Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Parametry termodynamiczne i reguły fałdowania się RNA w warunkach komórkowych (in vivo-like). Przewidywanie fałdowania się RNA dla lepszego poznania ich struktury i funkcji w komórkach ssaczych.

2019/33/B/ST4/01422

Słowa kluczowe:

RNA termodynamika RNA struktura natywnych RNA fałdowanie się RNA w warunkach komórkowych dupleksy i motywy strukturalne RNA.

Deskryptory:

  • ST4_1: Chemia fizyczna, fizyka chemiczna
  • ST4_9: Chemia biologiczna
  • ST4_3: Struktura i architektura molekularna

Panel:

ST4 - Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna

Jednostka realizująca:

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk

woj.

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Ryszard Kierzek 

Liczba wykonawców projektu: 4

Konkurs: OPUS 17 - ogłoszony 2019-03-15

Przyznana kwota: 1 812 200 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2020-02-01

Zakończenie projektu: 2025-02-24

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt zakończony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (32)
  1. Universal and strain specific structure features of segment 8 genomic RNA of influenza A virus - application of 4-thiouridine photocrosslinking
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, M. Pszczola, J. Piasecka, J.M. Peterson, W.N. Moss, K. Taras-Goslinska, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Journal of Biological Chemistry (rok: 2021, tom: 297, strony: 101245), Wydawca: ASBMB
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jbc.2021.101245 - link do publikacji
  2. RNA Secondary Structure as a First Step for Rational Design of the Oligonucleotides towards Inhibition of Influenza A Virus Replication
    Autorzy:
    M. Szabat, D. Lorent, T. Czapik, M. Tomaszewska, E. Kierzek, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Pathohens (rok: 2020, tom: 9, strony: 925), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/pathogens9110925 - link do publikacji
  3. A Test and Refinement of Folding Free Energy Nearest Neighbor Parameters for RNA Including N6-Methyladenosine.
    Autorzy:
    M. Szabat, M. Prochota, R. Kierzek, E. Kierzek, D. H. Mathews
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Biology (rok: 2022, tom: 434, strony: 167632), Wydawca: CADEMIC PRESS LTD- ELSEVIER SCIENCE LTD
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmb.2022.167632 - link do publikacji
  4. Secondary Structure Prediction for RNA Sequences Including N6-methyladenosine
    Autorzy:
    E. Kierzek, X. Zhang, R. Watson, S. Kennedy, M. Szabat, R. Kierzek, and D. Mathews
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 13, strony: 1271), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1038/s41467-022-28817-4 - link do publikacji
  5. A Structural Potential of Rare Trinucleotide Repeat Tracts in RNA
    Autorzy:
    D. Magner, R. Nowak, E. Lenartowicz Onyekaa, A. Pasternak, R. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 5850), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23105850 - link do publikacji
  6. Structural variants and modifications of hammerhead ribozymes targeting influenza A virus conserved structural motifs.
    Autorzy:
    T. Czapik, J. Piasecka, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Molecular Therapy – Nucleic Acids (rok: 2022, tom: 29, strony: 64-74), Wydawca: CELL PRESS 50 HAMPSHIRE ST, FLOOR 5, CAMBRIDGE, MA 02139
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.omtn.2022.05.035 - link do publikacji
  7. Secondary Structure of Subgenomic RNA M of SARS-CoV-2
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, A. Ruszkowska, R. Kierzek, C.A. O'Leary, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    VIRUSES-BASEL (rok: 2022, tom: 14, strony: 322), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v14020322 - link do publikacji
  8. Conserved Structural Motifs of Two Distant IAV Subtypes in Genomic Segment 5 RNA
    Autorzy:
    P. Michalak, J. Piasecka, B. Szutkowska, R. Kierzek, E. Biala, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    VIRUSES-BASEL (rok: 2021, tom: 13, strony: 525), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v13030525 - link do publikacji
  9. Secondary Structure of Influenza A Virus Genomic Segment 8 RNA Folded in A Cellular Environment.
    Autorzy:
    B. Szutkowska, K. Wieczorek, R. Kierzek, P. Zmora, J.M. Peterson, W.N. Moss, D.H. Mathews and E. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 2452), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23052452 - link do publikacji
  10. A Structural Potential of Rare Trinucleotide Repeat Tracts in RNA
    Autorzy:
    D. Magner, R. Nowak, E. Lenartowicz Onyekaa, A. Pasternak, R. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 5850), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23105850 - link do publikacji
  11. Secondary Structure of Subgenomic RNA M of SARS-CoV-2
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, A. Ruszkowska, R. Kierzek, C.A. O'Leary, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    VIRUSES-BASEL (rok: 2022, tom: 14, strony: 322), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v14020322 - link do publikacji
  12. Secondary Structure of Influenza A Virus Genomic Segment 8 RNA Folded in A Cellular Environment.
    Autorzy:
    B. Szutkowska, K. Wieczorek, R. Kierzek, P. Zmora, J.M. Peterson, W.N. Moss, D.H. Mathews and E. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 2452), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23052452 - link do publikacji
  13. Secondary Structure of Subgenomic RNA M of SARS-CoV-2
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, A. Ruszkowska, R. Kierzek, C.A. O'Leary, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    Viruses-Basel (rok: 2022, tom: 14, strony: 322), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v14020322 - link do publikacji
  14. RNA Secondary Structure as a First Step for Rational Design of the Oligonucleotides towards Inhibition of Influenza A Virus Replication
    Autorzy:
    M. Szabat, D. Lorent, T. Czapik, M. Tomaszewska, E. Kierzek, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Pathohens (rok: 2020, tom: 9, strony: 925), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/pathogens9110925 - link do publikacji
  15. Secondary Structure of Subgenomic RNA M of SARS-CoV-2
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, A. Ruszkowska, R. Kierzek, C.A. O'Leary, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    Viruses-Basel (rok: 2022, tom: 14, strony: 322), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v14020322 - link do publikacji
  16. Universal and strain specific structure features of segment 8 genomic RNA of influenza A virus - application of 4-thiouridine photocrosslinking
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, M. Pszczola, J. Piasecka, J.M. Peterson, W.N. Moss, K. Taras-Goslinska, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Journal of Biological Chemistry (rok: 2021, tom: 297, strony: 101245), Wydawca: ASBMB
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jbc.2021.101245 - link do publikacji
  17. RNA Secondary Structure as a First Step for Rational Design of the Oligonucleotides towards Inhibition of Influenza A Virus Replication
    Autorzy:
    M. Szabat, D. Lorent, T. Czapik, M. Tomaszewska, E. Kierzek, R. Kierzek
    Czasopismo:
    Pathohens (rok: 2020, tom: 9, strony: 925), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/pathogens9110925 - link do publikacji
  18. Secondary Structure of Influenza A Virus Genomic Segment 8 RNA Folded in A Cellular Environment
    Autorzy:
    B. Szutkowska, K. Wieczorek, R. Kierzek, P. Zmora, J.M. Peterson, W.N. Moss, D.H. Mathews and E. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 2452), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23052452 - link do publikacji
  19. Structural variants and modifications of hammerhead ribozymes targeting influenza A virus conserved structural motifs.
    Autorzy:
    T. Czapik, J. Piasecka, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Molecular Therapy – Nucleic Acids (rok: 2022, tom: 29, strony: 64-74), Wydawca: CELL PRESS 50 HAMPSHIRE ST, FLOOR 5, CAMBRIDGE, MA 02139
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.omtn.2022.05.035 - link do publikacji
  20. METTL16, Methyltransferase-like Protein 16: Current Insights into Structure and Function
    Autorzy:
    Ruszkowska A.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 2176), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22042176 - link do publikacji
  21. Secondary Structure Prediction for RNA Sequences Including N6-methyladenosine
    Autorzy:
    E. Kierzek, X. Zhang, R. Watson, S. Kennedy, M. Szabat, R. Kierzek, and D. Mathews
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 13, strony: 1271), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1038/s41467-022-28817-4 - link do publikacji
  22. Conserved Structural Motifs of Two Distant IAV Subtypes in Genomic Segment 5 RNA
    Autorzy:
    P. Michalak, J. Piasecka, B. Szutkowska, R. Kierzek, E. Biala, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    VIRUSES-BASEL (rok: 2021, tom: 13, strony: 525), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v13030525 - link do publikacji
  23. Secondary Structure of Influenza A Virus Genomic Segment 8 RNA Folded in A Cellular Environment
    Autorzy:
    B. Szutkowska, K. Wieczorek, R. Kierzek, P. Zmora, J.M. Peterson, W.N. Moss, D.H. Mathews and E. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 2452), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23052452 - link do publikacji
  24. Secondary Structure Prediction for RNA Sequences Including N6-methyladenosine.
    Autorzy:
    E. Kierzek, X. Zhang, R. Watson, S. Kennedy, M. Szabat, R. Kierzek, and D. Mathews
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 13, strony: 1271), Wydawca: NATURE PORTFOLIOHEIDELBERGER PLATZ 3, BERLIN 14197, GERMANY
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-022-28817-4 - link do publikacji
  25. METTL16, Methyltransferase-like Protein 16: Current Insights into Structure and Function
    Autorzy:
    Ruszkowska A.
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 2176), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms22042176 - link do publikacji
  26. Secondary Structure Prediction for RNA Sequences Including N6-methyladenosine
    Autorzy:
    E. Kierzek, X. Zhang, R. Watson, S. Kennedy, M. Szabat, R. Kierzek, and D. Mathews
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 13, strony: 1271), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1038/s41467-022-28817-4 - link do publikacji
  27. Conserved Structural Motifs of Two Distant IAV Subtypes in Genomic Segment 5 RNA
    Autorzy:
    P. Michalak, J. Piasecka, B. Szutkowska, R. Kierzek, E. Biala, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    VIRUSES-BASEL (rok: 2021, tom: 13, strony: 525), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v13030525 - link do publikacji
  28. Secondary Structure of Subgenomic RNA M of SARS-CoV-2
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, A. Ruszkowska, R. Kierzek, C.A. O'Leary, W.N. Moss and E. Kierzek
    Czasopismo:
    VIRUSES-BASEL (rok: 2022, tom: 14, strony: 322), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/v14020322 - link do publikacji
  29. Secondary Structure Prediction for RNA Sequences Including N6-methyladenosine.
    Autorzy:
    E. Kierzek, X. Zhang, R. Watson, S. Kennedy, M. Szabat, R. Kierzek, and D. Mathews
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2022, tom: 13, strony: 1271), Wydawca: NATURE PORTFOLIOHEIDELBERGER PLATZ 3, BERLIN 14197, GERMANY
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41467-022-28817-4 - link do publikacji
  30. A Test and Refinement of Folding Free Energy Nearest Neighbor Parameters for RNA Including N6-Methyladenosine.
    Autorzy:
    M. Szabat, M. Prochota, R. Kierzek, E. Kierzek, D. H. Mathews
    Czasopismo:
    Journal of Molecular Biology (rok: 2022, tom: 434, strony: 167632), Wydawca: CADEMIC PRESS LTD- ELSEVIER SCIENCE LTD
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jmb.2022.167632 - link do publikacji
  31. Universal and strain specific structure features of segment 8 genomic RNA of influenza A virus - application of 4-thiouridine photocrosslinking
    Autorzy:
    M. Soszynska-Jozwiak, M. Pszczola, J. Piasecka, J.M. Peterson, W.N. Moss, K. Taras-Goslinska, R. Kierzek, E. Kierzek
    Czasopismo:
    Journal of Biological Chemistry (rok: 2021, tom: 297, strony: 101245), Wydawca: ASBMB
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jbc.2021.101245 - link do publikacji
  32. Secondary Structure of Influenza A Virus Genomic Segment 8 RNA Folded in A Cellular Environment
    Autorzy:
    B. Szutkowska, K. Wieczorek, R. Kierzek, P. Zmora, J.M. Peterson, W.N. Moss, D.H. Mathews and E. Kierzek
    Czasopismo:
    International Journal of Molecular Sciences (rok: 2022, tom: 23, strony: 2452), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.3390/ijms23052452 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy