Conformational biases of alpha-synuclein and formation of transient knots
Autorzy:
M. Chwastyk, M. Cieplak
Czasopismo:
J. Phys. Chem. B (rok: 2020, tom: 124, strony: 45615), Wydawca: ACS Publications
Contact-based molecular dynamics of structured and disordered proteins in a coarse-grained model: Fixed contacts, switchable contacts and those described by pseudo-improper-dihedral angles
Autorzy:
Ł. Mioduszewski, J. Bednarz, M. Chwastyk, M. Cieplak
Czasopismo:
Computer Physics Communications (rok: 2023, tom: 284, strony: 108611), Wydawca: ELSEVIER
Mechanical unfolding of proteins - A comparative nonequilibrium molecular dynamics study
Autorzy:
V. V. Mykuliak, M. Sikora, J. J. Booth, M. Cieplak, D. V. Shalashilin, V. P. Hytonen
Czasopismo:
Biophys. J. (rok: 2020, tom: 119, strony: 939-949), Wydawca: Biophysical Society
Network of inter-basin traffic in intrinsically disordered PUMA protei
Autorzy:
B. R. H. de Aquino, M. Cieplak
Czasopismo:
EPL (rok: 2020, tom: 132, strony: 28002), Wydawca: European Physical Society
Cohesin-dockerin code in cellulosomal binding modes and its allosteric regulation by proline isomerization
Autorzy:
A. M. Vera, A. Galera-Prat, M. Wojciechowski,B. Różycki, D. V. Laurents, M. Carrion-Vazquez, M. Cieplak, P. Tinnefeld
Czasopismo:
Structure (rok: 2021, tom: 29, strony: 45302), Wydawca: Cell Press
The coexistence region in the Van der Waals fluid and the liquid-liquid phase transitions
Autorzy:
Dinh Quoc Huy Pham, Mateusz Chwastyk, Marek Cieplak
Czasopismo:
Frontiers in Chemistry (rok: 2023, tom: 10, strony: 1106599), Wydawca: Frontiers Media S.A.
The networks of the inter-basin traffic in intrinsically disordered proteins
Autorzy:
B. R. H. de Aquino, M. Chwastyk, Ł. Mioduszewski, M. Cieplak
Czasopismo:
Phys. Rev. Res. (rok: 2020, tom: 2, strony: 13242), Wydawca: American Physical Society
Transient knots in intrinsically disordered proteins and neurodegeneration
Autorzy:
M. Cieplak, M. Chwastyk, Ł. Mioduszewski, B. R. H. de Aquino
Czasopismo:
Progress in Mol. Biol. and Translational Sci. (rok: 2020, tom: 174, strony: 79-103), Wydawca: Elsevier
Viscoelastic properties of wheat gluten in a molecular dynamics study
Autorzy:
Łukasz Mioduszewski, Marek Cieplak
Czasopismo:
PLOS Computational Biology (rok: 2021, tom: 17, strony: e1008840), Wydawca: PLOS
Properties of cavities in biological structures - a survey of the Protein Data Bank
Autorzy:
M. Chwastyk, E. Panek, J. Malinowski, M. Jaskólski, M. Cieplak
Czasopismo:
Front. Mol. Biosci. (rok: 2020, tom: 7, strony: 591381), Wydawca: Frontiers
The role of cavities in biological structures
Autorzy:
Ł. Mioduszewski, Karol Wołek, and Mateusz Chwastyk
Czasopismo:
Acta Physica Polonica A (rok: 2024, ), Wydawca: POLISH ACAD SCIENCES INST PHYSICSAL LOTNIKOW 32-46, PL-02-668 WARSAW, POLAND
Status:
Przyjęta do publikacji
Protein dynamics in tight tunnels
Autorzy:
M. Wojciechowski, M. Chwastyk
Czasopismo:
Acta Physica Polonica A (rok: 2024, ), Wydawca: POLISH ACAD SCIENCES INST PHYSICSAL LOTNIKOW 32-46, PL-02-668 WARSAW, POLAND
Nascent Folding of Proteins Across the Three Domains of Life
Autorzy:
Mateusz Chwastyk, Marek Cieplak
Czasopismo:
Frontiers in Molecular Biosciences (rok: 2021, tom: 8, strony: 692230), Wydawca: Frontiers
Preface to the JPCM special issue on droplets and vesicles
Autorzy:
Marek Cieplak,Rui D M Travasso
Czasopismo:
Journal of Physics: Condensed Matter (rok: 2022, tom: 34, strony: 30401), Wydawca: IOP Publishing
Proteins at curved fluid-fluid interfaces in a coarse-grained model
Autorzy:
Y. Zhao, M. Cieplak
Czasopismo:
J. Phys. Condens. Matter (rok: 2020, tom: 32, strony: 404003), Wydawca: Institute of Physics
Pseudo-improper-dihedral model for intrinsically disordered proteins
Autorzy:
Ł. Mioduszewski, B. Różycki, M. Cieplak
Czasopismo:
J. Chem. Theor. Comput. (rok: 2020, tom: 16, strony: 4726-4733), Wydawca: ACS Publications
The GōMartini approach: Revisiting the concept of contact maps and the modelling of protein complexes
Autorzy:
L. F. Cofas-Vargas, R. A. Moreira, S. Poblete, M. Chwastyk, A. B. Poma
Czasopismo:
Acta Physica Polonica A (rok: 2024, ), Wydawca: POLISH ACAD SCIENCES INST PHYSICSAL LOTNIKOW 32-46, PL-02-668 WARSAW, POLAND
Status:
Przyjęta do publikacji
Protein droplets in systems of disordered homopeptides and the amyloid glass phase
Autorzy:
Ł. Mioduszewski, M. Cieplak
Czasopismo:
Phys. Chem. Chem. Phys. (rok: 2020, tom: 22, strony: 15592-15599), Wydawca: Royal Society of Chemistry
Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center
Autorzy:
J. I. Loch, P. Worsztynowicz, J. Sliwiak, M. Grzechowiak, B. Imiolczyk, K. Pokrywka, M. Chwastyk, M. Gilski, M. Jaskolski
Czasopismo:
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY (rok: 2023, tom: 79, strony: 775-791), Wydawca: INT UNION CRYSTALLOGRAPHY2 ABBEY SQ, CHESTER CH1 2HU, ENGLAND