Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Pole siłowe mechaniki molekularnej dla badania struktury, dynamiki oraz konformacji węglowodanów zawierających jednostki furanozowe.

2015/18/E/ST4/00234

Słowa kluczowe:

furanozy dynamika molekularna konformacja węglowodanów pola siłowe

Deskryptory:

  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
  • ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych
  • ST4_4: Struktura i architektura molekularna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk

woj. małopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr hab. Wojciech Płaziński 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: SONATA BIS 5 - ogłoszony 2015-06-15

Przyznana kwota: 917 600 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-06-15

Zakończenie projektu: 2021-06-14

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. komputer przenośny typu laptop, zasilacz UPC, dyski trawde do serwera HPC.
  2. Prznośny komputer (laptop). Za kwotę 8 000 PLN
  3. Wysokowydajny serwer obliczeniowy HPC. Za kwotę 168 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (15)
  1. A GROMOS Force Field for Furanose-Based Carbohydrates
    Autorzy:
    Nester, K., Gaweda, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2019, tom: 15, strony: 1168-1186), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.8b00838 - link do publikacji
  2. Comparison of Carbohydrate Force Fields in Molecular Dynamics Simulations of Protein–Carbohydrate Complexes
    Autorzy:
    Plazinska, A., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2021, tom: 17, strony: 2575–2585), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jctc.1c00071 - link do publikacji
  3. Conformations of saturated five-membered heterocycles evaluated by MP2 calculations
    Autorzy:
    Gaweda, K., Plazinska, A., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Chemistry of Heterocyclic Compounds (rok: 2020, tom: 56, strony: 1599–1604), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1007/s10593-020-02855-6 - link do publikacji
  4. Extension of the GROMOS 56a6CARBO/CARBO_R Force Field for Charged, Protonated and Esterified Uronates
    Autorzy:
    Karina Panczyk, Karolina Gaweda, Mateusz Drach, Wojciech Plazinski
    Czasopismo:
    Journal of Physical Chemistry B (rok: 2018, tom: 122, strony: 3696-3710), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpcb.7b11548 - link do publikacji
  5. Tautomers of N-acetyl-D-allosamine: an NMR and computational chemistry study
    Autorzy:
    W. Plazinski, M.U. Roslund, E. Säwén, O. Engström, P. Tähtinen, G. Widmalm
    Czasopismo:
    Organic & Biomolecular Chemistry (rok: 2021, tom: 19, strony: 7190-7201), Wydawca: The Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/d1ob01139a - link do publikacji
  6. The endo- and exo-Anomeric Effects in Furanosides. A Computational Study
    Autorzy:
    Gaweda, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    European Journal of Organic Chemistry (rok: 2020, tom: 6, strony: 674-679), Wydawca: Royal Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1002/ejoc.201901473 - link do publikacji
  7. Efficient sampling of high-energy states by machine learning force fields
    Autorzy:
    Plazinski, W., Plazinska, A., Brzyska, A.
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2020, tom: 22, strony: 14364-14374), Wydawca: Royal Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/D0CP01399D - link do publikacji
  8. Molecular Structure of Cefuroxime Axetil Complexes with α-, β-, γ-, and 2-Hydroxypropyl-β-Cyclodextrins: Molecular Simulations and Raman Spectroscopic and Imaging Studies
    Autorzy:
    B. Gieroba, G. Kalisz, A. Sroka-Bartnicka, A. Płazińska, W. Płaziński, M. Starek, M. Dąbrowska
    Czasopismo:
    International Joural of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22 (10), strony: 5238), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22105238 - link do publikacji
  9. Pyranose ring puckering in aldopentoses, ketohexoses and deoxyaldohexoses. A molecular dynamics study
    Autorzy:
    Panczyk, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Carbohydrate Research (rok: 2018, tom: 455, strony: 67-70), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carres.2017.11.011 - link do publikacji
  10. Pyranose ring conformations in mono- and oligosaccharides: A combined MD and DFT approach
    Autorzy:
    Gaweda, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2017, tom: 19, strony: 20760-20772), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C7CP02920A - link do publikacji
  11. Relation between the NMR data and the pseudorotational free energy profile for oxolane
    Autorzy:
    Plazinski, W.; Gaweda, K.; Plazinska, A.
    Czasopismo:
    Journal of Theoretical and Computational Chemistry (rok: 2019, tom: 18, strony: 1950012), Wydawca: World Scientific
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1142/S0219633619500123 - link do publikacji
  12. The systematic influence of solvent on the conformational features of furanosides
    Autorzy:
    Gaweda, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Organic and Biomolecular Chemistry (rok: 2019, tom: 17, strony: 2479-2485), Wydawca: Royal Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/C9OB00043G - link do publikacji
  13. Conformational properties of inulin, levan and arabinan studied by molecular dynamics simulations
    Autorzy:
    Nester, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Carbohydrate Polymers (rok: 2020, tom: 240, strony: 116266-116278), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carbpol.2020.116266 - link do publikacji
  14. Deciphering the conformational preferences of furanosides. A molecular dynamics study
    Autorzy:
    Nester, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (rok: 2020, tom: 38, strony: 3359-3370), Wydawca: Taylor and Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/07391102.2019.1656670 - link do publikacji
  15. Tautomeric and epimeric equilibria of aldo- and ketohexoses studied by the MD simulations and QM calculations
    Autorzy:
    Gaweda, K., Plazinski, W.
    Czasopismo:
    Carbohydrate Research (rok: 2019, tom: 474, strony: 45519), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.carres.2019.01.004 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy