela Smardz, Marta Spodzieja, Adam K. Sieradzan, and Pawel Krupa
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2024, tom: 1, strony: 1), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.4c02255 - link do publikacji
  10. Amyloid-β Tetramers and Divalent Cations at the Membrane/Water Interface: Simple Models Support a Functional Role
    Autorzy:
    P. Krupa, G. La Penna, M.S. Li
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2023, tom: 24, strony: 12698), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms241612698 - link do publikacji
  11. Why does the herpes simplex 1 virus-encoded UL49.5 protein fail to inhibit the TAP-dependent antigen presentation?
    Autorzy:
    N Karska, I Zhukov, AD Lipińska, S Rodziewicz-Motowidło, P Krupa
    Czasopismo:
    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes (rok: 2023, tom: 1865, strony: 184200), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbamem.2023.184200 - link do publikacji
  1. Free-Docking and Template-Based Docking: Physics Versus Knowledge-Based Docking
    Autorzy:
    Magdalena A. Krupa, Paweł Krupa
    Książka:
    Protein-Protein Docking (Part of the book series: Methods in Molecular Biology (MIMB, volume 2780)) (rok: 2024, tom: 2780, strony: 27-41), Wydawca: Humana New York, NY (Springer Protocols)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-1-0716-3985-6_3 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy