Algorytmy memetyczne do badania dyfuzji liganda w elektronowym stanie wzbudzonym w skondensowanej materii biologicznej
2015/19/N/ST3/02171
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ1_3: Biofizyka
- ST4_7: Fizyka chemiczna
- ST3_4: Transport w materii skondensowanej
Panel
ST3 – Fizyka fazy skondensowanej: struktura, własności elektronowe, płyny, nano-nauka
Jednostka realizująca
Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
woj. kujawsko-pomorskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 2
Konkurs
PRELUDIUM 10 – ogłoszony 2015-09-15
- Przyznana kwota
- 100 000 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2016-08-23
- Zakończenie projektu
- 2019-08-22
- Planowany czas trwania projektu
- 36 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Opis projektu
Pobierz opis projektu w formacie .pdf
Uwaga — opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.
Zakupiona aparatura
- Licencja oprogramowania GLIDE firmy Schoedinger. Za kwotę 12 560 PLN
- Przenośny komputer osobisty. Za kwotę 5 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (5)
-
Thermodynamics of camphor migration in cytochrome P450cam by atomistic simulations
- Autorzy:
- J. Rydzewski, W. Nowak
- Czasopismo:
- Scientific Reports (rok: 2017, tom: 7, strony: 7736), Wydawca: Nature
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1038/s41598-017-07993-0 – link do publikacji
-
Rare-Event Sampling in Ligand Diffusion
- Autorzy:
- J. Rydzewski, W. Nowak
- Czasopismo:
- Physics of Life Reviews (rok: 2017, tom: 22--23, strony: 85--87), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.plrev.2017.08.011 – link do publikacji
-
maze: Heterogeneous Ligand Unbinding along Transient Protein Tunnels
- Autorzy:
- J. Rydzewski
- Czasopismo:
- Computer Physics Communications (rok: 2020, tom: 247, strony: 106865), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.cpc.2019.106865 – link do publikacji
-
Photoinduced Transport in an H64Q Neuroglobin Antidote for Carbon Monoxide Poisoning
- Autorzy:
- J. Rydzewski, W. Nowak
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Physics (rok: 2018, tom: 148, strony: 115101), Wydawca: AIP
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1063/1.5013659 – link do publikacji
-
Ligand diffusion in proteins via enhanced sampling in molecular dynamics
- Autorzy:
- J. Rydzewski, W. Nowak
- Czasopismo:
- Physics of Life Reviews (rok: 2017, tom: 22--23, strony: 58--74), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.plrev.2017.03.003 – link do publikacji