Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Koherentne Modele i Wydajne Algorytmy dla Duplikacji Genomowych

2017/27/B/ST6/02720

Słowa kluczowe:

duplikacje genomów drzewo filogenetyczne genomika porównawcza

Deskryptory:

  • ST6_12: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • ST6_6: Algorytmika, algorytmy równoległe, rozproszone i sieciowe, algorytmiczna teoria gier

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Paweł Górecki 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: OPUS 14 - ogłoszony 2017-09-15

Przyznana kwota: 798 440 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-07-23

Zakończenie projektu: 2023-07-22

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (9)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (1)
  1. Integer Linear Programming Formulation for the Unified Duplication-Loss-Coalescence Model
    Autorzy:
    Javad Ansarifar, Alexey Markin, Paweł Górecki, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2020, tom: 12304, strony: 229-242), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-030-57821-3_20 - link do publikacji
  2. The Unconstrained Diameters of the Duplication-Loss Cost and the Loss Cost
    Autorzy:
    Paweł Górecki ; Oliver Eulenstein ; Jerzy Tiuryn
    Czasopismo:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2021, tom: 18, strony: 2125-2135), Wydawca: IEEE/ACM
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2019.2919617 - link do publikacji
  3. Unifying duplication episode clustering and gene-species mapping inference
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Natalia Rutecka, Agnieszka Mykowiecka & Jarosław Paszek
    Czasopismo:
    Algorithms for Molecular Biology (rok: 2024, tom: 19, strony: 45311), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s13015-024-00252-8 - link do publikacji
  4. Taming the Duplication-Loss-Coalescence Model with Integer Linear Programming
    Autorzy:
    J Paszek, A Markin, P Górecki, O Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2021, tom: 28, strony: 758-773), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.,
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2021.0011 - link do publikacji
  5. Asymmetric Cluster-Based Measuresfor Comparative Phylogenetics
    Autorzy:
    Sanket Wagle, Alexey Markin, Paweł Górecki, Tavis K. Anderson and Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2024, tom: 31, strony: 312 - 327), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc., publishers
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1089/cmb.2023.0338 - link do publikacji
  6. Feasibility Algorithms for the Duplication-Loss Cost
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    Lecture Notes in Computer Science (rok: 2019, tom: 11653, strony: 206-218), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/978-3-030-26176-4_17 - link do publikacji
  7. Simultaneous Reconstruction of Duplication Episodes and Gene-Species Mappings
    Autorzy:
    P. Górecki, N. Rutecka, A.Mykowiecka, J.Paszek
    Czasopismo:
    Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs) (rok: 2023, tom: 242, strony: 6:1-6:18), Wydawca: Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs)
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.4230/LIPIcs.WABI.2023.6 - link do publikacji
  8. Exact median-tree inference for unrooted reconciliation costs
    Autorzy:
    Paweł Górecki, Alexey Markin, Oliver Eulenstein
    Czasopismo:
    BMC Evolutionary Biology (rok: 2020, tom: 20, strony: 136), Wydawca: BMC/Springer Nature
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1186/s12862-020-01700-w - link do publikacji
  9. Minimizing genomic duplication episodes
    Autorzy:
    Jarosław Paszek, Jerzy Tiuryn, Paweł Górecki
    Czasopismo:
    Computational Biology and Chemistry (rok: 2020, tom: 89, strony: 107260), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.compbiolchem.2020.107260 - link do publikacji
  1. Novel Genomic Duplication Models through Integer Linear Programming
    Autorzy:
    Paszek, Eulenstein, Gorecki
    Konferencja:
    ACM BCB 2021 (rok: 2021, ), Wydawca: ACM
    Data:
    konferencja August 1–4
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy