Projekty finansowane przez NCN
Oksygenazy zależne od 2-oksoglutaranu katalizujące atypowe reakcje utleniania - badania nad strukturami oraz mechanizmami enzymatycznymi.
2014/15/B/NZ1/03331
Słowa kluczowe:
oksygenaza metaloenzym produkcja etylenu deaminacja endoperoksydacja krystalografia białkowa modelowanie molekularne mechanizmy reakcji
Deskryptory:
- ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- NZ1_4: Biologia strukturalna
Panel:
NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia
Jednostka realizująca:
Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera PAN
woj. małopolskie
Konkurs: OPUS 8 - ogłoszony 2014-09-15
Przyznana kwota: 1 498 904 PLN
Rozpoczęcie projektu: 2015-09-01
Zakończenie projektu: 2019-08-31
Planowany czas trwania projektu: 48 miesięcy (z wniosku)
Status projektu: Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Komputery stacjonarne typu desktop (3 szt.). Za kwotę 7 500 PLN
- Serwer obliczeniowo-dyskowy wraz z zasilaczem awaryjnym oraz wyposażeniem do szafy serwerowej. Za kwotę 25 000 PLN
- Spektrofotometr do pomiarów mikrolitrowych próbek. Za kwotę 40 000 PLN
- Dewar do przechowywania próbek. Za kwotę 8 000 PLN
- Mikroskop stereoskopowy.
- Wolnostojąca wirówka z możliwością chłodzenia. Za kwotę 100 000 PLN
- Chromatograf FPLC.
- Dewar do przechowywania ciekłego azotu.
- Lodówka/lodówko-zamrażarka/zamrażarka laboratoryjna. Za kwotę 5 000 PLN
- Uchwyty na próbki kompatybilne z robotem do automatycznego montowania kryształów.. Za kwotę 15 000 PLN
- Sonifikator. Za kwotę 22 000 PLN
- Termocykler do monitorowania reakcji PCR w czasie rzeczywistym. Za kwotę 90 000 PLN
- Wytrząsarka z funkcją chłodzenia. Za kwotę 40 000 PLN
- Zestaw pipet.
- Autoklaw.
- Kolumna do FPLC.
- Zamrażarka głębokiego mrożenia. Za kwotę 40 000 PLN
Dane z raportu końcowego/rocznego
- Publikacje w czasopismach (2)
- Publikacje książkowe (1)
- A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)—an enzyme with a broad range of substratesAutorzy:Beata Mrugała, Anna Miłaczewska, Przemyslaw J. Porebski, Ewa Niedzialkowska, Maciej Guzik, Wladek Minor, Tomasz BorowskiCzasopismo:The FEBS Journal (rok: 2021, tom: 288, strony: 1366-1386), Wydawca: FEBS PRESSStatus:OpublikowanaDoi:10.1111/febs.15462 - link do publikacji
- On the reaction mechanism of an endoperoxide ring formation by fumitremorgin B endoperoxidase. The right arrangement makes a differenceAutorzy:Anna Miłaczewska, Tomasz BorowskiCzasopismo:Dalton Transactions (rok: 2019, tom: 48, strony: 16211-16221), Wydawca: RSCStatus:OpublikowanaDoi:10.1039/C9DT02581B - link do publikacji
- Model Setup and Procedures for Prediction of Enzyme Reaction Kinetics with QM-Only and QM:MM ApproachesAutorzy:Michał Glanowski, Sangita Kachhap, Tomasz Borowski, Maciej SzaleniecKsiążka:Methods Molecular Biology, Vol. 2385, Quentin Vanhaelen (Eds): Computational Methods for Estimating the Kinetic Parameters of Biological Systems , Wydawca: SpringerNatureStatus:Przyjęta do publikacji