Od modelu molekularnego in silico do odpowiedzi komórkowej in vitro. Modyfikowane nukleozydy jako radio- bądź/i fotosensybilizatory uszkodzeń DNA
2014/14/A/ST4/00405
Słowa kluczowe
Deskryptory
- ST4_17: Fotochemia
- ST4_15: Chemia teoretyczna i obliczeniowa
- ST4_16: Chemia jądrowa i radiacyjna
Panel
ST4 – Chemia analityczna i fizyczna: chemia analityczna, metody teoretyczne w chemii, chemia fizyczna/fizyka chemiczna
Jednostka realizująca
Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii
woj. pomorskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 21
Konkurs
MAESTRO 6 – ogłoszony 2014-06-16
- Przyznana kwota
- 3 958 291 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2015-04-23
- Zakończenie projektu
- 2021-01-22
- Planowany czas trwania projektu
- 69 miesięcy (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Zakupiona aparatura
- Aparat do pomiarów stężenia tlenu w kulturach komórkowych. Za kwotę 158 000 PLN
- Cytometr przepływowy. Za kwotę 264 450 PLN
- Inkubator z kontrolą ciśnienia tlenu. Za kwotę 37 000 PLN
- Klaster komputerowy. Za kwotę 350 000 PLN
- Komora do napromieniań promieniowaniem X. Za kwotę 320 000 PLN
- Komora do naświetlań UV. Za kwotę 100 000 PLN
- Niskotemperaturowa zamrażarka. Za kwotę 26 000 PLN
- Odwrócony mikroskop fluorescencyjny. Za kwotę 122 000 PLN
- Preparatywny system HPLC. Za kwotę 251 000 PLN
- System UHPLC. Za kwotę 362 000 PLN
- System do analizy Western blot. Za kwotę 12 500 PLN
- System do liofilizacji z rozpuszczalników niewodnych.
- System elektroforetyczny do sekwencjonowania DNA. Za kwotę 17 000 PLN
- Wirówka z chłodzeniem. Za kwotę 16 000 PLN
- system do oczyszczania wody.
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (16)
-
Electron-Induced Dissociation of the Potential Radiosensitizer 5‑Selenocyanato-2′-deoxyuridine
- Autorzy:
- Rebecca Meißner, Samanta Makurat, Witold Kozak, Paulo Limão-Vieira, Janusz Rak, Stephan Denifl
- Czasopismo:
- The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2019, tom: 123, strony: 1274−1282), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jpcb.8b11523 – link do publikacji
-
5-Selenocyanatouracil: A Potential Hypoxic Radiosensitizer. Electron Attachment Induced Formation of Selenium Centered Radical
- Autorzy:
- Marta Sosnowska, Samanta Makurat, Magdalena Zdrowowicz, Janusz Rak
- Czasopismo:
- The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2017, tom: 121, strony: 6139−6147), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jpcb.7b03633 – link do publikacji
-
UV-induced electron transfer between triethylamine and 5-bromo-2'-deoxyuridine. A puzzle concerning the photochemical debromination of labelled DNA
- Autorzy:
- Paweł Wityk, Magdalena Zdrowowicz, Justyna Wiczk and Janusz Rak
- Czasopismo:
- Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis (rok: 2017, tom: 142, strony: 262–269), Wydawca: Elsevier
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1016/j.jpba.2017.04.044 – link do publikacji
-
Dominant Pathways of Adenosyl Radical-Induced DNA Damage Revealed by QM/MM Metadynamics
- Autorzy:
- Paweł Wityk, Miłosz Wieczór, Samanta Makurat, Lidia Chomicz-Mańka, Jacek Czub, Janusz Rak
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Theory and Computations (rok: 2017, tom: 13, strony: 6415−6423), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jctc.7b00978 – link do publikacji
-
Molecular features of thymidine analogues governing the activity of human thymidine kinase
- Autorzy:
- Karolina Jagiello, Samanta Makurat, Sylwester Pereć, Janusz Rak, Tomasz Puzyn
- Czasopismo:
- Structural Chemistry (rok: 2018, tom: 29, strony: 1367–1374), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1007/s11224-018-1124-2 – link do publikacji
-
The Sequence Dependence of Photoinduced Single Strand Break in 5-Bromo-2′-deoxyuridine Labeled DNA Supports That Electron Transfer Is Responsible for the Damage
- Autorzy:
- Kinga Westphal, Samanta Makurat, Janusz Rak
- Czasopismo:
- The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2017, tom: 121, strony: 9169−9174), Wydawca: American Chemical Socitey
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jpcb.7b07338 – link do publikacji
-
Low-energy electron-induced decomposition of 5-trifluoromethanesulfonyl-uracil: A potential radiosensitizer
- Autorzy:
- J. Ameixa, E. Arthur-Baidoo, R. Meißner, S. Makurat, W. Kozak, K. Butowska, F. Ferreira da Silva, J. Rak, S. Denifl
- Czasopismo:
- The Journal of Chemical Physics (rok: 2018, tom: 149, strony: 164307), Wydawca: AIP Publishing
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1063/1.5050594 – link do publikacji
-
5-Selenocyanato and 5-trifluoromethanesulfonyl derivatives of 20-deoxyuridine: synthesis, radiation and computational chemistry as well as cytotoxicity
- Autorzy:
- Samanta Makurat, Magdalena Zdrowowicz, Lidia Chomicz-Mańka, Witold Kozak, Illia E. Serdiuk, Paweł Wityk, Alicja Kawecka, Marta Sosnowska, Janusz Rak
- Czasopismo:
- RSC Advances (rok: 2018, tom: 8, strony: 21378–21388), Wydawca: Royal Society of Chemistry
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1039/C8RA03172J – link do publikacji
-
5-(N-Trifluoromethylcarboxy)aminouracil as a Potential DNA Radiosensitizer and Its Radiochemical Conversion into N-Uracil-5-yloxamic Acid
- Autorzy:
- Paulina Spisz, Witold Kozak, Lidia Chomicz-Mańka, Samanta Makurat, Karina Falkiewicz, Artur Sikorski, Anna Czaja, Janusz Rak, Magdalena Zdrowowicz
- Czasopismo:
- International Journal o f Molecular Sciences (rok: 2020, tom: 21, strony: 6352), Wydawca: MDPI
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3390/ijms21176352 – link do publikacji
-
Electron-Induced Decomposition of Uracil-5-yl O-(N,N-dimethylsulfamate): Role of Methylation in Molecular Stability
- Autorzy:
- Eugene Arthur-Baidoo, Karina Falkiewicz, Lidia Chomicz-Mańka, Anna Czaja, Sebastian Demkowicz, Karol Biernacki, Witold Kozak, Janusz Rak, Stephan Denifl
- Czasopismo:
- International Journal of Molecular Sciences (rok: 2021, tom: 22, strony: 2344), Wydawca: MDPI
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3390/ijms22052344 – link do publikacji
-
Why Does the Type of Halogen Atom Matter for the Radiosensitizing Properties of 5-Halogen Substituted 4-Thio-20-Deoxyuridines?
- Autorzy:
- Paulina Spisz, Magdalena Zdrowowicz, Samanta Makurat, Witold Kozak, Konrad Skotnicki, Krzysztof Bobrowski, Janusz Rak
- Czasopismo:
- Molecules (rok: 2019, tom: 24, strony: 2819), Wydawca: MDPI
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3390/molecules24152819 – link do publikacji
-
Photoinduced electron transfer in 5-bromouracil labeled DNA. A contrathermodynamic mechanism revisited by electron transfer theories
- Autorzy:
- Lorenzo Cupellini, Paweł Wityk, Benedetta Mennucci, Janusz Rak
- Czasopismo:
- Physical Chemistry Chemical Physics (rok: 2019, tom: 21, strony: 4387-4393), Wydawca: The Royal Society of Chemistry
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1039/c8cp07700b – link do publikacji
-
5-Iodo-4-thio-20-Deoxyuridine as a Sensitizer of X-ray Induced Cancer Cell Killing
- Autorzy:
- Samanta Makurat, Paulina Spisz, Witold Kozak, Janusz Rak, Magdalena Zdrowowicz
- Czasopismo:
- International Journal o f Molecular Sciences (rok: 2019, tom: 20, strony: 1308), Wydawca: MDPI
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3390/ijms20061308 – link do publikacji
-
Electrophilic 5-Substituted Uracils as Potential Radiosensitizers. A DFT Study
- Autorzy:
- Samanta Makurat, Lidia Chomicz-Mańka, Janusz Rak
- Czasopismo:
- ChemPhysChem (rok: 2016, tom: 17, strony: 2572-2578), Wydawca: WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1002/cphc.201600240 – link do publikacji
-
Uracil-5-yl O‑Sulfamate: An Illusive Radiosensitizer. Pitfalls in Modeling the Radiosensitizing Derivatives of Nucleobases
- Autorzy:
- Paulina Spisz, Magdalena Zdrowowicz, Witold Kozak, Lidia Chomicz-Mańka, Karina Falkiewicz, Samanta Makurat, Artur Sikorski, Dariusz Wyrzykowski, Janusz Rak, Eugene Arthur-Baidoo, Patrick Ziegler, Mateus Salomao Rodrigues Costa, and Stephan Denifl
- Czasopismo:
- The Journal of Physical Chemistry B (rok: 2020, tom: 124, strony: 5600−5613), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/acs.jpcb.0c03844 – link do publikacji
-
Modifications at the C(5) position of pyrimidine nucleosides
- Autorzy:
- Witold Kozak, Sebastian Demkowicz, Mateusz DasÂko, Janusz Rachon, Janusz Rak
- Czasopismo:
- Russian Chemical Reviews (rok: 2020, tom: 89, strony: 281-310), Wydawca: IOP Publishing
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1070/RCR4919 – link do publikacji
Publikacje książkowe (2)
-
Consequences of Electron Attachment to Modified Nucleosides Incorporated into DNA
- Autorzy:
- Lidia Chomicz-Mańka, Paweł Wityk, Łukasz Golon, Magdalena Zdrowowicz, Justyna Wiczk, Kinga Westphal, Michał Żyndul, Samanta Makurat, Janusz Rak
- Książka:
- Handbook of Computational Chemistry (rok: 2017, tom: brak, strony: 1895-1916), Wydawca: Springer
- Status:
- Opublikowana
-
DNA damage radiosensitizers geared towards hydrated electrons
- Autorzy:
- Magdalena Zdrowowicz, Lidia Chomicz-Mańka, Kamila Butowska, Paulina Spisz, Karina Falkiewicz, Anna Czaja, Janusz Rak
- Książka:
- Practical Aspects of Computational Chemistry-V, Wydawca: Springer
- Status:
- Przyjęta do publikacji