Nowa metodologia dla lepszego zrozumienia oddziaływań ligandów z RNA.
2020/39/B/NZ2/03127
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ2_007: Bioinformatyka
- ST6_012: Obliczenia naukowe, narzędzia modelowania i symulacji
- ST6_013: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne
Panel
NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 2
Konkurs
OPUS 20 – ogłoszony 2020-09-15
- Przyznana kwota
- 671 000 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2021-11-02
- Zakończenie projektu
- 2026-11-01
- Planowany czas trwania projektu
- 60 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt w realizacji
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (7)
-
RNA tertiary structure prediction in CASP15 by the GeneSilico group: Folding simulations based on statistical potentials and spatial restraints
- Autorzy:
- Eugene F. Baulin; Sunandan Mukherjee; S. Naeim Moafinejad; Tomasz K. Wirecki; Nagendar Goud Badepally; Farhang Jaryani; Filip Stefaniak; Masoud Amiri Farsani; Angana Ray; Tales Rocha de Moura; Janusz M. Bujnicki
- Czasopismo:
- Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (rok: 2023, tom: 91, strony: 1800-1810), Wydawca: John Wiley & Sons, Inc
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/prot.26575 – link do publikacji
-
DEGRONOPEDIA: a web server for proteome-wide inspection of degrons
- Autorzy:
- Natalia A Szulc, Filip Stefaniak, Małgorzata Piechota, Anna Soszyńska, Gabriela Piórkowska, Andrea Cappannini, Janusz M Bujnicki, Chiara Maniaci, Wojciech Pokrzywa
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2024, tom: 52, strony: W221–W232), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkae238 – link do publikacji
-
Structural interaction fingerprints and machine learning for predicting and explaining binding of small molecule ligands to RNA
- Autorzy:
- Natalia A Szulc, Zuzanna Mackiewicz, Janusz M Bujnicki, Filip Stefaniak
- Czasopismo:
- Briefings in Bioinformatics (rok: 2023, tom: 24, strony: 46046), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bib/bbad187 – link do publikacji
-
fingeRNAt—A novel tool for high-throughput analysis of nucleic acid-ligand interactions
- Autorzy:
- Natalia A. Szulc , Zuzanna Mackiewicz, Janusz M. Bujnicki , Filip Stefaniak
- Czasopismo:
- PLoS Computational Biology (rok: 2022, tom: 18(6), strony: 12785), Wydawca: Public Library of Science
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1371/journal.pcbi.1009783 – link do publikacji
-
MODOMICS: a database of RNA modifications and related information. 2023 update
- Autorzy:
- Andrea Cappannini, Angana Ray, Elżbieta Purta, Sunandan Mukherjee, Pietro Boccaletto, S. Naeim Moafinejad, Antony Lechner, Charles Barchet, Bruno Klaholz, Filip Stefaniak, Janusz M. Bujnicki
- Czasopismo:
- Nucleic Acids Research (rok: 2023, tom: 52, strony: D239–D244), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/nar/gkad1083 – link do publikacji
-
Evaluation of single-template ligand-based methods for the discovery of small-molecule nucleic acid binders
- Autorzy:
- Bajusz D., Rácz A., Bujnicki JM., and Stefaniak F.
- Czasopismo:
- Briefings in Bioinformatics (rok: 2025, tom: 26, strony: 46035), Wydawca: Oxford University Press
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1093/bib/bbaf620 – link do publikacji
-
RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures
- Autorzy:
- Bu, F., Adam, Y., Adamiak, R.W. et al.
- Czasopismo:
- Nature Methods (rok: 2025, tom: 22, strony: 399–411), Wydawca: Springer Nature Limited
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41592-024-02543-9 – link do publikacji