Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Podstawy molekularne biologicznych funkcji enzymów z głęboko umiejscowionymi miejscami aktywnymi: inhibicja substratowa, kooperacyjność oraz zależności pomiędzy transportem substratów i produktów.

2017/26/E/NZ1/00548

Słowa kluczowe:

tunele dynamika transport molekularny funkcja enzymu

Deskryptory:

  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii

woj. wielkopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Jan Brezovsky 

Liczba wykonawców projektu: 6

Konkurs: SONATA BIS 7 - ogłoszony 2017-06-14

Przyznana kwota: 2 326 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2018-07-23

Zakończenie projektu: 2025-07-22

Planowany czas trwania projektu: 84 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (8)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
  1. Water will find its way: transport through narrow tunnels in hydrolases
    Autorzy:
    Sequeiros-Borja C, Bartlomiej Surpeta, Thirunavukarasu AS, Dongmo Foumthuim CJ, Marchlewski I, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2024, tom: 64, strony: 6014-6025), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.4c00094 - link do publikacji
  2. Reinforcing Tunnel Network Exploration in Proteins using Gaussian Accelerated Molecular Dynamics
    Autorzy:
    Mandal N, Surpeta B, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2024, tom: 64, strony: 6623-6635), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.4c00966 - link do publikacji
  3. Water migration through enzyme tunnels is sensitive to choice of explicit water model
    Autorzy:
    Thirunavukarasu AS, Szleper K, Tanriver G, Marchlewski I, Mitusinska K, Gora A, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2025, tom: 65, strony: 326–337), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jcim.4c01177 - link do publikacji
  4. TransportTools: a library for high-throughput analyses of internal voids in biomolecules and ligand transport through them
    Autorzy:
    Brezovsky J, Thirunavukarasu AS, Surpeta B, Sequeiros-Borja CE, Mandal N, Sarkar DK, Dongmo Foumthuim CJ, Agrawal N
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2022, tom: 38, strony: 1752-1753), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btab872 - link do publikacji
  5. Incorporating prior knowledge in the seeds of adaptive sampling molecular dynamics simulations of ligand transport in enzymes with buried active sites
    Autorzy:
    Sarkar DK, Surpeta B, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2024, tom: 20, strony: 5807-5819), Wydawca: AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.4c00452 - link do publikacji
  6. Recent advances in user-friendly computational tools to engineer protein function
    Autorzy:
    Sequeiros-Borja CE, Surpeta B, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Briefings in Bioinformatics (rok: 2020, tom: brak, strony: brak), Wydawca: OXFORD UNIV PRESS
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bib/bbaa150 - link do publikacji
  7. Impact of water models on the structure and dynamics of enzyme tunnels
    Autorzy:
    Sethi A, Agrawal N, Brezovsky J
    Czasopismo:
    Computational and Structural Biotechnology Journal (rok: 2024, tom: 23, strony: 3946-3954), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.051 - link do publikacji
  8. Dynamics, a Powerful Component of Current and Future in Silico Approaches for Protein Design and Engineering
    Autorzy:
    Surpeta B, Sequeiros-Borja CE, Brezovsky J
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2020, tom: 21(8), strony: 2713), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms21082713 - link do publikacji
  1. Deciphering rare opening of gates in ligandtransport tunnels of enzymes using enhanced molecular dynamics simulations
    Autorzy:
    Mandal N, Surpeta B, Brezovsky J
    Konferencja:
    The Biochemistry Global Summit 25th IUBMB Congress, 46th FEBS Congress, 15th PABMB Congress (rok: 2022, ), Wydawca: FEBS Press
    Data:
    konferencja 9–14 Lipiec 2022r.
    Status:
    Opublikowana
  2. Analysis of substrate exchange between bulk solvent and buried enzyme active site via multiple molecular tunnels using high-throughput simulations
    Autorzy:
    Sarkar DK, Brezovsky J
    Konferencja:
    45th FEBS Congress, Molecules of Life: Towards New Horizons (rok: 2021, ), Wydawca: FEBS Press
    Data:
    konferencja 3-8 Lipiec
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy