Projects funded by the NCN

Information on the principal investigator and host institution

Information of the project and the call

Keywords

Equipment

Delete all

Compression and data mining algorithms for genomic data and their implications for comparative genomics

2011/01/B/ST6/06868

Keywords:

compression searching through genomic data compartive genomics retrogenes miRNA

Descriptors:

  • ST6_9: Human computer interaction, speech recognition and synthesis, natural language processing

Panel:

ST6 - Computer science and informatics: informatics and information systems, computer science, scientific computing, intelligent systems

Host institution :

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki

woj. śląskie

Other projects carried out by the institution 

Principal investigator (from the host institution):

prof. Andrzej Polański 

Number of co-investigators in the project: 10

Call: OPUS 1 - announced on 2011-03-15

Amount awarded: 750 000 PLN

Project start date (Y-m-d): 2011-12-27

Project end date (Y-m-d): 2015-06-26

Project duration:: 42 months (the same as in the proposal)

Project status: Project settled

Equipment purchased [PL]

  1. Macierz dyskowa (20 000 PLN)
  2. Stacje robocze o raz komputery przenośne (3 szt.) (30 000 PLN)
  3. Wysokowydajne karty graficzne (2 szt.) (10 000 PLN)

Information in the final report

  • Publication in academic press/journals (7)
  • Articles in post-conference publications (7)
  • Book publications / chapters in book publications (5)
  1. Modeling of Imaging Mass Spectrometry Data and Testing by Permutation for Biomarkers Discovery in Tissues
    Authors:
    Michal Marczyk, Grzegorz Drazek, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska, Andrzej Polanski
    Academic press:
    Procedia Computer Science (rok: 2015, tom: 51, strony: 693-702), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1016/j.procs.2015.05.186 - link to the publication
  2. Disk-based k-mer counting on a PC
    Authors:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Debudaj-Grabysz, Szymon Grabowski
    Academic press:
    BMC Bioinformatics (rok: 2013, tom: 14, strony: 160), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/1471-2105-14-160 - link to the publication
  3. Genome compression: a novel approach for large collections
    Authors:
    Sebastian Deorowicz, Agnieszka Danek, Szymon Grabowski
    Academic press:
    Bioinformatics (rok: 2013, tom: 29, strony: 2572-2578), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1093/bioinformatics/btt460 - link to the publication
  4. HuntMi: an efficient and taxon-specific approach in pre-miRNA identification
    Authors:
    Adam Gudyś, Michał Wojciech Szcześniak, Marek Sikora, Izabela Makałowska
    Academic press:
    BMC Bioinformatics (rok: 2013, tom: 14, strony: 83), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/1471-2105-14-83 - link to the publication
  5. Signal Partitioning Algorithm for Highly Efficient Gaussian Mixture Modeling in Mass Spectrometry
    Authors:
    Andrzej Polanski, Michal Marczyk, Monika Pietrowska, Piotr Widlak, Joanna Polanska
    Academic press:
    PLOS ONE (rok: 2015, tom: 10, strony: e0134256), Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1371/journal.pone.0134256 - link to the publication
  6. Adaptive filtering of microarray gene expression data based on Gaussian mixture decomposition
    Authors:
    Michal Marczyk, Roman Jaksik, Andrzej Polański, Joanna Polańska
    Academic press:
    BMC Bioinformatics (rok: 2013, tom: 14, strony: 101), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Published
    DOI:
    10.1186/1471-2105-14-101 - link to the publication
  7. Inter-population differences in retrogenes loss and expression in human
    Authors:
    Michał Kabza, Magdalena Regina Kubiak, Agnieszka Danek, Wojciech Rosikiewicz, Sebastian Deorowicz, Andrzej Polański, Izabela Makalowska
    Academic press:
    PLOS Genetics , Wydawca: Public Library of Science
    Status:
    Submitted
    DOI:
    brak - link to the publication
  1. A study of decorrelation methods for GO annotations of gene sets
    Authors:
    Wojciech Łabaj, Andrzej Polański
    Conference:
    6th Symposium of the Polish Bioinformatics Society (rok: 2013, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września 2013
