Opracowanie narzędzia do automatycznej oceny kompleksów ligandów z receptorami serotoninowymi opartego o wykorzystanie metod uczenia maszynowego.

2013/09/N/NZ2/01917

Słowa kluczowe

Deskryptory

  • NZ2_8: Biologia obliczeniowa
  • NZ2_7: Bioinformatyka
  • ST1_18: Zastosowania matematyki w innych naukach

Panel

NZ2 – Genetyka, genomika: Genetyka molekularna, genomika, proteomika, bioinformatyka, biologia systemowa, epidemiologia molekularna

Jednostka realizująca

Instytut Farmakologii PAN

woj. małopolskie

Inne projekty tej jednostki »

Kierownik projektu (z jednostki realizującej)

Sabina Marta Podlewska

Liczba wykonawców projektu: 3

Konkurs

PRELUDIUM 5 – ogłoszony 2013-03-15

Przyznana kwota
97 500 PLN
Rozpoczęcie projektu
2014-02-13
Zakończenie projektu
2016-02-12
Planowany czas trwania projektu
24 miesiące (z wniosku)
Status projektu
Projekt rozliczony

Dane z raportu końcowego/rocznego

Publikacje w czasopismach (3)

  1. Multiple conformational states in retrospective virtual screening - homology models vs. crystal structures. Beta-2 adrenergic receptor case study

    Autorzy:
    Jagna Witek, Stefan Mordalski, Sabina Smusz, Krzysztof Rataj, Andrzej J. Bojarski
    Czasopismo:
    Journal of Cheminformatics (rok: 2015, tom: 9, strony: 46031), Wydawca: Chemistry Central
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1186/s13321-015-0062-x – link do publikacji
  2. Extremely Randomized Machine Learning Methods for Compound Activity Prediction

    Autorzy:
    Wojciech M. Czarnecki, Sabina Podlewska, Andrzej J. Bojarski
    Czasopismo:
    Molecules (rok: 2015, tom: 20, strony: 20107-20117), Wydawca: MDPI
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.3390/molecules201119679 – link do publikacji
  3. Multi-Step Protocol for Automatic Evaluation of Docking Results Based on Machine Learning Methods - a Case Study of Serotonin Receptors 5-HT6 and 5-HT7

    Autorzy:
    Sabina Smusz, Stefan Mordalski, Jagna Witek, Krzysztof Rataj, Rafał Kafel, Andrzej J. Bojarski
    Czasopismo:
    Journal of Chemical Information and Modeling (rok: 2015, tom: 55, strony: 823-832), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    DOI:
    10.1021/ci500564b – link do publikacji

Teksty w publikacjach pokonferencyjnych (6)

  1. Combination of structural interaction profiles as a method for optimization of its application in docking results analysis

    Autorzy:
    Jagna Witek, Sabina Smusz, Krzysztof Rataj, Stefan Mordalski, Andrzej J. Bojarski
    Konferencja:
    VI Konwersatorium Chemii Medycznej (rok: 2014, strony: 157), Wydawca: Uniwersytet Medyczny w Lublinie
    Data:
    konferencja 18-20 wrzesień
    Status:
    Opublikowana
  2. A machine learning-based protocol for docking results analysis

    Autorzy:
    Sabina Smusz, Stefan Mordalski, Jagna Witek, Krzysztof Rataj, Andrzej J. Bojarski
    Konferencja:
    The 10th International Conference on Chemical Structures (rok: 2014, strony: 143), Wydawca: CIC Division of the German Chemical Society
    Data:
    konferencja 01-05 czerwiec
    Status:
    Opublikowana
  3. Automatyczna ocena kompleksów ligand-receptor przy wykorzystaniu metod uczenia maszynowego

    Autorzy:
    Sabina Smusz
    Konferencja:
    Dokonania Naukowe Doktorantów (rok: 2014, strony: 156-160), Wydawca: CreativeTime
    Data:
    konferencja 12.04.2014
    Status:
    Opublikowana
  4. Narzędzia do oceny stabilności metabolicznej in silico

    Autorzy:
    Sabina Podlewska, Enza Lacivita, Marcello Leopoldo, Andrzej J. Bojarski
    Konferencja:
    V Konferencja Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum (rok: 2015, strony: 112), Wydawca: Uniwersytet Jagielloński
    Data:
    konferencja 25-26 maj
    Status:
    Opublikowana
  5. Tools for in silico evaluation of cytochrome P450-mediated compounds metabolism

    Autorzy:
    Sabina Podlewska, Enza Lacivita, Marcello Leopoldo, Andrzej J. Bojarski
    Konferencja:
    V Meeting of the Paul Ehrlich MedChem Euro-PhD Network (rok: 2015, strony: 85), Wydawca: Polskie Towarzystwo Chemii Medycznej
    Data:
    konferencja 03-05 lipiec
    Status:
    Opublikowana
  6. Structural interaction profiles combination as a method for optimization of its application in docking results analysis - beta-2 adrenergic receptor case study

    Autorzy:
    Sabina Smusz, Jagna Witek, Krzysztof Rataj, Stefan Mordalski, Andrzej J. Bojarski
    Konferencja:
    The GLISTEN Budapest 2014 Conference (rok: 2014, strony: 58), Wydawca: Research Centre for Natural Sciences Hungarian Academy of Sciences
    Data:
    konferencja 02-04 październik
    Status:
    Opublikowana

« Nowe wyszukiwanie

Projekt graficzny i wykonanie: Jakub Piotrowski