Projekty finansowane przez NCN


Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Projektowanie transkryptów mRNA odpornych na degradację enzymatyczną kapu w aspekcie opracowania szczepionek przeciwnowotworowych; kompleksowe badania biochemiczne i biofizyczne nad reprezentatywnymi enzymami odpowiedzialnymi za hydrolizę kapu.

2013/08/A/NZ1/00866

Słowa kluczowe:

koniec 5' mRNA kap monometyloguanozynowy kap trimetyloguanozynowy kap-4 enzymy hydrolizujące kap hydrolazy HIT hydrolazy NUDIX DcpS człowieka Dcs1 DcpS C.elegans Nudt16 Dcp2/Dcp1 drożdżowy HIT-45 translacyjny czynnik inicjacyjny eIF4E miareczkowanie fluorescencyjne zsynchronizowane w czasie: TST HPLC w odwróconych fazach izotermiczne miareczkowanie kalorymetryczne: ITC dichroizm kołowy (CD) w bliskim UV technika zatrzymanego przepływu parametry kinetyczne i termodynamiczne modelowanie molekularne spektroskopia NMR spektroskopia mas syntetyczne analogi kapu odporne na hydrolizę enzymatyczną szczepionki przeciwnowotworowe oparte na mRNA analogi kapu typu ARCA dinukleotydowe analogi kapu modyfikowane w mostku fosforanowym mRNA zakończone syntetycznymi strukturami kapu chemo-enzymatyczne metody dołączania kapu do oligonukleotydów i transkryptów mRNA translacja inhibicja translacji

Deskryptory:

  • NZ1_1: Biologia molekularna
  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ1_6: Biologia syntetyczna

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Edward Darżynkiewicz 

Liczba wykonawców projektu: 20

Konkurs: MAESTRO 4 - ogłoszony 2012-12-15

Przyznana kwota: 2 983 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-09-23

Zakończenie projektu: 2019-09-22

Planowany czas trwania projektu: 60 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Komputery.
  2. Wymienny termoblok na probówki stożkowe. Za kwotę 2 329 PLN
  3. Wyparka próżniowa.
  4. Koszyki do wirowania płytek. Za kwotę 7 131 PLN
  5. Luminometr. Za kwotę 38 000 PLN
  6. Podręczny mikrofalowy autoklaw.
  7. Spektrofotometr dwuwiązkowy UV-VIS.
  8. Witryna chłodnicza.
  9. Aparat HPLC. Za kwotę 190 000 PLN
  10. Aparat do badania oddziaływań pomiędzy makrocząsteczkami.
  11. Chłodziarko-zamrażarki.
  12. Pipeta 8-kanałowa o zmiennych pojemnościach z pudełkami na końcówki. Za kwotę 2 484 PLN
  13. Kolektor frakcji. Za kwotę 32 000 PLN
  14. Wózki do pożywek.
  15. Komputery, oprogramowanie biurowe i specjalistyczne oraz akcesoria komputerowe. Za kwotę 7 226 PLN
  16. Spektrofluorymetr. Za kwotę 220 000 PLN

