Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Rozszerzenie parametryzacji pola siłowego OPLS-AA na wybrane cząsteczki fosfolipidów w oparciu o obliczenia kwantowo-mechaniczne i symulacje dynamiki molekularnej ab-initio

2015/17/D/ST4/00555

Słowa kluczowe:

błony biologiczne obliczenia kwantowo-mechaniczne symulacje ab initio MD fosfatydylocholina fosfatydyloetanolamina

Deskryptory:

  • ST4_13: Chemia fizyczna układów biologicznych
  • ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii

woj. małopolskie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Anna Wójcik-Augustyn 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA 9 - ogłoszony 2015-03-16

Przyznana kwota: 251 000 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-04-04

Zakończenie projektu: 2020-04-03

Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Licencja na pakiet CHARMM. Za kwotę 3 000 PLN
  2. Licencja na program Gaussian 09. Za kwotę 13 500 PLN
  3. dysk przenośny USB 3.0, pojemność 2 TB (4 szt.). Za kwotę 2 000 PLN
  4. zestaw urządzeń sieciowych: switch i router. Za kwotę 1 000 PLN
  5. Licencja na pakiet programów AMBER14. Za kwotę 2 500 PLN
  6. Serwery obliczeniowe HP Z820, parametry co najmniej: 2xCPU Xeon E5 2630v2, 2xGPU GTX780, RAM 64GB DDR3, SDD 128GB, HDD 2x1TB 7200RPM, zasilacz 1125W (3 szt.). Za kwotę 60 000 PLN
  7. drukarka laserowa. Za kwotę 2 000 PLN
  8. licencja na oprogramowanie SCIGRESS Worksystem. Za kwotę 14 760 PLN
  9. Laptop z co najmniej 8GB RAM, dyskiem HDD co najmniej 750GB i matrycą matową Full HD z torbą i myszką. Za kwotę 8 000 PLN
  10. serwer plików z macierzą dyskową 8 x 3TB (minimum to: procesor i5, RAM 8GB, 8 dysków HDD 3TB w macierzy RAID (karta sprzętowa), obudowa serwerowa, dysk SSD (na system operacyjny). Za kwotę 15 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (3)
  1. "Optimal Solution to the Torsional Coefficient Fitting Problem in Force Field Parametrization"
    Autorzy:
    Adrian Kania, Krzysztof Sarapata, Michał Gucwa, and Anna Wójcik-Augustyn*
    Czasopismo:
    The Journal of Physical Chemistry A (rok: 2021, tom: 125, strony: 2673-2681), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.jpca.0c10845 - link do publikacji
  2. The importance of atomic partial charges in the reproduction of intermolecular interactions for the triacetin - a model of glycerol backbone
    Autorzy:
    Adrian Kania, Maciej Bratek, Jan Majta, Krzysztof Sarapata, Wojciech Gałan, Michał Markiewicz, Anna Wójcik-Augustyn
    Czasopismo:
    Chemistry and Physics of Lipids (rok: 2022, tom: 245, strony: 105203), Wydawca: ELSEVIER
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.chemphyslip.2022.105203 - link do publikacji
  3. Condensed phase properties of n-pentadecane as emerging from the application of biomolecular force fields
    Autorzy:
    Maciej Bratek, Anna Wójcik-Augustyn, Adrian Kania, Jan Majta, Krzysztof Murzyn
    Czasopismo:
    Acta Biochimica Polonica (rok: 2020, tom: 67, strony: 309-318), Wydawca: Polish Biochemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.18388/abp.2020_5414 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy