Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Opracowanie metod korekcji obciążenia pomiarów poziomu ekspresji genów

2016/23/D/ST7/03665

Słowa kluczowe:

ekspresja genów mikromacierze głębokie sekwencjonowanie PCR

Deskryptory:

  • ST7_11: Inżynieria biomedyczna
  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
  • NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne

Panel:

ST7 - Inżynieria systemów i komunikacji: elektronika, komunikacja, optoelektronika

Jednostka realizująca:

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Roman Jaksik 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA 12 - ogłoszony 2016-09-15

Przyznana kwota: 536 900 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2017-09-26

Zakończenie projektu: 2022-09-25

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (12)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (3)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Circuits Regulating Superoxide and Nitric Oxide Production and Neutralization in Different Cell Types: Expression of Participating Genes and Changes Induced by Ionizing Radiation
    Autorzy:
    Bil P, Ciesielska S, Jaksik R, Rzeszowska-Wolny J
    Czasopismo:
    Antioxidants (rok: 2020, tom: 9, strony: 701), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/antiox9080701 - link do publikacji
  2. Effect of the unfolded protein response and oxidative stress on mutagenesis in CSF3R: a model for evolution of severe congenital neutropenia to myelodysplastic syndrome/acute myeloid leukemia
    Autorzy:
    Sapra A, Jaksik R, Mehta H, Biesiadny S, Kimmel M, Corey S
    Czasopismo:
    Mutagenesis (rok: 2021, tom: 35, strony: 381–389), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/mutage/geaa027 - link do publikacji
  3. GaMRed - adaptive filtering of high-throughput biological data
    Autorzy:
    Marczyk M, Jaksik R, Polanski A, Polanska J
    Czasopismo:
    IEEE-ACM Transactions On Computational Biology and Bioinformatics (rok: 2018, tom: 1, strony: 45300), Wydawca: IEEE
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1109/TCBB.2018.2858825 - link do publikacji
  4. Heuristic search of exact biclusters in binary data
    Autorzy:
    Michalak M, Jaksik R, Ślęzak D
    Czasopismo:
    International Journal of Applied Mathematics and Computer Science, (rok: 2020, tom: 30, strony: 161–171), Wydawca: Uniwersytet Zielonogórski
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.34768/amcs-2020-0013 - link do publikacji
  5. Interferon Gamma Mediates Hematopoietic Stem Cell Activation and Niche Relocalization through BST2
    Autorzy:
    Florez M, Matatall KA, Jeong Y, Ortinau L, Shafer P, Lynch A, Jaksik R, Kimmel M, Park D, King KY
    Czasopismo:
    Cell Reports (rok: 2020, tom: 33, strony: 108530), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.celrep.2020.108530 - link do publikacji
  6. Small RNA-Seq Reveals Similar miRNA Transcriptome in Children and Young Adults with T-ALL and Indicates miR-143-3p as Novel Candidate Tumor Suppressor in This Leukemia
    Autorzy:
    3.Dawidowska M, Maćkowska-Maślak N, Drobna-Śledzińska M, Kosmalska M, Jaksik R, Szymczak D, Jarmuż-Szymczak M, Sadowska-Klasa A, Wojtaszewska M, Sędek Ł, Wróbel T, Zaucha J, Szczepański T, Lewandowski K, Giebel S, Witt M
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 10117), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms231710117 - link do publikacji
  7. Statistical Inference for the Evolutionary History of Cancer Genomes
    Autorzy:
    Khanh N. Dinh, Roman Jaksik, Marek Kimmel, Amaury Lambert, and Simon Tavaré
    Czasopismo:
    Statistical Science (rok: 2020, tom: 35, strony: 129–144), Wydawca: The Institute of Mathematical Statistics
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1214/19-STS7561 - link do publikacji
  8. Chronic infection drives Dnmt3a-loss-of-functionclonal hematopoiesis via IFNgsignaling
    Autorzy:
    Agulla D, Matatall KA, Le D, Kain B, Long X, Kuś P, Jaksik R, Challen G, Kimmel M, King KY
    Czasopismo:
    Cell Stem Cell (rok: 2021, tom: S1934-5909, strony: 00108-9), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.stem.2021.03.002 - link do publikacji
  9. Involvement of miRNAs in cellular responses to radiation
    Autorzy:
    Rzeszowska-Wolny J, Hudy D, Biernacki K, Ciesielska S, Jaksik R
    Czasopismo:
    International Journal of Radiation Biology (rok: 2022, tom: 98, strony: 479-488), Wydawca: Informa
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/09553002.2022.2028923 - link do publikacji
  10. RNA-seq library preparation for comprehensive transcriptome analysis in cancer cells: The impact of insert size
    Autorzy:
    Jaksik R, Drobna M, Dawidowska M
    Czasopismo:
    Genomics (rok: 2021, tom: 113, strony: 4149-4162), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.018 - link do publikacji
  11. Predicting time to relapse in acute myeloid leukemia through stochastic modeling of minimal residual disease based on clonality data
    Autorzy:
    Dinh K, Jaksik R, Corey S, Kimmel M
    Czasopismo:
    Computational and Systems Oncology (rok: 2021, tom: 1, strony: e1026), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/cso2.1026 - link do publikacji
  12. The origin of bladder cancer from mucosal field effects
    Autorzy:
    2.Bondaruk J, Jaksik R, Wang Z, Cogdell D, Lee S, Chen Y, Dinh K, Majewski T, Zhang L, Cao S, Tian F, Yao H, Kuś P, Chen H, Weinstein J, Navai N, Dinney C, Gao J, Theodorescu D, Logothetis C, Guo C, Wang W, McConkey D, Wei P, Kimmel M, Czerniak B
    Czasopismo:
    iScience (rok: 2022, tom: 25, strony: 104551), Wydawca: Cell Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.isci.2022.104551 - link do publikacji
  1. Analysis of factors affecting the precision of gene expression measurement methods
    Autorzy:
    Lalik A, Puszynski K, Jaksik R
    Konferencja:
    13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems (rok: 2019, ), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 43815
    Status:
    Opublikowana
  2. Nucleotide composition bias in high throughput gene expression measurement methods
    Autorzy:
    Jaksik R, Lalik A, Puszynski K
    Konferencja:
    13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems (rok: 2019, ), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 43815
    Status:
    Opublikowana
  3. Correction of the genes expression measurements based on the probes design features
    Autorzy:
    Puszynski K, Lalik A, Jaksik R
    Konferencja:
    13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems (rok: 2019, ), Wydawca: IEEE
    Data:
    konferencja 43815
    Status:
    Opublikowana
  1. Identification of factors that affect reproducibility of mutation calling methods in data originating from the next-generation sequencing
    Autorzy:
    Jaksik R, Psiuk-Maksymowicz K, Swierniak A
    Książka:
    Computer and Information Sciences (rok: 2018, tom: 935, strony: 264-271), Wydawca: Springer International Publishing
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy