Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Metody i algorytmy odkrywania nowych zjawisk w genomach i transkryptomach za pomocą statystycznej analizy danych z nukleotydową precyzją pochodzących z sekwencerów nowej generacji.

2014/13/N/ST6/01843

Słowa kluczowe:

genomika transkryptomika statystyka odkrywanie wiedzy obliczenia chmurowe

Deskryptory:

  • ST6_13: Bioinformatyka, bioobliczenia, obliczenia DNA i molekularne

Panel:

ST6 - Informatyka i technologie informacyjne: technologie i systemy informacyjne, informatyka, obliczenia naukowe, systemy inteligentne

Jednostka realizująca:

Politechnika Warszawska, Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

Marek Wiewiórka 

Liczba wykonawców projektu: 2

Konkurs: PRELUDIUM 7 - ogłoszony 2014-03-17

Przyznana kwota: 145 580 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2015-03-04

Zakończenie projektu: 2018-09-03

Planowany czas trwania projektu: 36 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. laptop z monitorem zewnętrznym. Za kwotę 7 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (3)
  • Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (5)
  1. SeQuiLa-cov: A fast and scalable library for depth of coverage calculations IF: 4,688
    Autorzy:
    Marek Wiewiórka, Agnieszka Szmurło, Wiktor Kuśmirek, Tomasz Gambin
    Czasopismo:
    GigaScience (rok: 2019, tom: 8, strony: brak), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/gigascience/giz094 - link do publikacji
  2. Benchmarking distributed data warehouse solutions for storing genomic variant information IF: 2,627
    Autorzy:
    Marek Wiewiórka, Dawid Wysakowicz, Michał Okoniewski, Tomasz Gambin
    Czasopismo:
    Database: The Journal of Biological Databases and Curation (rok: 2017, tom: 2017, strony: 1–16), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/database/bax049 - link do publikacji
  3. SeQuiLa: an elastic, fast and scalable SQL-oriented solution for processing and querying genomic intervals IF: 4,531
    Autorzy:
    Wiewiorka, Marek S,Leśniewska, Anna,Agnieszka Szmurło, Kacper Stępień, Mateusz Borowiak,Michał Okoniewski,Tomasz Gambin
    Czasopismo:
    Bionformatics (rok: 2018, tom: 35, strony: http://biodatageeks.org/sequila/), Wydawca: Oxford Academic
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/bioinformatics/bty940 - link do publikacji
  1. SeQuiLa: an elastic, fast and scalable SQL-oriented platform for processing and analyzing genomic data
    Autorzy:
    Wiewiórka M.S., Szmurło A., Gambin T.
    Konferencja:
    American Society of Human Genetics meeting, ASHG 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: ASHG
    Data:
    konferencja 16-20.10.2018
    Status:
    Opublikowana
  2. Benchmarking distributed data warehouse solutions for storing genomic variant information
    Autorzy:
    Wiewiórka M. S., Wysakowicz D.P., Okoniewski M.J, Gambin T.
    Konferencja:
    American Society of Human Genetics meeting, ASHG 2016 (rok: 2016, ), Wydawca: ASHG
    Data:
    konferencja 18-22.10.2016
    Status:
    Opublikowana
  3. Automated parameter tuning for more accurate CNV calling in WES/WGS
    Autorzy:
    Wiewiórka M. S., Kuśmirek W., Okoniewski M.J, Gambin T.
    Konferencja:
    American Society of Human Genetics meeting, ASHG 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: ASHG
    Data:
    konferencja 17-21.10.2017
    Status:
    Opublikowana
  4. Scalable framework for the analysis of population structure using the next generation sequencing data
    Autorzy:
    Anastasiia Hryhorzhevska, Marek Wiewiorka, Michal Okoniewski and Tomasz Gambin
    Konferencja:
    ISMIS 2017 (rok: 2017, ), Wydawca: Springer
    Data:
    konferencja 26-29.06.2017
    Status:
    Opublikowana
  5. iGAP: A scalable solution for genomic variants analysis
    Autorzy:
    Szmurło A., Wiewiórka M.S., Gambin T.
    Konferencja:
    XLII-nd IEEE-SPIE Joint Symposium Wilga 2018 (rok: 2018, ), Wydawca: SPIE
    Data:
    konferencja 3-10.06.2018
    Status:
    Opublikowana