Projekty finansowane przez NCN
Typowanie gospodarzy wirusów na podstawie metagenomowych sekwencji wirusowych przy wykorzystaniu algorytmów "alignment-free"
2018/31/D/NZ2/00108
Słowa kluczowe:
wirus gospodarz metagenomika bioinformatyka bakteria genom sekwencja
Deskryptory:
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
- NZ2_2: Genomika, transkryptomika i epigenomika
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii
woj. wielkopolskie
Konkurs: SONATA 14 - ogłoszony 2018-09-14
Przyznana kwota: 545 820 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2019-06-21
Zakończenie projektu: 2023-06-20
Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Serwer plików typu NAS. Za kwotę 60 000 PLN
- Dysk twardy wewnętrzy.
- Komputer przenośny typu MacBook Pro z oprogramowaniem. Za kwotę 15 000 PLN
- Wysoko wydajna stacja robocza (2 szt.). Za kwotę 70 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (7)
- Taxonomy-aware, sequence similarity ranking reliably predicts phage–host relationshipsAutorzy:Andrzej Zielezinski, Jakub Barylski, Wojciech M. KarlowskiCzasopismo:BMC Biology (rok: 2021, tom: 19, strony: 45305), Wydawca: BioMed Central (UK)Status:OpublikowanaDoi:10.1186/s12915-021-01146-6 - link do publikacji
- Massive annotation of bacterial L-asparaginases reveals their puzzling distribution and frequent gene transfer eventsAutorzy:Andrzej Zielezinski, Joanna I. Loch, Wojciech M. Karlowski, Mariusz JaskolskiCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2022, tom: 12, strony: 45303), Wydawca: Nature PortfolioStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41598-022-19689-1 - link do publikacji
- PHIST: fast and accurate prediction of prokaryotic hosts from metagenomic viral sequencesAutorzy:Andrzej Zielezinski, Sebastian Deorowicz, Adam GudyśCzasopismo:Bioinformatics (rok: 2021, tom: 38, strony: 1447-1449), Wydawca: Oxford University PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1093/bioinformatics/btab837 - link do publikacji
- Ultraconserved bacteriophage genome sequence identified in 1300-year-old human palaeofaecesAutorzy:Rozwalak P, Barylski J, Wijesekara Y, Bas DE, Zielezinski ACzasopismo:Nature Communications , Wydawca: Nature PortfolioStatus:ZłożonaDoi:brak - link do publikacji
- Benchmarking of alignment-free sequence comparison methodsAutorzy:Andrzej Zielezinski, Hani Z. Girgis, Guillaume Bernard, Chris-Andre Leimeister, Kujin Tang, Thomas Dencker, Anna Katharina Lau, Sophie Röhling, Jae Jin Choi, Michael S. Waterman, Matteo Comin, Sung-Hou Kim, Susana Vinga, Jonas S. Almeida, Cheong Xin Chan, Benjamin T. James, Fengzhu Sun, Burkhard Morgenstern, Wojciech M. KarlowskiCzasopismo:Genome Biology (rok: 2019, tom: 20, strony: 45309), Wydawca: BioMed CentralStatus:OpublikowanaDoi:10.1186/s13059-019-1755-7 - link do publikacji
- Daily Reports on Phage-Host InteractionsAutorzy:Kamil Albrycht, Adam A. Rynkiewicz, Michal Harasymczuk, Jakub Barylski, Andrzej ZielezinskiCzasopismo:Frontiers in Microbiology (rok: 2022, tom: 13, strony: 45297), Wydawca: Frontiers Media S.A.Status:OpublikowanaDoi:10.3389/fmicb.2022.946070 - link do publikacji
- RaFAH: Host prediction for viruses of Bacteria and Archaea based on protein contentAutorzy:Felipe Coutinho, Asier Zaragoza-Solas, Mario López-Pérez, Jakub Barylski, Andrzej Zielezinski, Bas E. Dutilh, Robert Edwards, F Rodriguez-ValeraCzasopismo:Patterns (rok: 2021, tom: 2, strony: 45299), Wydawca: Cell PressStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.patter.2021.100274 - link do publikacji