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  2. Comparison of methods for parameters estimation in system biology models
    Authors:
    Michał Capiński
    Conference:
    6th Symposium of the Polish Bioinformatics Society (rok: 2013, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września 2013
    Status:
    Published
    DOI:
    link to the publication
  3. Genomic data compression
    Authors:
    Sebastian Deorowicz
    Conference:
    Bioinformatics in Torun (rok: 2012, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września 2012
    Status:
    Published
  4. Population specific retrogenes in the human genome
    Authors:
    Michał Kabza, Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak, Wojciech Rosikiewicz, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Conference:
    Bioinformatics in Torun (rok: 2012, ), Wydawca: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne
    Data:
    konferencja 27-29 września
    Status:
    Published
  5. Recycling of unmapped reads to improve knowledge about the human genome
    Authors:
    Agnieszka Danek, Michał Kabza, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak, Wojciech Rosikiewicz, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Conference:
    16th Gliwice Scientific Meetings (rok: 2012, ), Wydawca: Politechnika Śląska; Centrum Onkologii - Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie Oddział w Gliwicach; Stowarzyszenie na rzecz Wspierania Badań nad Rakiem z siedzibą w Gliwicach
    Data:
    konferencja 16-17 listopada
    Status:
    Published
  6. Population specific retrogenes in the human genome
    Authors:
    Michał Kabza, Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak, Wojciech Rosikiewicz, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Conference:
    Genome Informatics 2012 (rok: 2012, ), Wydawca: Wellcome Trust Scientific Conferences/Cold Spring Harbor Laboratory
    Data:
    konferencja 6-9 września
    Status:
    Published
  7. Retrogenes – trash or treasure
    Authors:
    Izabela Makałowska, Michał Kabza, Joanna Ciomborowska, Agnieszka Danek, Sebastian Deorowicz, Michał Szcześniak,Wojciech Rosikiewicz, Elżbieta Kaja, Andrzej Polański
    Conference:
    16th Gliwice Scientific Meetings (rok: 2012, ), Wydawca: Politechnika Śląska; Centrum Onkologii - Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie Oddział w Gliwicach; Stowarzyszenie na rzecz Wspierania Badań nad Rakiem z siedzibą w Gliwicach
    Data:
    konferencja 16-17 listopada
    Status:
    Published
  1. An Automated Approach of Designing Multiplex PCR Primers for the Amplification of Exons
    Authors:
    Adam Skowron, Rafał Pokrzywa
    Book:
    Advances in Databases and Information Systems (rok: 2013, tom: 186, strony: 241-252), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Published
  2. Application of the Burrows-Wheeler Transform for Searching for Approximate Tandem Repeats
    Authors:
    Agnieszka Danek, Rafał Pokrzywa, Izabela Makałowska, Andrzej Polański
    Book:
    Pattern Recognition in Bioinformatics (rok: 2012, tom: 7632, strony: 255-266), Wydawca: Springer Berlin Heidelberg
    Status:
    Published
  3. Algorytmy kompresji danych bioinformatycznych
    Authors:
    Sebastian Deorowicz, Szymon Grabowski
    Book:
    Inżynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania. Bioinformatyka. (rok: 2014, tom: 10, strony: 15-40), Wydawca: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Published
  4. Aspect Analyzer - Distributed System for Bi-clustering Analysis
    Authors:
    Pawel Foszner and Andrzej Polanski
    Book:
    Man-Machine Interactions 4; Advances in Intelligent Systems and Computing (rok: 2016, tom: 391, strony: ), Wydawca: Springer International Publishing
    Status:
    Accepted for publication
  5. Wybrane algorytmy przeszukiwania sekwencji genomowych
    Authors:
    Rafał Pokrzywa, Marek Kimmel, Andrzej Polański
    Book:
    Inżynieria biomedyczna. Podstawy i zastosowania. Bioinformatyka. (rok: 2014, tom: 10, strony: 41-63), Wydawca: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT
    Status:
    Published

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy