Projekty finansowane przez NCN

Dane kierownika projektu i jednostki realizującej

Szczegółowe informacje o projekcie i konkursie

Słowa kluczowe

Aparatura

Wyczyść formularz

Projektowanie transkryptów mRNA odpornych na degradację enzymatyczną kapu w aspekcie opracowania szczepionek przeciwnowotworowych; kompleksowe badania biochemiczne i biofizyczne nad reprezentatywnymi enzymami odpowiedzialnymi za hydrolizę kapu.

2013/08/A/NZ1/00866

Słowa kluczowe:

koniec 5' mRNA kap monometyloguanozynowy kap trimetyloguanozynowy kap-4 enzymy hydrolizujące kap hydrolazy HIT hydrolazy NUDIX DcpS człowieka Dcs1 DcpS C.elegans Nudt16 Dcp2/Dcp1 drożdżowy HIT-45 translacyjny czynnik inicjacyjny eIF4E miareczkowanie fluorescencyjne zsynchronizowane w czasie: TST HPLC w odwróconych fazach izotermiczne miareczkowanie kalorymetryczne: ITC dichroizm kołowy (CD) w bliskim UV technika zatrzymanego przepływu parametry kinetyczne i termodynamiczne modelowanie molekularne spektroskopia NMR spektroskopia mas syntetyczne analogi kapu odporne na hydrolizę enzymatyczną szczepionki przeciwnowotworowe oparte na mRNA analogi kapu typu ARCA dinukleotydowe analogi kapu modyfikowane w mostku fosforanowym mRNA zakończone syntetycznymi strukturami kapu chemo-enzymatyczne metody dołączania kapu do oligonukleotydów i transkryptów mRNA translacja inhibicja translacji

Deskryptory:

  • NZ1_1: Biologia molekularna
  • NZ1_3: Biofizyka
  • NZ1_6: Biologia syntetyczna

Panel:

NZ1 - Podstawowe procesy życiowe na poziomie molekularnym: biologia molekularna, biologia strukturalna, biotechnologia

Jednostka realizująca:

Uniwersytet Warszawski, Centrum Nowych Technologii

woj. mazowieckie

Inne projekty tej jednostki 

Kierownik projektu (z jednostki realizującej):

prof. Edward Darżynkiewicz 

Liczba wykonawców projektu: 20

Konkurs: MAESTRO 4 - ogłoszony 2012-12-15

Przyznana kwota: 2 983 800 PLN

Rozpoczęcie projektu: 2013-09-23

Zakończenie projektu: 2019-09-22

Planowany czas trwania projektu: 72 miesięcy (z wniosku)

Status projektu: Projekt rozliczony

Zakupiona aparatura

  1. Aparat do badania oddziaływań pomiędzy makrocząsteczkami.
  2. Komputery.
  3. Koszyki do wirowania płytek. Za kwotę 7 131 PLN
  4. Luminometr. Za kwotę 38 000 PLN
  5. Podręczny mikrofalowy autoklaw.
  6. Aparat HPLC. Za kwotę 190 000 PLN
  7. Spektrofluorymetr. Za kwotę 220 000 PLN
  8. Wózki do pożywek.
  9. Wyparka próżniowa.
  10. Kolektor frakcji. Za kwotę 32 000 PLN
  11. Spektrofotometr dwuwiązkowy UV-VIS.
  12. Chłodziarko-zamrażarki.
  13. Komputery, oprogramowanie biurowe i specjalistyczne oraz akcesoria komputerowe. Za kwotę 7 226 PLN
  14. Pipeta 8-kanałowa o zmiennych pojemnościach z pudełkami na końcówki. Za kwotę 2 484 PLN
  15. Witryna chłodnicza.
  16. Wymienny termoblok na probówki stożkowe. Za kwotę 2 329 PLN

Dane z raportu końcowego/rocznego

  • Publikacje w czasopismach (19)
  • Publikacje książkowe (1)
  1. Amino-Functionalized 5' Cap Analogs as Tools for Site-Specific Sequence-Independent Labeling of mRNA
    Autorzy:
    Warminski M., Sikorski P.J., Warminska Z., Lukaszewicz M., Kropiwnicka A., Zuberek J., Darzynkiewicz E., Kowalska J., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Bioconjugate Chemistry (rok: 2017, tom: 28, strony: 1978-1992), Wydawca: American Chemical Society
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acs.bioconjchem.7b00291 - link do publikacji
  2. Cap analogs containing 6-thioguanosine - reagents for the synthesis of mRNAs selectively photo-crosslinkable with cap-binding biomolecules
    Autorzy:
    Nowakowska M., Kowalska J., Martin F., d'Orchymont A., Zuberek J., Lukaszewicz M., Darzynkiewicz E., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Organic & Biomolecular Chemistry (rok: 2014, tom: 12, strony: 4841-4847), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c4ob00059e - link do publikacji
  3. Decapping Scavenger (DcpS) enzyme: Advences in its structure, activity and roles in the cap-dependent mRNA metabolism
    Autorzy:
    Milac A.L., Bojarska E., Wypijewska del Nogal A.
    Czasopismo:
    Biochimica at Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanism (rok: 2014, tom: 1839, strony: 452-462), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbagrm.2014.04.007 - link do publikacji
  4. Decapping Scavenger Enzyme Activity toward N2-substituted 5' end mRNA Cap Analogues
    Autorzy:
    Pietrow P., Ferenc-Mrozek A., Piecyk K., Bojarska E., Darzynkiewicz E., Jankowska-Anyszka M.
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2019, tom: 4, strony: 17576-17580), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.9b02715 - link do publikacji
  5. Effect of different N7 substitution of dinucleotide cap analogs on the hydrolytic susceptibility towards scavenger decapping enzymes (DcpS)
    Autorzy:
    Piecyk K., Darzynkiewicz Z.M., Jankowska-Anyszka M., Ferenc-Mrozek A., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Bojarska E.
    Czasopismo:
    Biochemical and Biophysical Research Communications (rok: 2015, tom: 464, strony: 89-93), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbrc.2015.06.001 - link do publikacji
  6. Kinetic analysis of IFIT1 and IFIT5 interaction with different native and engineered RNAs and its consequences for designing mRNA-based therapeutics.
    Autorzy:
    Miedziak B., Dobiezynska A., Darzynkiewicz Z.M., Bartkowska J., Miszkiewicz J., Kowalska J., Warminski M., Tyras M., Trylska J., Jemielity J., Darzynkiewicz E., Grzela R.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2020, tom: 26, strony: 58-68), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna/073304.119 - link do publikacji
  7. Modified ARCA analogs providing enhanced translational properties of capped mRNAs
    Autorzy:
    Kocmik I., Piecyk K., Rudzinska M., Niedzwiecka A., Darzynkiewicz E., Grzela R., Jankowska-Anyszka M.
    Czasopismo:
    Cell Cycle (rok: 2018, tom: 17, strony: 1624-1636), Wydawca: Taylor & Francis
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1080/15384101.2018.1486164 - link do publikacji
  8. Molecular recognition of mRNA 5' cap by 3' poly(A)-specific ribonuclease (PARN) differs from interactions known for other cap-binding proteins
    Autorzy:
    Niedzwiecka A., Nilsson P., Worch R., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Virtanen A.
    Czasopismo:
    Biochimica at Biophysica Acta - Proteins and Proteomics (rok: 2016, tom: 1864, strony: 331-345), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bbapap.2016.01.002 - link do publikacji
  9. Phosphate-modified analogues of m7GTP and m7Gppppm7G - Synthesis and biochemical properties
    Autorzy:
    Ziemniak M., Kowalska J., Lukaszewicz M., Zuberek J., Wnek K., Darzynkiewicz E., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Bioorganic & Medicinal Chemistry (rok: 2015, tom: 23, strony: 5369-5381), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.bmc.2015.07.052 - link do publikacji
  10. Quantum dots use both LUMO and surface trap electrons in photoreduction process
    Autorzy:
    Darzynkiewicz Z.M., Pedziwiatr M., Grzyb J.
    Czasopismo:
    Journal of Luminescence (rok: 2017, tom: 183, strony: 401-409), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.jlumin.2016.11.070 - link do publikacji
  11. Cap analgs modified with 1,2-dithiodiphosphate moiety protect mRNA from decapping and enhance its translational potential
    Autorzy:
    Strenkowska M., Grzela R., Majewski M., Wnek K., Kowalska J., Lukaszewicz M., Zuberek J., Darzynkiewicz E., Kuhn A.N., Sahin U., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2016, tom: 44, strony: 9578-9590), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gkw896 - link do publikacji
  12. Hydrolytic activity of human Nudt16 enzyme on dinucleotide cap analogs and short capped oligonucleotides
    Autorzy:
    Grzela R., Nasilowska K., Lukaszewicz M., Tyras M., Stepinski J., Jankowska-Anyszka M., Bojarska E., Darzynkiewicz E.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2018, tom: 24, strony: 633-642), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.065698.118 - link do publikacji
  13. Synthesis, properties, and biological activity of boranophosphate analogs of the mRNA cap: versalite tools for manipulation of therapeutically relevant cap-dependent processes
    Autorzy:
    Kowalska J., Wypijewska del Nogal A., Darzynkiewicz Z.M., Buck J., Nicola C., Kuhn A.N., Lukaszewicz M., Zuberek J., Strenkowska M., Ziemniak M., Maciejczyk M., Bojarska E., Rhoads R.E., Darzynkiewicz E., Sahin U., Jemielity J.
    Czasopismo:
    Nucleic Acids Research (rok: 2014, tom: 42, strony: 10245-10264), Wydawca: Oxford University Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1093/nar/gku757 - link do publikacji
  14. Clickable trimethylguanosine cap analogs modified within the triphosphate bridge: synthesis, conjugation to RNA and susceptibility to degradation
    Autorzy:
    Wojtczak B.A., Warminski M., Kowalska J., Lukaszewicz M., Honcharenko M., Smith C.I.E., Stromberg R., Darzynkiewicz E., Jemielity J.
    Czasopismo:
    RCS Advances (rok: 2016, tom: 6, strony: 8317-8328), Wydawca: Royal Society of Chemistry
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1039/c5ra25684d - link do publikacji
  15. Effect of the His-Tag Location on Decapping Scavenger Enzymes and Their Hydrolytic Activity toward Cap Analogs
    Autorzy:
    Ferenc-Mrozek A., Bojarska E., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Lukasiewicz M.
    Czasopismo:
    ACS Omega (rok: 2020, tom: 5, strony: 10759-10766), Wydawca: ACS Publications
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1021/acsomega.0c00304 - link do publikacji
  16. Helix 69 of Escherichia coli 23S ribosomal RNA as a peptide nucleic acid target
    Autorzy:
    Kulik M., Markowska-Zagrajek A., Wojciechowska M., Grzela R., Witula T., Trylska J.
    Czasopismo:
    Biochimie (rok: 2017, tom: 138, strony: 32-42), Wydawca: Elsevier
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1016/j.biochi.2017.04.001 - link do publikacji
  17. Structural analysis of human 2'-O-ribose methyltransferases involved in mRNA cap structure formation
    Autorzy:
    Smietanski M., Werner M., Purta E., Kaminska K.H., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Nowotny M., Bujnicki J.M.
    Czasopismo:
    Nature Communications (rok: 2014, tom: 5, strony: 45301), Wydawca: Macmillan Publishers Limited
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1038/ncomms4004 - link do publikacji
  18. Triazole-containing monophosphate mRNA cap analogs as effective translation inhibitors
    Autorzy:
    Piecyk K., Lukaszewicz M., Darzynkiewicz E., Jankowska-Anyszka M.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2014, tom: 20, strony: 1539-1547), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.046193.114 - link do publikacji
  19. eIF4E-like complexes formed by cap-binding homolog TbEIF4E5 with TbEIF4G1 or TbEIF4G2 are implicated in post-transcriptional regulation in Trypanosoma brucei
    Autorzy:
    Freire E.R., Vashisht A.A., Malvezzi A.M., Zuberek J., Langousis G., Saada E.A., Nascimento J. DE F., Stepinski J., Darzynkiewicz E., Hill K., De Melo Neto O.P., Wohlschlegel J.A., Sturm N.R., Campbell D.A.
    Czasopismo:
    RNA (rok: 2014, tom: 20, strony: 1272-1286), Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
    Status:
    Opublikowana
    Doi:
    10.1261/rna.045534.114 - link do publikacji
  1. mRNA and snRNA Cap Analogs: Synthesis and Applications
    Autorzy:
    Stepinski J., Darzynkiewicz E.
    Książka:
    Chemical Biology of Nucleic Acids - Fundamentals and Clinical Applications, RNA Technologies (rok: 2014, tom: 28, strony: 511-561), Wydawca: Springer-Verlag
    Status:
    Opublikowana

O Narodowym Centrum Nauki

Finansowanie nauki

Współpraca zagraniczna

Centrum prasowe

Deklaracja dostępności
Przetwarzanie danych osobowych
Polityka cookies

Partnerzy