Projekty finansowane przez NCN
Opracowanie metody do przewidywania struktury przestrzennej kompleksów receptorów GPCR z agonistami i antagonistami z uwzględnieniem wpływu liganda na strukturę receptora.
2011/01/D/NZ2/05314
Słowa kluczowe:
GPCR ruchome dokowanie przewidywanie struktury wiązanie ligandów modleowanie pętli projektowanie leków
Deskryptory:
- NZ2_10: Modelowanie i symulacje biologiczne
- NZ2_7: Bioinformatyka
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
Panel:
NZ2 - Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca:
Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego PAN
woj. mazowieckie
Konkurs: SONATA 1 - ogłoszony 2011-03-15
Przyznana kwota: 336 900 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2011-12-07
Zakończenie projektu: 2015-12-06
Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Serwer PowerEdge R620. Za kwotę 60 000 PLN
- Latitude E6430 Standart Base.
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (3)
- Publikacje książkowe (2)
- Structure prediction of the second extracellular loop in G-protein-coupled receptorsAutorzy:Sebastian Kmiecik , Michal Jamroz, Michal KolinskiCzasopismo:Biophysical Journal (rok: 2014, tom: 106(11), strony: 2408-2416), Wydawca: Cell Press, www.cell.comStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.bpj.2014.04.022. - link do publikacji
- A CABS coarse-grained model for de novo simulations of helical membrane proteinsAutorzy:Wojciech Pulawski, Michal Jamroz, Michal Kolinski, Andrzej Kolinski, Sebastian KmiecikCzasopismo:Journal of Chemical Theory and Computation (rok: 2016, ), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:ZłożonaDoi:brak - link do publikacji
- Recent progress in understanding of structure, ligand interactions and the mechanism of activation of the β₂-adrenergic receptor.Autorzy:Kolinski M, Plazinska A, Jozwiak K.Czasopismo:Curr Med Chem. (rok: 2012, tom: 8, strony: 1155-1163 (9)), Wydawca: Bentham Science PublishersStatus:OpublikowanaDoi:10.2174/092986712799320547 - link do publikacji
- Coarse-grained modeling of protein dynamicsAutorzy:Kmiecik S, Wabik J, Kolinski M, Kouza M and Kolinski A.Książka:Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (rok: 2014, tom: 1, strony: 55-79), Wydawca: Springer Berlin HeidelbergStatus:Opublikowana
- Modelowanie molekularne białek błonowychAutorzy:Aleksandra ED, Koliński M, Koliński A, Kmiecik S.Książka:Na pograniczu chemii i biologii (rok: 2012, tom: XXVIII, strony: 223-237), Wydawca: Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu im. Adama MickiewiczaStatus:Opublikowana