Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Projektowanie nowych struktur białkowych o ściśle określonych właściwościach z wykorzystaniem modeli parametrycznych.

2015/18/E/NZ1/00689

Słowa kluczowe:

białka struktura bioinformatyka projektowanie parametryzacja domeny splecionych helis helisa beta

Deskryptory:

  • NZ1_4: Biologia strukturalna
  • NZ2_7: Bioinformatyka

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

dr Stanisław Dunin-Horkawicz 

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs: SONATA BIS 5 - ogłoszony 2015-06-15

Przyznana kwota: 1 064 040 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2016-06-08

Zakończenie projektu: 2019-12-07

Planowany czas trwania projektu: 42 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Opis Projektu

Pobierz opis projektu w formacie .pdf

Uwaga - opisy projektów zostały sporządzone przez samych autorów wniosków i w niezmienionej formie umieszczone w systemie.

Zakupiona aparatura

  1. Oprogramowanie AMBER.
  2. Dodatkowy węzeł do klastra obliczeniowego.
  3. Komputer osobisty (3 szt.). Za kwotę 24 000 PLN
  4. Oprogramowanie biurowe. Za kwotę 600 PLN
  5. Węzły do klastra obliczeniowego (3 szt.). Za kwotę 75 000 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (7)
  1. Combining Rosetta with molecular dynamics (MD): A benchmark of the MD-based ensemble protein design
    Autorzy:
    Jan Ludwiczak, Adam Jarmula, Stanislaw Dunin-Horkawicz
    Czasopismo:
    Journal of Structural Biology (rok: 2018, tom: 203, strony: 54-61), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jsb.2018.02.004 - link do publikacji
  2. A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists
    Autorzy:
    Krzysztof Szczepaniak, Adriana Bukala, Antonio Marinho da Silva Neto, Jan Ludwiczak, Stanislaw Dunin-Horkawicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2020, tom: nd, strony: nd), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/btaa1041 - link do publikacji
  3. DeepCoil - a fast and accurate prediction of coiled-coil domains in protein sequences
    Autorzy:
    Jan Ludwiczak, Aleksander Winski, Krzysztof Szczepaniak, Vikram Alva, Stanisław Dunin-Horkawicz
    Czasopismo:
    Bioinformatics (rok: 2019, tom: 2019, strony: nie dotyczy), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty1062 - link do publikacji
  4. RRMdb-an evolutionary-oriented database of RNA recognition motif sequences
    Autorzy:
    Martyna Nowacka, Pietro Boccaletto, Elżbieta Jankowska, Tomasz Jarzynka, Janusz Bujnicki, Stanisław Dunin-Horkawicz
    Czasopismo:
    Database (Oxford) (rok: 2019, tom: 2019, strony: 45296), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/database/bay148 - link do publikacji
  5. Self-analysis of repeat proteins reveals evolutionarily conserved patterns
    Autorzy:
    Matthew Merski, Krzysztof Młynarczyk, Jan Ludwiczak, Jakub Skrzeczkowski, Stanisław Dunin-Horkawicz, Maria W. Gorna
    Czasopismo:
    BMC Bioinformatics (rok: 2020, tom: 7;21(1):179, strony: nd), Wydawca: BioMed Central
    Status:
    Przyjęta do publikacji
    Doi:
    10.1186/s12859-020-3493-y - link do publikacji
  6. Variability of the core geometry in parallel coiled-coil bundles
    Autorzy:
    Krzysztof Szczepaniak, Jan Ludwiczak, Aleksander Winski, Stanislaw Dunin- Horkawicz
    Czasopismo:
    Journal of Structural Biology (rok: 2018, tom: 204, strony: 117-124), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jsb.2018.07.002 - link do publikacji
  7. PiPred – a deep-learning method for prediction of π-helices in protein sequences
    Autorzy:
    Aleksander Winski, Jan Ludwiczak, Vikram Alva, Antonio Marinho da Silva Neto, Krzysztof Szczepaniak, Stanislaw Dunin-Horkawicz
    Czasopismo:
    Scientific Reports (rok: 2019, tom: 9, strony: 6888), Wydawca: Nature Publishing Group
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/s41598-019-43189-4 - link do publikacji

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy