Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Rozwój " Komputerowej Lingwistyki Chemicznej" i jej zastosowanie do efektywnego planowania wieletapowych syntez chemicznych.

2014/12/W/ST5/00592

Słowa kluczowe:

Lingwistyka synteza chemiczna planowanie

Deskryptory:

  • ST5_23: Chemia organiczna
  • ST1_15: Matematyczne aspekty informatyki

Panel:

ST5 - Synteza i materiały: otrzymywanie materiałów, związki struktury z właściwościami, nowoczesne materiały o założonych właściwościach, architektura (makro)molekularna, chemia organiczna, chemia nieorganiczna, m.in.:

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Organicznej PAN

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Bartosz Grzybowski 

Liczba wykonawców projektu: 19

Konkurs: SYMFONIA 2 - ogłoszony 2013-12-16

Przyznana kwota: 5 427 680 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2014-12-11

Czas trwania projektu: 60 miesięcy

Status projektu: Projekt w realizacji

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (19)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (2)
  1. Predicting the outcomes of organic reactions via machine learning: are current descriptors sufficient? IF: 4,847
    Autorzy:
    G. Skoraczyński, P. Dittwald, B. Miasojedow, S. Szymkuć, E. P. Gajewska, B. A. Grzybowski & A. Gambin
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 43839), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1038/s41598-017-02303-0 - link do publikacji
  2. Propagation of Oscillating Chemical Signals through Reaction Networks IF: 12,257
    Autorzy:
    Roszak R., Bajczyk M.D., Gajewska E.P., Hołyst R., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2019, tom: 58(14), strony: 4520-4545), Wydawca: Wiley Online Library
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/anie.201808821 - link do publikacji
  3. Selection of cost-effective yet chemically diverse pathways from the networks of computer-generated retrosynthetic plans IF: 9,556
    Autorzy:
    Badowski T., Molga K., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Chemical Science (rok: 2019, tom: 10, strony: 4640-4651), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1039/C8SC05611K - link do publikacji
  4. Conformational Space and Stability of ETD Charge Reduction Products of Ubiquitin IF: 3,031
    Autorzy:
    Frederik Lermyte, Mateusz Krzysztof Łącki, Dirk Valkenborg, Anna Gambin, Frank Sobott
    Czasopismo:
    J. Am. Soc. Mass Spectrom. (rok: 2017, tom: 28(1), strony: 1444-7), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
  5. Estimation of Rates of Reactions Triggered by Electron Transfer in Top-Down Mass Spectrometry IF: 1,032
    Autorzy:
    Ciach Michał Aleksander, Łącki Mateusz Krzysztof, Miasojedow Błażej, Lermyte Frederik, Valkenborg Dirk, Sobott Frank, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    Journal of Computational Biology (rok: 2017, tom: 24, strony: 43850), Wydawca: Mary Ann Liebert, Inc.
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1089/cmb.2017.0156 - link do publikacji
  6. IsoSpec: Hyperfast Fine Structure Calculator IF: 6,32
    Autorzy:
    Mateusz K. Łącki, Michał Startrek, Dirk Valkenborg, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    Analytical Chemistry (rok: 2017, tom: 89(6), strony: 3272-3277), Wydawca: ACS
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/acs.analchem.6b01459 - link do publikacji
  7. Linguistic measures of chemical diversity and the "keywords" of molecular collections IF: 4,122
    Autorzy:
    M. Woźniak, A. Wołos, U. Modrzyk, R. L. Górski, J. Winkowski, M. Bajczyk, S. Szymkuć, B. A. Grzybowski, M. Eder
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2018, tom: 8, strony: 7598), Wydawca: Nature
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1038/s41598-018-25440-6 - link do publikacji
  8. Automatic mapping of atoms across both simple and complex chemical reactions IF: 11,878
    Autorzy:
    Jaworski W., Szymkuć S., Mikulak-Klucznik B., Piecuch K., Klucznik T., Kaźmierowski M., Rydzewski J., Gambin A., Grzybowski B.A.
    Czasopismo:
    Nature communications (rok: 2019, tom: 10, strony: 1434), Wydawca: Nature Research
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1038/s41467-019-09440-2 - link do publikacji
  9. Computer-Assisted Synthetic Planning: The End of the Beginning IF: 11,709
    Autorzy:
    Sara Szymkuć, Ewa P. Gajewska, Tomasz Klucznik, Karol Molga, Dr. Piotr Dittwald, Dr. Michał Startek, Michał Bajczyk, Prof. Dr. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2016, tom: vol 55 Issue 20, strony: 5904–5937), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/anie.201506101 - link do publikacji
