Opracowanie narzędzia do automatycznej oceny kompleksów ligandów z receptorami serotoninowymi opartego o wykorzystanie metod uczenia maszynowego.
2013/09/N/NZ2/01917
Słowa kluczowe
Deskryptory
- NZ2_8: Biologia obliczeniowa
- NZ2_7: Bioinformatyka
- ST1_18: Zastosowania matematyki w innych naukach
Panel
NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna
Jednostka realizująca
Instytut Farmakologii PAN
woj. małopolskie
Kierownik projektu (z jednostki realizującej)
Liczba wykonawców projektu: 3
Konkurs
PRELUDIUM 5 – ogłoszony 2013-03-15
- Przyznana kwota
- 97 500 PLN
- Rozpoczęcie projektu
- 2014-02-13
- Zakończenie projektu
- 2016-02-12
- Planowany czas trwania projektu
- 24 miesiące (z wniosku)
- Status projektu
- Projekt rozliczony
Dane z raportu końcowego/rocznego
Publikacje w czasopismach (3)
-
Multiple conformational states in retrospective virtual screening - homology models vs. crystal structures. Beta-2 adrenergic receptor case study
- Autorzy:
- Jagna Witek, Stefan Mordalski, Sabina Smusz, Krzysztof Rataj, Andrzej J. Bojarski
- Czasopismo:
- Journal of Cheminformatics (rok: 2015, tom: 9, strony: 46031), Wydawca: Chemistry Central
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1186/s13321-015-0062-x – link do publikacji
-
Extremely Randomized Machine Learning Methods for Compound Activity Prediction
- Autorzy:
- Wojciech M. Czarnecki, Sabina Podlewska, Andrzej J. Bojarski
- Czasopismo:
- Molecules (rok: 2015, tom: 20, strony: 20107-20117), Wydawca: MDPI
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.3390/molecules201119679 – link do publikacji
-
Multi-Step Protocol for Automatic Evaluation of Docking Results Based on Machine Learning Methods - a Case Study of Serotonin Receptors 5-HT6 and 5-HT7
- Autorzy:
- Sabina Smusz, Stefan Mordalski, Jagna Witek, Krzysztof Rataj, Rafał Kafel, Andrzej J. Bojarski
- Czasopismo:
- Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2015, tom: 55, strony: 823-832), Wydawca: American Chemical Society
- Status:
- Opublikowana
- DOI:
- 10.1021/ci500564b – link do publikacji
Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (6)
-
Combination of structural interaction profiles as a method for optimization of its application in docking results analysis
- Autorzy:
- Jagna Witek, Sabina Smusz, Krzysztof Rataj, Stefan Mordalski, Andrzej J. Bojarski
- Konferencja:
- VI Konwersatorium Chemii Medycznej (rok: 2014, strony: 157), Wydawca: Uniwersytet Medyczny w Lublinie
- Data:
- konferencja 18-20 wrzesień
- Status:
- Opublikowana
-
A machine learning-based protocol for docking results analysis
- Autorzy:
- Sabina Smusz, Stefan Mordalski, Jagna Witek, Krzysztof Rataj, Andrzej J. Bojarski
- Konferencja:
- The 10th International Conference on Chemical Structures (rok: 2014, strony: 143), Wydawca: CIC Division of the German Chemical Society
- Data:
- konferencja 01-05 czerwiec
- Status:
- Opublikowana
-
Automatyczna ocena kompleksów ligand-receptor przy wykorzystaniu metod uczenia maszynowego
- Autorzy:
- Sabina Smusz
- Konferencja:
- Dokonania Naukowe Doktorantów (rok: 2014, strony: 156-160), Wydawca: CreativeTime
- Data:
- konferencja 12.04.2014
- Status:
- Opublikowana
-
Narzędzia do oceny stabilności metabolicznej in silico
- Autorzy:
- Sabina Podlewska, Enza Lacivita, Marcello Leopoldo, Andrzej J. Bojarski
- Konferencja:
- V Konferencja Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum (rok: 2015, strony: 112), Wydawca: Uniwersytet Jagielloński
- Data:
- konferencja 25-26 maj
- Status:
- Opublikowana
-
Tools for in silico evaluation of cytochrome P450-mediated compounds metabolism
- Autorzy:
- Sabina Podlewska, Enza Lacivita, Marcello Leopoldo, Andrzej J. Bojarski
- Konferencja:
- V Meeting of the Paul Ehrlich MedChem Euro-PhD Network (rok: 2015, strony: 85), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemii Medycznej
- Data:
- konferencja 03-05 lipiec
- Status:
- Opublikowana
-
Structural interaction profiles combination as a method for optimization of its application in docking results analysis - beta-2 adrenergic receptor case study
- Autorzy:
- Sabina Smusz, Jagna Witek, Krzysztof Rataj, Stefan Mordalski, Andrzej J. Bojarski
- Konferencja:
- The GLISTEN Budapest 2014 Conference (rok: 2014, strony: 58), Wydawca: Research Centre for Natural Sciences Hungarian Academy of Sciences
- Data:
- konferencja 02-04 październik
- Status:
- Opublikowana