Projekty finansowane przez NCN
Algorytmy memetyczne do badania dyfuzji liganda w elektronowym stanie wzbudzonym w skondensowanej materii biologicznej
2015/19/N/ST3/02171
Słowa kluczowe:
dynamika molekularna nanofizyka modelowanie komputerowe optogenetyka kompleksy ligand-białko dynamika diabatyczna dyfuzja
Deskryptory:
- NZ1_3: Biofizyka
- ST4_7: Fizyka chemiczna
- ST3_4: Transport w materii skondensowanej
Panel:
ST3 - Fizyka fazy skondensowanej: struktura, własności elektronowe, płyny, nano-nauka
Jednostka realizująca:
Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
woj. kujawsko-pomorskie
Konkurs: PRELUDIUM 10 - ogłoszony 2015-09-15
Przyznana kwota: 100 000 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2016-08-23
Zakończenie projektu: 2019-08-22
Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Opis Projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Licencja oprogramowania GLIDE firmy Schoedinger. Za kwotę 12 560 PLN
- Przenośny komputer osobisty. Za kwotę 5 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (5)
- Rare-Event Sampling in Ligand DiffusionAutorzy:J. Rydzewski, W. NowakCzasopismo:Physics of Life Reviews (rok: 2017, tom: 22--23, strony: 85--87), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.plrev.2017.08.011 - link do publikacji
- Photoinduced Transport in an H64Q Neuroglobin Antidote for Carbon Monoxide PoisoningAutorzy:J. Rydzewski, W. NowakCzasopismo:Journal of Chemical Physics (rok: 2018, tom: 148, strony: 115101), Wydawca: AIPStatus:OpublikowanaDoi:10.1063/1.5013659 - link do publikacji
- maze: Heterogeneous Ligand Unbinding along Transient Protein TunnelsAutorzy:J. RydzewskiCzasopismo:Computer Physics Communications (rok: 2020, tom: 247, strony: 106865), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.cpc.2019.106865 - link do publikacji
- Ligand diffusion in proteins via enhanced sampling in molecular dynamicsAutorzy:J. Rydzewski, W. NowakCzasopismo:Physics of Life Reviews (rok: 2017, tom: 22--23, strony: 58--74), Wydawca: ElsevierStatus:OpublikowanaDoi:10.1016/j.plrev.2017.03.003 - link do publikacji
- Thermodynamics of camphor migration in cytochrome P450cam by atomistic simulationsAutorzy:J. Rydzewski, W. NowakCzasopismo:Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 7736), Wydawca: NatureStatus:OpublikowanaDoi:10.1038/s41598-017-07993-0 - link do publikacji