Dane z raportu końcowego

  • Publikacje w czasopismach (19)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Cap analgs modified with 1,2-dithiodiphosphate moiety protect mRNA from decapping and enhance its translational potential IF: 9,202
    Autorzy:
    Strenkowska M., Grzela R., Majewski M., Wnek K., Kowalska J., Lukaszewicz M., Zuberek J., Darzynkiewicz E., Kuhn A.N., Sahin U., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 9578-9590), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw896 - link do publikacji
  2. Decapping Scavenger (DcpS) enzyme: Advences in its structure, activity and roles in the cap-dependent mRNA metabolism IF: 5,44
    Autorzy:
    Milac A.L., Bojarska E., Wypijewska del Nogal A.
    Czasopismo:
    Biochimica at Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanism (rok: 2014, tom: 1839, strony: 452-462), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbagrm.2014.04.007 - link do publikacji
  3. Effect of the His-Tag Location on Decapping Scavenger Enzymes and Their Hydrolytic Activity toward Cap Analogs IF: 2,584
    Autorzy:
    Ferenc-Mrozek A., Bojarska E., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Lukasiewicz M.
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2020, tom: 5, strony: 10759-10766), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.0c00304 - link do publikacji
  4. Helix 69 of Escherichia coli 23S ribosomal RNA as a peptide nucleic acid target IF: 3,112
    Autorzy:
    Kulik M., Markowska-Zagrajek A., Wojciechowska M., Grzela R., Witula T., Trylska J.
    Czasopismo:
    Biochimie (rok: 2017, tom: 138, strony: 32-42), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.biochi.2017.04.001 - link do publikacji
  5. Hydrolytic activity of human Nudt16 enzyme on dinucleotide cap analogs and short capped oligonucleotides IF: 4,605
    Autorzy:
    Grzela R., Nasilowska K., Lukaszewicz M., Tyras M., Stepinski J., Jankowska-Anyszka M., Bojarska E., Darzynkiewicz E.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2018, tom: 24, strony: 633-642), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.065698.118 - link do publikacji
  6. Phosphate-modified analogues of m7GTP and m7Gppppm7G - Synthesis and biochemical properties IF: 2,793
    Autorzy:
    Ziemniak M., Kowalska J., Lukaszewicz M., Zuberek J., Wnek K., Darzynkiewicz E., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Bioorganic & Medicinal Chemistry (rok: 2015, tom: 23, strony: 5369-5381), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bmc.2015.07.052 - link do publikacji
  7. Effect of different N7 substitution of dinucleotide cap analogs on the hydrolytic susceptibility towards scavenger decapping enzymes (DcpS) IF: 2,297
    Autorzy:
    Piecyk K., Darzynkiewicz Z.M., Jankowska-Anyszka M., Ferenc-Mrozek A., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Bojarska E.
    Czasopismo:
    Biochemical and Biophysical Research Communications (rok: 2015, tom: 464, strony: 89-93), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbrc.2015.06.001 - link do publikacji
  8. Modified ARCA analogs providing enhanced translational properties of capped mRNAs IF: 3,799
    Autorzy:
    Kocmik I., Piecyk K., Rudzinska M., Niedzwiecka A., Darzynkiewicz E., Grzela R., Jankowska-Anyszka M.
    Czasopismo:
    Cell Cycle (rok: 2018, tom: 17, strony: 1624-1636), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15384101.2018.1486164 - link do publikacji
  9. Structural analysis of human 2'-O-ribose methyltransferases involved in mRNA cap structure formation IF: 10,742
    Autorzy:
    Smietanski M., Werner M., Purta E., Kaminska K.H., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Nowotny M., Bujnicki J.M.
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2014, tom: 5, strony: 44571), Wydawca: Macmillan Publishers Limited
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/ncomms4004 - link do publikacji
  10. Synthesis, properties, and biological activity of boranophosphate analogs of the mRNA cap: versalite tools for manipulation of therapeutically relevant cap-dependent processes IF: 8,808
    Autorzy:
    Kowalska J., Wypijewska del Nogal A., Darzynkiewicz Z.M., Buck J., Nicola C., Kuhn A.N., Lukaszewicz M., Zuberek J., Strenkowska M., Ziemniak M., Maciejczyk M., Bojarska E., Rhoads R.E., Darzynkiewicz E., Sahin U., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 10245-10264), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku757 - link do publikacji
