Projekty finansowane przez NCN
Badanie własności dynamicznych i fizyko-chemicznych reduktazy pterydynowej 1 ludzkich pasożytow z rodziny świdrowców oraz jej oddziaływań z substratami i lekami z wykorzystaniem metod modelowania molekularnego.
2016/21/D/NZ1/02806
Słowa kluczowe:
reduktaza pterydynowa 1 dynamika molekularna specyficzność substratowa allosteria
Deskryptory:
- NZ1_4: Biologia strukturalna
- NZ1_1: Biologia molekularna
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
Panel:
NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki
woj. mazowieckie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej):
Liczba wykonawców projektu: 4
Konkurs: SONATA 11 - ogłoszony 2016-03-15
Przyznana kwota: 535 400 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2017-03-30
Zakończenie projektu: 2022-11-29
Planowany czas trwania projektu: 68 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- komputer stacjonarny. Za kwotę 10 000 PLN
- 5 dysków wewnętrznych każdy po 10TB.
- dyski twarde wewnętrzne do archiwizacji danych. Za kwotę 39 017 PLN
- tablet iPad Pro 12.9".
- komputer przenośny. Za kwotę 6 000 PLN
- licencja na oprogramowanie do modelowania biomolekularnego. Za kwotę 18 783 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (7)
- Publikacje książkowe (1)
- An engineered variant of MECR reductase reveals indispensability of long-chain acyl-ACPs for mitochondrial respirationAutorzy:M. Tanvir Rahman, M. Kristian Koski, Joanna Panecka-Hofman, Werner Schmitz, Alexander J. Kastaniotis, Rebecca C. Wade, Rikkert K. Wierenga, J. Kalervo Hiltunen, Kaija J. AutioCzasopismo:Nature Communications (rok: 2023, tom: 14, strony: 619), Wydawca: Springer NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41467-023-36358-7 - link do publikacji
- Application of a simple quantum chemical approach to ligand fragment scoring for Trypanosoma brucei pteridine reductase 1 inhibitionAutorzy:Wiktoria Jedwabny, Joanna Panecka-Hofman, Edyta Dyguda-Kazimierowicz, Rebecca C. Wade, W. Andrzej SokalskiCzasopismo:Journal of Computer-Aided Molecular Design (rok: 2017, tom: 31, strony: 715-728), Wydawca: Springer International PublishingStatus:OpublikowanaDoi:10.1007/s10822-017-0035-4 - link do publikacji
- Comparative mapping of on-targets and off-targets for the discovery of anti-trypanosomatid folate pathway inhibitorsAutorzy:Joanna Panecka-Hofman, Ina Pöhner, Francesca Spyrakis, Talia Zeppelin, Flavio Di Pisa, Lucia Dello Iacono, Alessio Bonucci, Antonio Quotadamo, Alberto Venturelli, Stefano Mangani, Maria Paola Costi, Rebecca C WadeCzasopismo:Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-General Subjects (rok: 2017, tom: 1861, strony: 3215-3230), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.bbagen.2017.09.012 - link do publikacji
- Anti-trypanosomatid structure-based drug design–lessons learned from targeting the folate pathwayAutorzy:Joanna Panecka-Hofman, Ina Poehner, Rebecca C. WadeCzasopismo:Expert Opinion on Drug Discovery (rok: 2022, tom: 17(9), strony: 1029-1045), Wydawca: Taylor and Francis GroupStatus:OpublikowanaDoi:10.1080/17460441.2022.2113776 - link do publikacji
- Substrate-Based Design of Cytosolic Nucleotidase IIIB Inhibitors and Structural Insights into Inhibition MechanismAutorzy:Dorota Kubacka, Mateusz Kozarski, Marek R Baranowski, Radoslaw Wojcik, Joanna Panecka-Hofman, Dominika Strzelecka, Jerome Basquin, Jacek Jemielity, Joanna KowalskaCzasopismo:Pharmaceuticals (rok: 2022, tom: 15(5), strony: 554), Wydawca: MDPIStatus:OpublikowanaDoi:10.3390/ph15050554 - link do publikacji
- Allostery in Its Many Disguises: From Theory to ApplicationsAutorzy:Shoshana J Wodak, Emanuele Paci, Nikolay V Dokholyan, Igor N Berezovsky, Amnon Horovitz, Jing Li, Vincent J Hilser, Ivet Bahar, John Karanicolas, Gerhard Stock, Peter Hamm, Roland H Stote, Jerome Eberhardt, Yassmine Chebaro, Annick Dejaegere, Marco Cecchini, Jean-Pierre Changeux, Peter G Bolhuis, Jocelyne Vreede, Pietro Faccioli, Simone Orioli, Riccardo Ravasio, Le Yan, Carolina Brito, Matthieu Wyart, Paraskevi Gkeka, Ivan Rivalta, Giulia Palermo, J Andrew McCammon, Joanna Panecka-Hofman, Rebecca C Wade, Antonella Di Pizio, Masha Y Niv, Ruth Nussinov, Chung-Jung Tsai, Hyunbum Jang, Dzmitry Padhorny, Dima Kozakov, Tom McLeishCzasopismo:Structure (rok: 2019, tom: 27, strony: nd), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.str.2019.01.003 - link do publikacji
- Multitarget, selective compound design yields picomolar inhibitors of a kinetoplastid pteridine reductase 1Autorzy:Ina Pöhner, Antonio Quotadamo, Joanna Panecka-Hofman, Rosaria Luciani, Matteo Santucci, Pasquale Linciano, Giacomo Landi, Flavio Di Pisa, Lucia Dello Iacono, Cecilia Pozzi, Stefano Mangani, Sheraz Gul, Gesa Witt, Bernhard Ellinger, Maria Kuzikov, Nuno Santarem, Anabela Cordeiro-da-Silva, Maria Paola Costi, Alberto Venturelli, Rebecca C. WadeCzasopismo:Journal of Medicinal Chemistry (rok: 2022, tom: 65, strony: 9011-9033), Wydawca: American Chemical SocietyStatus:OpublikowanaDoi:10.1021/acs.jmedchem.2c00232 - link do publikacji
- Hits and Lead Discovery in the Identification of New Drugs against the Trypanosomatidic InfectionsAutorzy:Theodora Calogeropoulou, George E Magoulas, Ina Pöhner, Joanna Panecka-Hofman, Pasquale Linciano, Stefania Ferrari, Nuno Santarem, Ma Dolores Jiménez-Antón, Ana Isabel Olías-Molero, José María Alunda, Anabela Cordeiro da Silva, Rebecca C Wade, Maria Paola CostiKsiążka:Medicinal Chemistry of Neglected and Tropical Diseases: Advances in the Design and Synthesis of Antimicrobial Agents (rok: 2019, tom: brak, strony: 185-231), Wydawca: CRC Press, Taylor & Francis Group, Informa PLCStatus:Opublikowana