  10. Discovery and Enumeration of Organic‐Chemical and Biomimetic Reaction Cycles within the Network of Chemistry IF: 12,102
    Autorzy:
    M. D. Bajczyk, Dr P. Dittwald, A. Wołos, S. Szymkuć, Prof. B. A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie - Internatonal Edition (rok: 2018, tom: 57, strony: 2367-2371), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/anie.201712052 - link do publikacji
  11. Efficient syntheses of diverse, medicinally relevant targets planned by computer and executed in the laboratory. IF: 14,104
    Autorzy:
    Klucznik T., Mikulak-Klucznik B., McCormack M. P. , Lima H., Szymkuć S., Bhowmick M., Molga K., Zhou Y., Rickershauser L., Gajewska E. P., Toutchkine A., Dittwald P., Startek M. P., Kirkovits G. J., Roszak R., Adamski A., Sieredzińska B., Mrksich M., Trice S. L. J., Grzybowski B. A.
    Czasopismo:
    Chem (rok: 2018, tom: 4, strony: 522-532), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1016/j.chempr.2018.02.002 - link do publikacji
  12. Inferring Molecular Processes Heterogeneity from Transcriptional Data IF: 2,476
    Autorzy:
    Krzysztof Gogolewski, Weronika Wronowska, Agnieszka Lech, Bogdan Lesyng, and Anna Gambin
    Czasopismo:
    BioMed Research International (rok: 2017, tom: 2017, strony: 43844), Wydawca: Hindawi Publishing Corporation
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1155/2017/6961786 - link do publikacji
  13. Stylometry with R: a package for computational text analysis. IF: 1,038
    Autorzy:
    Eder, M., Kestemont, M. and Rybicki, J.
    Czasopismo:
    R Journal (rok: 2015, tom: 8(1), strony: 43845), Wydawca: R project
    Status:
    Opublikowane
  14. masstodon: A Tool for Assigning Peaks and Modeling Electron Transfer Reactions in Top-Down Mass Spectrometry IF: 6,35
    Autorzy:
    Łącki MK, Lermyte F, Miasojedow B, Startek MP, Sobott F, Valkenborg D, Gambin A.
    Czasopismo:
    Analytical chemistry (rok: 2019, tom: 91(3), strony: 1801-1807), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1021/acs.analchem.8b01479 - link do publikacji
  15. Improvement of the k-NN Entropy Estimator with Applications in Systems Biology IF: 1,579
    Autorzy:
    Agata Charzyńska, Anna Gambin
    Czasopismo:
    Entropy (rok: 2015, tom: 18 (13), strony: 43849), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.3390/e18010013 - link do publikacji
  16. A Priori Estimation of Organic Reaction Yields IF: 11,261
    Autorzy:
    Dr. Fateme S. Emami, Dr. Amir Vahid, Elizabeth K. Wylie, Sara Szymkuć, Dr. Piotr Dittwald, Karol Molga and Prof. Bartosz A. Grzybowski
    Czasopismo:
    Angewandte Chemie International Edition (rok: 2015, tom: vol 54 Issue 37, strony: 10797–10801), Wydawca: Wiley
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1002/anie.201503890 - link do publikacji
  17. Conformational Space and Stability of ETD Charge Reduction Products of Ubiquitin IF: 2,786
    Autorzy:
    Fredtik Lermyte, Mateusz Krzysztof Łącki, Dirk Valkenborg, Anna Gambin, Frank Sobott
    Czasopismo:
    Journal of The American Society for Mass Spectrometry (rok: 2017, tom: 28, strony: 69-76), Wydawca: Springer
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1007/s13361-016-1444-7 - link do publikacji
  18. Jaccard/Tanimoto similarity test and estimation methods for biological presence-absence data IF: 2,511
    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Michał Startek, Anna Gambin
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2019, tom: 20, strony: 644), Wydawca: Springer Nature
    Status:
    Opublikowane
    Doi:
    10.1186/s12859-019-3118-5 - link do publikacji
  19. IsoSpec - the ultimate isotopic mass calculator
    Autorzy:
    Mateusz Łącki Michał Startek, Anna Gambin
    Status:
    Złożone
  1. Pattern Recognition of Chemical Fingerprints from Large-Scale Databases of Molecules and Reactions
    Autorzy:
    Neo Christopher Chung, Błażej Miasojedow, Anna Gambin
    Konferencja:
    12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA) (rok: 2016, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja June 5-8
    Status:
    Opublikowane
  2. The Wasserstein Distance as a Dissimilarity Measure for Mass Spectra with Application to Spectral Deconvolution
    Autorzy:
    Szymon Majewski, Michał Ciach, Michał Startek, Wanda Niemyska, Błażej Miasojedow i Anna Gambin
    Konferencja:
    18th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2018) (rok: 2018, ), Wydawca: Saarbrücken/Wadern Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing August, 2018
    Data:
    konferencja Sierpień 20–22, 2018
    Status:
    Opublikowane