  11. Cap analogs containing 6-thioguanosine - reagents for the synthesis of mRNAs selectively photo-crosslinkable with cap-binding biomolecules IF: 3,487
    Autorzy:
    Nowakowska M., Kowalska J., Martin F., d'Orchymont A., Zuberek J., Lukaszewicz M., Darzynkiewicz E., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Organic & Biomolecular Chemistry (rok: 2014, tom: 12, strony: 4841-4847), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c4ob00059e - link do publikacji
  12. Kinetic analysis of IFIT1 and IFIT5 interaction with different native and engineered RNAs and its consequences for designing mRNA-based therapeutics. IF: 4,32
    Autorzy:
    Miedziak B., Dobiezynska A., Darzynkiewicz Z.M., Bartkowska J., Miszkiewicz J., Kowalska J., Warminski M., Tyras M., Trylska J., Jemielity J., Darzynkiewicz E., Grzela R.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2020, tom: 26, strony: 58-68), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna/073304.119 - link do publikacji
  13. Molecular recognition of mRNA 5' cap by 3' poly(A)-specific ribonuclease (PARN) differs from interactions known for other cap-binding proteins IF: 2,747
    Autorzy:
    Niedzwiecka A., Nilsson P., Worch R., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Virtanen A.
    Czasopismo:
    Biochimica at Biophysica Acta - Proteins and Proteomics (rok: 2016, tom: 1864, strony: 331-345), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbapap.2016.01.002 - link do publikacji
  14. Quantum dots use both LUMO and surface trap electrons in photoreduction process IF: 2,693
    Autorzy:
    Darzynkiewicz Z.M., Pedziwiatr M., Grzyb J.
    Czasopismo:
    Journal of Luminescence (rok: 2017, tom: 183, strony: 401-409), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jlumin.2016.11.070 - link do publikacji
  15. Triazole-containing monophosphate mRNA cap analogs as effective translation inhibitors IF: 4,622
    Autorzy:
    Piecyk K., Lukaszewicz M., Darzynkiewicz E., Jankowska-Anyszka M.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2014, tom: 20, strony: 1539-1547), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.046193.114 - link do publikacji
  16. eIF4E-like complexes formed by cap-binding homolog TbEIF4E5 with TbEIF4G1 or TbEIF4G2 are implicated in post-transcriptional regulation in Trypanosoma brucei IF: 4,622
    Autorzy:
    Freire E.R., Vashisht A.A., Malvezzi A.M., Zuberek J., Langousis G., Saada E.A., Nascimento J. DE F., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Hill K., De Melo Neto O.P., Wohlschlegel J.A., Sturm N.R., Campbell D.A.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2014, tom: 20, strony: 1272-1286), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.045534.114 - link do publikacji
  17. Decapping Scavenger Enzyme Activity toward N2-substituted 5' end mRNA Cap Analogues IF: 2,584
    Autorzy:
    Pietrow P., Ferenc-Mrozek A., Piecyk K., Bojarska E., Darzynkiewicz E., Jankowska-Anyszka M.
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2019, tom: 4, strony: 17576-17580), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.9b02715 - link do publikacji
  18. Amino-Functionalized 5' Cap Analogs as Tools for Site-Specific Sequence-Independent Labeling of mRNA IF: 4,818
    Autorzy:
    Warminski M., Sikorski P.J., Warminska Z., Lukaszewicz M., Kropiwnicka A., Zuberek J., Darzynkiewicz E., Kowalska J., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Bioconjugate Chemistry (rok: 2017, tom: 28, strony: 1978-1992), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.bioconjchem.7b00291 - link do publikacji
  19. Clickable trimethylguanosine cap analogs modified within the triphosphate bridge: synthesis, conjugation to RNA and susceptibility to degradation IF: 3,84
    Autorzy:
    Wojtczak B.A., Warminski M., Kowalska J., Lukaszewicz M., Honcharenko M., Smith C.I.E., Stromberg R., Darzynkiewicz E., Jemielity J.
    Czasopismo:
    RCS Advances (rok: 2016, tom: 6, strony: 8317-8328), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c5ra25684d - link do publikacji
  1. mRNA and snRNA Cap Analogs: Synthesis and Applications
    Autorzy:
    Stepinski J., Darzynkiewicz E.
    Książka:
    Chemical Biology of Nucleic Acids - Fundamentals and Clinical Applications, RNA Technologies (rok: 2014, tom: 28, strony: 511-561), Wydawca: Springer-Verlag
    Status:
    Opublikowana